1.設定係統管理（Admin Web Application）
大多數商業化的J2EE伺服器都提供一個功能強大的管理介面，且大都採用易於理解的Web應用介面。 Tomcat以自己的方式，同樣提供一個成熟的管理工具，並且絲毫不遜於那些商業化的競爭對手。 Tomcat的Admin Web Application最初在4.1版本時出現，當時的功能包括管理context、data source、user和group等。當然也可以管理像初始化參數，user、group、role的多種資料庫管理等。在後續的版本中，這些功能將會得到很大的擴展，但現有的功能已經非常實用了。 Admin Web Application定義在自動部署檔案：CATALINA_BASE/webapps/admin.xml 。 （譯者註：CATALINA_BASE即tomcat安裝目錄下的server目錄）
你必須編輯這個文件，以確定Context中的docBase參數是絕對路徑。也就是說，CATALINA
_BASE/webapps/admin.xml 的路徑就是絕對路徑。另一個選擇，你也可以刪除這個自動部署文件，而在server.xml檔案中建立一個Admin Web Application的context，效果是一樣的。你不能管理Admin Web Application這個應用，換而言之，除了刪除CATALINA_BASE/webapps/admin.xml ，你可能什麼都做不了。
如果你使用UserDatabaseRealm（預設），你將需要新增一個user以及一個role到CATALINA_BASE/conf/tomcat-users.xml檔案中。你編輯這個文件，加入一個名為「admin」的role 到該文件中，如下：
同樣需要有用戶，而這個用戶的角色是「admin」。像存在的使用者那樣，添加一個使用者（改變密碼使其更加安全）：
roles="admin"/>
你完成這些步驟後，請重新啟動Tomcat，造訪http://localhost:8080/admin ，你將會看到一個登入介面。 Admin Web Application採用以容器管理為基礎的安全機制，並採用了Jakarta Struts框架。一旦你作為「admin」角色的使用者登入管理介面，你將能夠使用這個管理介面來設定Tomcat。
2.設定應用程式管理（Manager Web Application）
Manager Web Application讓你透過一個比Admin Web Application更簡單的使用者介面，執行一些簡單的Web應用任務。 Manager Web Application被定義在一個自動部署文件中：
?CATALINA_BASE/webapps/manager.xml
你必須編輯這個文件，以確保context的docBase參數是絕對路徑，也就是說CATALINA_HOME/server/webapps/manager的絕對路徑。 （譯者註：CATALINA_HOME即tomcat安裝目錄）
如果你使用的是UserDatabaseRealm，那麼你需要新增一個角色和一個使用者到CATALINA_BASE/conf/tomcat-users.xml檔案中。接下來，編輯這個文件，加入一個名為「manager」的角色到該文件中：
同樣需要有一個角色為「manager」的使用者。像已經存在的用戶一樣，添加一個新用戶（改變密碼使其更加安全）：
roles="manager"/>
然後重新啟動Tomcat，訪問http://localhost/manager/list ，將看到一個很樸素的文本型管理界面，或者訪問http: //localhost/manager/html/list，將看到一個HMTL的管理介面。不管是哪一種方式都說明你的Manager Web Application現在已經啟動了。
Manager application讓你可以在沒有系統管理特權的基礎上，安裝新的Web應用，以用於測試。如果我們有一個新的web應用程式位於/home/user/hello下在，並且想把它安裝到/hello下，為了測試這個應用，我們可以這麼做，在第一個檔案框中輸入“/hello” （作為存取時的path），在第二個文字方塊中輸入「file:/home/user/hello」（作為Config URL）。
Manager application也允許你停止、重新啟動、移除以及重新部署一個web應用程式。停止一個應用程式使其無法被訪問，當有用戶嘗試訪問這個被停止的應用程式時，將看到一個503的錯誤??“503 - This application is not currently available”。
移除一個web應用，只是指從Tomcat的運行拷貝中刪除了該應用，如果你重新啟動Tomcat，被刪除的應用將再次出現（也就是說，移除並不是指從硬碟上刪除）。 ?
