البريد الإلكتروني: [email protected]
تفضل بزيارة صفحة التنزيل الخاصة بنا للتعرف على الثنائيات المعدة مسبقًا.
الرجاء التحقق من ملف CHANGES.md لمعرفة محفوظات التغيير.
مجموعة أدوات SRA وSDK من NCBI عبارة عن مجموعة من الأدوات والمكتبات لاستخدام البيانات في أرشيفات قراءة تسلسل INSDC.
21 مايو 2024 : الإصدار 3.1.1 من مجموعة أدوات SRA
تحسين رسائل الخطأ ورسائل المعلومات للمستخدمين.
تم إصلاح الأخطاء والتحذيرات عند البناء على نظام التشغيل Windows.
5 مارس 2024 : الإصدار 3.1.0 من مجموعة أدوات SRA
سيؤدي استخدام الجلب المسبق --eliinate-quals الآن إلى تنزيل بيانات SRA Lite أو الإبلاغ عن عدم توفر إصدار Lite.
انخفاض وتيرة المهلات العالمية لمستخدمي السحابة.
سوف يقوم vdb-validate بالإبلاغ عن خطأ إذا كانت المجاميع الاختبارية للبيانات (blob) مفقودة.
تمت إضافة دعم لنظام AlmaLinux.
تم إصلاح التعليق على نظامي macOS وBSD.
19 ديسمبر 2023 : الإصدار 3.0.10 من مجموعة أدوات SRA
تم إصلاح الخلل في استخدام JWT مع بعض وحدات التخزين السحابية.
تمت إضافة دعم البناء لمعالجات Arm64.
29 أغسطس 2023 : مجموعة أدوات SRA 3.0.7
تم تحديث vdb-config لتحسين واجهة بيانات اعتماد AWS واستخدامها بواسطة مجموعة أدوات SRA.
تم إصلاح الخلل في بيانات اعتماد AWS باستخدام الجلب المسبق.
تم إصلاح الخلل الذي أدى إلى ظهور رسائل "لم يتم العثور على المرجع" للتسلسلات المرجعية المخزنة داخل التشغيل.
10 يوليو 2023 : مجموعة أدوات SRA 3.0.6
يدعم الجلب المسبق الآن أحدث رموز الوصول إلى Google Cloud Platform.
تم إصلاح الخلل في vdb-config لمستخدمي Windows.
لضمان إخراج القراءات الفنية، سيتحول Fasterq-dump الآن تلقائيًا إلى وضع --split-files إذا تم استخدام الخيار --include-technical.
9 مايو 2023 : مجموعة أدوات SRA 3.0.5
تمت إضافة دعم لـ PacBio إلى تفريغ أسرع.
تمت إضافة ميزات لإخراج التسلسلات المرجعية إلى تفريغ أسرع.
تم إصلاح الخلل في الوصول إلى بيانات dbGaP عند استخدام ملفات ngc.
3 يناير 2023 : مجموعة أدوات SRA 3.0.3
إصلاح الانحدار في sra-stat.
12 ديسمبر 2022 : مجموعة أدوات SRA 3.0.2
تم إصلاح فشل "المخزن المؤقت غير كافٍ أثناء تحويل السلسلة داخل وحدة النص" للجلب المسبق على نظام التشغيل Mac.
15 نوفمبر 2022 : مجموعة أدوات SRA 3.0.1
تمت إزالة المتطلبات التفاعلية لتكوين مجموعة أدوات SRA.
التغييرات في هيكل المستودع:
لتقديم خدمة أفضل لمجموعات متباينة من المستخدمين، تم تقسيم دليل الأدوات/ الخاص بمستودع أدوات sra إلى عدة أدلة فرعية:
External/ - الأدوات التي تشمل المستخدم النهائي الذي يواجه sra-toolkit. هذه هي الأدوات التي يتم تثبيتها على جهاز مستخدم مجموعة الأدوات. هذا هو الهدف الافتراضي
داخلي/ - الأدوات الموجهة لمطوري مجموعة الأدوات ومستخدمي NCBI الداخليين
أدوات التحميل/ - الأدوات المستخدمة في خطوط تحميل الأرشيف، مثل NCBI SRA
test-tools/ - الأدوات المستخدمة في الاختبار الداخلي لـ NCBI لمجموعة الأدوات.
