奇門遁甲作為奇門祕境中的挑戰關卡，該關卡的難度還是比較高的，等級達到七十級之後就可以前往九天玄女處參加奇門祕境挑戰，奇門祕境關卡眾多，闖關成功後可以得到道行、武學或祕境積分。祕境積分可以用來兌換商城道具，每週最多可以挑戰三十五次，挑戰關卡數前一百名還能進入奇門榜。
前面幾層如果人物等級高的話一個技能可以帶走五個寶寶，己方的寶寶可以秒二帶走兩個，如果學了力破千鈞一回合就可以破四個，兩局就可以解決一層，新號的話就只能三個回合左右一層了，進入比較高的層數之後我們的人物和寶寶已經不能對對方產生傷害了，這個時候我們就需要合理的運用毒來過關，運用好的話一瞬間就能毒掉四萬的血，在打完之後可以飛升，但這個時候只能飛升五層。這裡要注意一百八十五層之後就不能繼續飛升了，只能一層一層來打，並且打法和之前的層數一樣，依舊是只能靠毒來打傷害，想要節省時間的玩家可以掛機選擇自動用毒，打到頂層還是比較輕鬆的。
在通關奇門遁甲之後無論是給的經驗還是道具都是比較豐厚的，唯一難點可能就是前面幾層，如果修煉不夠的話打起來會比較吃力，雖然後面比較高的層數非常簡單，不過如果你的角色血量比較脆就不能掛機了，需要邊吃藥回血邊用毒打傷害了。