忍者必須死3官服和渠道服互通，玩家在官服和渠道服的好友一起遊戲，但是官服的帳號不能在渠道服登錄，而渠道服的帳號也無法在官服登錄，雖然玩法互通，但是數據還是相對獨立的。
在忍者必須死3中，遊戲中共有5位主角，其能力與屬性也各不相同。忍者擁有兩個不同的流派，不同的流派擁有獨立的忍術及對應的天賦樹；流派可以在戰鬥中切換。同一忍者的兩個流派可以攜帶同一件寶物，但武器不可繼承。
忍者必須死3玩家的注意事項。
玩家在玩忍者必須死3時要注意，該遊戲武器通常是透過商城內的寶箱來獲取，白銀寶箱可以獲得N~R階的武器，黃金寶箱則可以取得R~SSR階的武器。此外，玩家亦可透過部分活動取得武器。武器都可以被分解成為骨頭，玩家可以在特定的商店內用骨頭換取扳手、SR/SSR級武器、強化錘等道具。