3.部署一個web應用程式
有兩個辦法可以在系統中部署web服務。
1. 拷貝你的WAR檔案或你的web應用程式資料夾（包括該web的所有內容）到$CATALINA_BASE/webapps目錄下。
2. 為你的web服務建立一個只包含context內容的XML片段文件，並把該文件放到$CATALINA_BASE/webapps目錄下。這個web應用程式本身可以儲存在硬碟上的任何地方。
如果你有一個WAR文件，你若想部署它，只需要把該文件簡單的拷貝到CATALINA_BASE/webapps目錄下即可，文件必須以「.war」作為副檔名。一旦Tomcat監聽到這個文件，它將（缺省的）解開該文件包作為一個子目錄，並以WAR文件的文件名作為子目錄的名字。
接下來，Tomcat會在記憶體中建立一個context，就好像你在server.xml檔案裡建立一樣。當然，其他必要的內容，將從server.xml中的DefaultContext取得。
部署web應用程式的另一種方式是寫一個Context XML片段文件，然後把該文件拷貝到CATALINA_BASE/webapps目錄下。一個Context片段並非一個完整的XML文件，而只是一個context元素，以及對該應用的相應描述。
這種片段檔案就像是從server.xml中切取出來的context元素一樣，所以這種片段被命名為「context片段」。
舉個例子，如果我們想部署一個名為MyWebApp.war的應用，該應用程式使用realm作為存取控制方式，我們可以使用下面這個片段：
debug="0" privileged="true">
resourceName="UserDatabase"/>
將該片段命名為“MyWebApp.xml”，然後拷貝到CATALINA_BASE/webapps目錄下。
這種context片段提供了一種便利的方法來部署web應用，你不需要編輯server.xml，除非你想改變缺省的部署特性，安裝一個新的web應用時不需要重啟動Tomcat。
4.設定虛擬主機（Virtual Hosts）
關於server.xml中「Host」這個元素，只有在你設定虛擬主機的才需要修改。虛擬主機是一種在一個web伺服器上服務多個網域的機制，對每個網域而言，都好像獨享了整個主機。實際上，大多數的小型商務網站都是採用虛擬主機實現的，這主要是因為虛擬主機能直接連接到Internet並提供相應的頻寬，以保障合理的訪問響應速度，另外虛擬主機還能提供一個穩定的固定IP。
基於名字的虛擬主機可以建立在任何web伺服器上，建立的方法就是透過在網域名稱伺服器（DNS）上建立IP位址的別名，並且告訴web伺服器把去往不同網域的請求分發到對應的網頁目錄。因為這篇文章主要是講Tomcat，我們不准備介紹在各種作業系統上設定DNS的方法，如果你在這方面需要幫助，請參考《DNS and Bind》一書，作者是Paul Albitz and Cricket Liu ( O'Reilly)。為了示範方便，我將使用一個靜態的主機文件，因為這是測試別名最簡單的方法。
在Tomcat中使用虛擬主機，你需要設定DNS或主機資料。為了測試，為本機IP設定一個IP別名就夠了，接下來，你需要在server.xml中加入幾行內容，如下：
port="8080"
minProcessors="5" maxProcessors="75"
enableLookups="true"
redirectPort="8443"/>
port="8443" minProcessors="5"
maxProcessors="75"
acceptCount="10" debug="0"
scheme="https" secure="true"/>
unpackWARs="true" autoDeploy="true">
reloadable="true" crossContext="true">
appBase="/home/example/webapp">
Tomcat 的server.xml文件，在初始狀態下，只包括一個虛擬主機，但是它容易被擴充到支援多個虛擬主機。在前面的範例中展示的是一個簡單的server.xml版本，其中粗體部分就是用來新增一個虛擬主機。每一個Host元素必須包含一個或多個context元素，所包含的context元素中必須有一個是預設的context，而這個預設的context的顯示路徑應該是空（例如，path=””）。