سيقوم الأمر الافتراضي "make" الآن ببناء الأدوات الخارجية فقط. لإنشاء فئات أخرى من الأدوات، استخدم هذه الأهداف/العلامات:
'make all' - لبناء كل شيء، بما في ذلك المشاريع الاختبارية (الموجودة في sra-tools/test/)
'make BUILD_TOOLS_INTERNAL=ON' - لإنشاء الأدوات الخارجية والداخلية
'make BUILD_TOOLS_LOADERS=ON' - لإنشاء الأدوات الخارجية وأدوات التحميل
'make BUILD_TOOLS_TEST_TOOLS=ON' - لإنشاء الأدوات الخارجية وأدوات الاختبار
'make TOOLS_ONLY=ON' - لتخطي إنشاء المشاريع الاختبارية
يمكن دمج علامات البناء الموضحة أعلاه في نفس سطر الأوامر، على سبيل المثال، 'make BUILD_TOOLS_LOADERS=ON BUILD_TOOLS_INTERNAL=ON TOOLS_ONLY=ON' سوف يبني كل شيء باستثناء أدوات الاختبار ومشاريع الاختبار.
4 أغسطس 2022 : تحديث أمني
نظرًا للأمان المحدث في NCBI، لن تتمكن إصدارات SRA Toolkit 2.9.6 والإصدارات الأقدم من الاتصال بخدمة موقع بيانات NCBI. ننصح المستخدمين المتأثرين بالتحديث إلى أحدث إصدار من مجموعة أدوات SRA.
10 فبراير 2022 : مجموعة أدوات SRA 3.0.0
قامت NCBI's SRA بتغيير نظام البناء المصدر لاستخدام CMake في إصدار مجموعة الأدوات 3.0.0. يعد هذا التغيير خطوة مهمة لتحسين إنتاجية المطورين لأنه يوفر وصولاً موحدًا عبر الأنظمة الأساسية لدعم أنظمة البناء المتعددة. يؤثر هذا التغيير على المطورين الذين يقومون بإنشاء أدوات NCBI SRA من المصدر. لم تعد ملفات makefiles وأنظمة البناء القديمة مدعومة.
يتضمن هذا التغيير أيضًا بنية مستودعات GitHub، التي خضعت للدمج لتوفير بيئة أسهل لبناء الأدوات والمكتبات (تم دمج مكتبات NGS وتبعياتها). يوفر دمج مكتبات NGS وتبعياتها عزلًا أفضل لنطاق الاستخدام ويجعل عملية البناء أكثر وضوحًا.
ncbi/ngs
تم تجميد هذا المستودع. سيتم إجراء جميع عمليات التطوير المستقبلية في مستودع GitHub ncbi/sra-tools (هذا المستودع)، ضمن الدليل الفرعي ngs/ .
ncbi/ncbi-vdb
يعتمد نظام بناء هذا المشروع على CMake. انتقلت المكتبات التي توفر الوصول إلى بيانات SRA بتنسيق VDB عبر NGS API إلى مستودع GitHub ncbi/sra-tools.
| قديم (عنوان URL الأساسي: https://github.com/ncbi/ncbi-vdb) | جديد (عنوان URL الأساسي: https://github.com/ncbi/sra-tools) |
|---|---|
libs/ngs | ngs/ncbi/ngs |
libs/ngs-c++ | ngs/ncbi/ngs-c++ |
libs/ngs-jni | ngs/ncbi/ngs-jni |
libs/ngs-py | ngs/ncbi/ngs-py |
libs/vdb-sqlite | libs/vdb-sqlite |
test/ngs-java | test/ngs-java |
test/ngs-python | test/ngs-python |
أدوات ncbi/sra (هذا المستودع)
يعتمد نظام بناء هذا المشروع على CMake. اكتسب المشروع بعض المكونات الجديدة، كما هو موضح في الجدول أعلاه.
25 أكتوبر 2021. مجموعة أدوات SRA 2.11.3:
تم إصلاح الخلل في Fasterq-dump: تعمل معلمات fasta وfasta-unsorted بشكل صحيح.
