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MySQL的隱藏空間透過環境變數TMPDIR的設定實現。如果未設定TMPDIR，MySQL將使用系統的預設值，通常為/tmp、/var/tmp或/usr/tmp。 MySQL使用環境變數TMPDIR的值作為保存暫存檔案的目錄的路徑名。如果未設定TMPDIR，MySQL將使用系統的預設值，通常為/tmp、/var/tmp或/usr/tmp。如果包含暫存檔案目錄的檔案系統太小，可對mysqld使用「—tmpdir」選項，在具有足夠空間的檔案系統內指定1個目錄。
在MySQL 5.1中，「—tmpdir」選項可被設定為數個路徑的列表，以循環方式使用。在Unix平台上，路徑以冒號字元「:」隔開，在Windows、NetWare和OS/2平台上，路徑以分號字元「;」隔開。注意，為了有效分佈負載，這些路徑應位於不同的實體磁碟上，而不是位於相同磁碟的不同分割區中。
如果MySQL伺服器正作為複製從伺服器使用，不應將「--tmpdir」設定為指向基於記憶體的檔案系統的目錄，或當伺服器主機重新啟動時將清空的目錄。對於複製從伺服器，需要在機器重新啟動時仍保留一些臨時文件，以便能夠複製臨時表或執行LOAD DATA INFILE操作。如果在伺服器重新啟動時遺失了暫存文件目錄下的文件，複製將會失敗。
MySQL會以隱含方式建立所有的臨時檔案。這樣，就能確保中止mysqld時會刪除所有暫存檔案。使用隱含檔案的缺點在於，在暫存檔案目錄所在的位置中，看不到佔用了檔案系統的大臨時檔案。
進行排序時(ORDER BY或GROUP BY)，MySQL通常會使用1個或多個暫存檔案。所需的最大磁碟空間由下述表達式決定：
(length of what is sorted + sizeof(row pointer))
* number of matched rows
* 2
「row pointer」(行指標)的大小通常是4字節，但在以後，對於大的表，該值可能會增加。
對於某些SELECT查詢，MySQL也會建立臨時SQL表。它們不是隱含表，並具有SQL_*形式的名稱。
ALTER TABLE會在與原始表目錄相同的目錄下建立暫存表。