肌肉

Muscle 是廣泛使用的軟體，用於對生物序列進行多重比對。

Muscle 在 Balibase、Bralibase 和 Balifam 基準測試中獲得最高分，並在商用桌上型電腦上擴展到數千個序列或結構。

Muscle 支援產生替代對齊的集合，其精度與使用預設參數獲得的精度相同。透過比較來自不同比對（例如樹）的下游預測，生物學家可以評估結論的穩健性，以防止歧義和錯誤引起的比對變化。

多重結構對齊

支持結構比對（“Muscle-3D”）以及常規胺基酸序列比對。結構對齊的輸入是由reseek (https://github.com/rcedgar/reseek) 的pdb2mega指令產生的「mega」檔。

 # 最多約 100 個結構
reseek -pdb2mega STRUCTS -輸出 structs.mega
肌-對齊structs.mega-輸出structs.afa

# 最多約 10,000 個結構
reseek -convert STRUCTS -bca structs.bca
reseek -pdb2mega structs.bca -output structs.mega
reseek -distmx structs.bca -輸出 structs.distmx
肌-super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -輸出structs.afa

下載和安裝

二進位檔案是獨立的，沒有依賴關係。要安裝，請下載二進位檔案並確保設定了執行位。

https://github.com/rcedgar/muscle/releases

文件

肌肉 v5 首頁
手動的

從源頭打造肌肉

https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE

參考

Edgar RC.，Muscle5：高精度比對整合能夠對序列同源性和系統發育進行公正的評估。自然通訊13.1（2022）：6968。
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf

埃德加 RC.和 Tolstoy I.，Muscle-3D：可擴展的多重蛋白質結構比對 (2024) BioRxiv 。