PHP有很多與檔案系統相關的函數，不僅可以幫助你開啟文件，還可以顯示目錄內容、行動檔案等。很多人甚至使用PHP寫出了基於Web的檔案管理器。
首先需要提醒一些關於檔案路徑的東西：在Windows你可以在檔案路徑中使用斜線“/”或反斜線“\”，而其他作業系統只使用”/”。出於相容性考慮，以下實例使用“/”的表示方法：
下面的簡單腳本顯示了一個基本的目錄清單。註解在程式碼中並解釋了每一步：
＜? /* 在變數$dir_name中給出希望存取的目錄完整路徑*/
$dir_name = /home/me/;
/* 建立句柄，開啟給定目錄的結果* /
$dir = opendir($dir_name);
/* 啟動一段文字加入到將要放置清單元素（檔案名稱）的地方*/
$file_list = ＜ul＞;
/* 使用while語句，讀取所開啟目錄的所有元素。若檔案名稱既非「.」及「..」則在清單中輸出檔案名稱*/
while ($file_name = readdir($dir)) {
if (($file_name != .) && ($file_name != ..)) {
$file_list .= ＜li＞$file_name;
}
}
/* 終結清單*/
$file_list .= ＜/ul＞;
/* 關閉開啟的目錄句柄並結束PHP程式碼片段*/
closedir($dir);
?＞
＜!-- Start your HTML --＞
＜HTMLML ＞
＜HEAD＞
＜TITLE＞Directory Listing＜/TITLE＞
＜/HEAD＞
＜BODY＞
＜!-- Use PHP to print the name of the directory you read --＞
＜P＞Files in: ＜? echo $dir_name; ?＞＜/p＞
＜!-- Use PHP to print the directory listing --＞
＜? echo $file_list; ?＞
＜/BODY＞
＜/HTML＞
這時已經有了一個目錄列表。需要記住，要讀取目錄或檔案（馬上你會見到）中的內容使用者所在的PHP運作平台必須至少對目錄或檔案有read權限。
以下範例為如何複製檔案：
＜? /* 將需要複製的檔案路徑放入變數$original，複製的目標路徑放入變數$copied */
$original = /home/me/mydatabasedump;
$copied = /archive/mydatabasedumo_1010;
/* 使用函數copy() 複製原始檔至目的地，或以輸出錯誤訊息結束*/
@copy($original, $copied) 或 die(Couldn't copy file.);
?＞
範例腳本是備份系統的第一步。當腳本運行時，出於安全考慮它先將資料庫複製到不同地點。透過對crontab的修改，你可以在選定時間執行此檔案而無需使用者介入。
假設系統上已有Lynx，你可以建立crontab入口以執行Lynx並存取檔案。存取檔案將運行腳本並建立複製檔案。以下範例將在早上5點執行腳本，然後關閉Lynx：
0 5 * * * [username] lynx -dump http://localhost/copyfile.php 1＞/dev/null 2＞&1
如果你執行的是PHP的CGI版本，你可以跳過Lynx部分並參考二進位檔案：
0 5 * * * [username] php /path/to/copyfile.php 1＞/dev/null 2＞&1