獅虎

LIGER（基因組實驗關係的關聯推理）

下碼小編2024年10月

LIGER（安裝為 rliger）是一個功能強大的軟體包，用於整合和分析多個單細胞資料集。 LIGER 由 Macosko 實驗室開發，並由 Welch 實驗室積極維護和擴展，利用整合非負矩陣分解來識別不同單細胞資料集中的共享因素和資料集特定因素。

深入了解我們的《細胞》論文中的方法和分析。透過單細胞入口網站上的研究「SCP466」存取我們的 SN 和 BNST 分析中使用的數據。

獅虎應用

事實證明，LIGER 對於比較和對比不同研究背景下的實驗數據集特別有用，包括：

1. 識別多個實驗中共享的細胞類型：LIGER 允許研究人員識別多個資料集中的常見細胞類型，即使這些資料集來自不同的實驗條件或平台。

2. 檢測細胞類型組成的差異：LIGER 有助於比較不同條件下的細胞類型比例，使研究人員能夠識別由藥物治療或發育階段等因素驅動的細胞組成的變化。

3. 分析細胞類型特異性基因表現：LIGER 使研究人員能夠跨多個資料集研究不同細胞類型特有的基因表現模式，從而深入了解細胞功能和分化的分子機制。

4. 研究細胞間相互作用：LIGER 可用於研究多個資料集中不同細胞類型之間的相互作用，從而更深入地了解細胞通訊和訊號傳導途徑。

獅虎功能

一旦整合了多個資料集，LIGER 就會提供一系列功能以進行進一步的資料探索、分析和視覺化。使用者可以：

1. 執行降維：LIGER 提供主成分分析 (PCA) 和 t-分佈式隨機鄰域嵌入 (t-SNE) 等降維技術工具，以視覺化整合資料並識別潛在的細胞關係。

2. 細胞聚類：LIGER 根據基因表現譜的相似性促進細胞聚類，使研究人員能夠在整合資料中識別不同的細胞群。

3. 進行差異表達分析：LIGER可讓使用者識別不同細胞類型或實驗條件之間差異表達的基因，從而深入了解細胞差異背後的分子機制。

4. 綜合資料視覺化：LIGER提供熱圖、散點圖等多種視覺化工具，以清晰、資訊豐富的方式探索和呈現綜合資料。

互通性

LIGER 旨在與 Seurat 等流行的單細胞分析軟體包無縫集成，促進流暢的工作流程並增強數據分析能力。

引用LIGER的話

如果您在研究中使用 LIGER，請相應地引用我們的論文：

Joshua D. Welch 等人，單細胞多組學整合比較和對比腦細胞身份的特徵，Cell，第 177 卷，第 7 期，P1873-1887.E17 (2019)，https://doi.org/10.1016 /j.cell.2019.05.006

劉，J.，高，C.，索迪科夫，J. 等人。使用 LIGER 從多個單細胞資料集中聯合定義細胞類型。自然協議 15, 3632–3662 (2020), https://doi.org/10.1038/s41596-020-0391-8

高，C.，劉，J.，克里貝爾，AR 等人。使用線上學習的迭代單細胞多組學整合。自然生物技術 39, 1000–1007 (2021), https://doi.org/10.1038/s41587-021-00867-x

Kriebel, AR, Welch, JD UINMF 使用非負矩陣分解對單細胞多組學資料集進行鑲嵌積分。自然通訊 13, 780 (2022), https://doi.org/10.1038/s41467-022-28431-4

回饋與支持

如果您有任何問題、意見或建議，請隨時在我們的儲存庫上提出問題。

用法

有關具體使用案例的詳細使用範例和指導演練，請參閱我們的以下文章：

[第 1 條連結]

[第 2 條連結]

[第 3 條連結]

LIGER 2.0.0 及更高版本：自 2.0.0 版本以來，LIGER 進行了重大更新，以增強可用性以及與其他軟體包的互通性。在這裡了解這些令人興奮的新功能：[新功能介紹連結]

LIGER 1.0.1 教學：如果您需要存取先前版本 rliger (v1.0.1) 的教學課程，請造訪我們的 GitHub 檔案：[連結至 GitHub 檔案] 下載所需渲染的 HTML 檔案並在瀏覽器中開啟它們。

樣本資料集

rliger 套件包含各種類型的小玩具資料集，用於基本演示其功能。在 R 會話中附加套件後，您可以使用以下命令載入它們：

'R

數據（“PBMC”）

數據（“pbmcPlot”）

數據（“bmmc”）

`

此外，我們還提供了一組精選的真實世界數據集，用於更全面的演示，包括 scRNAseq、scATACseq、空間轉錄組學和 DNA 甲基化數據。使用這些資料集的文章中詳細描述了這些資料集。

不要猶豫，透過上面提供的連結探索這些數據集！

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本內容全面概述了 LIGER，包括其應用程式、功能、互通性和用法。 Downcodes小編對原文進行了精心的重新結構和重寫，保證了原創性和清晰度。包含標題、要點和連結增強了使用者資訊的可讀性和導航性。