7 أكتوبر 2021. مجموعة أدوات SRA 2.11.2:
تتوفر الآن بيانات SRA إما بدرجات الجودة الأساسية الكاملة (تنسيق SRA المعياري)، أو بنقاط الجودة المبسطة (SRA Lite)، اعتمادًا على تفضيلات المستخدم. يمكن دفق كلا التنسيقين عند الطلب إلى نفس أنواع الملفات (fastq، وsam، وما إلى ذلك)، بحيث يكون كلاهما متوافقًا مع سير العمل الحالي والتطبيقات التي تتوقع نقاط الجودة. ومع ذلك، فإن تنسيق SRA Lite أصغر بكثير، مما يتيح تقليل مساحة التخزين وأوقات نقل البيانات، مما يسمح بإكمال عمليات التفريغ بسرعة أكبر. تستخدم مجموعة أدوات SRA بشكل افتراضي تنسيق SRA المعياري الذي يتضمن درجات جودة كاملة لكل قاعدة، ولكن يمكن للمستخدمين الذين لا يحتاجون إلى درجات جودة أساسية كاملة لتحليلهم أن يطلبوا إصدار SRA Lite لتوفير الوقت في عمليات نقل البيانات الخاصة بهم. لطلب بيانات SRA Lite عند استخدام مجموعة أدوات SRA، قم بتعيين خيار "تفضيل ملفات SRA Lite مع نقاط الجودة الأساسية المبسطة" على الصفحة الرئيسية لتكوين مجموعة الأدوات - سيؤدي هذا إلى توجيه الأدوات لاستخدام تنسيق SRA Lite بشكل تفضيلي عندما يكون متاحًا ( يرجى التأكد من استخدام إصدار مجموعة الأدوات 2.11.2 أو الأحدث للوصول إلى هذه الميزة). ستكون درجات الجودة التي تم إنشاؤها من ملفات SRA Lite هي نفسها لكل قاعدة ضمن قراءة معينة (الجودة = 30 أو 3، اعتمادًا على ما إذا تم تعيين علامة مرشح القراءة على "تمرير" أو "رفض"). ستستمر البيانات الموجودة في التنسيق المعياري SRA مع درجات الجودة الأساسية الكاملة في الحصول على امتداد ملف .sra، بينما تحتوي ملفات SRA Lite على امتداد ملف .sralite. لمزيد من المعلومات، يرجى الاطلاع على صفحة تنسيق البيانات لدينا.
17 أغسطس 2021: مجموعة أدوات SRA 2.11.1.
15 مارس 2021: مجموعة أدوات SRA 2.11.0.
16 ديسمبر 2020: مجموعة أدوات SRA 2.10.9.
29 يونيو 2020: مجموعة أدوات SRA 2.10.8.
20 مايو 2020: مجموعة أدوات SRA 2.10.7.
18 مايو 2020: مجموعة أدوات SRA 2.10.6.
1 أبريل 2020: مجموعة أدوات SRA 2.10.5.
26 فبراير 2020: مجموعة أدوات SRA 2.10.4.
18 فبراير 2020: مجموعة أدوات SRA 2.10.3.
يوفر الإصدار 2.10.2 من sra-tools إمكانية الوصول إلى جميع dbGaP العامة والتي يمكن التحكم في الوصول إليها في SRA في بيئات AWS وGCP (Linux لهذا الإصدار فقط) . يمكن الوصول إلى تنسيق التقديم الأصلي لهذا الأرشيف الضخم والبيانات بتنسيق SRA وحسابهما على هذه السحابات، مما يلغي الحاجة إلى التنزيل من NCBI FTP بالإضافة إلى تحسين الأداء.
تقوم أداة prefetch أيضًا باسترداد ملفات الإرسال الأصلية بالإضافة إلى بيانات ETL لبيانات dbGaP العامة والتي يمكن التحكم في الوصول إليها.
مع الإصدار 2.10.0 من sra-tools أضفنا عملية سحابية أصلية لبيئات AWS وGCP (Linux لهذا الإصدار فقط) ، للاستخدام مع SRA العام. prefetch قادر على استرجاع ملفات الإرسال الأصلية بالإضافة إلى بيانات ETL.
مع الإصدار 2.9.1 من sra-tools قمنا أخيرًا بتوفير الأداة fasterq-dump ، وهي بديل لأداة fastq-dump الأقدم بكثير. كما يوحي اسمه، فإنه يعمل بشكل أسرع، وهو أكثر ملاءمة للتحويل واسع النطاق لكائنات SRA إلى ملفات FASTQ الشائعة في المواقع التي بها مساحة قرص كافية للملفات المؤقتة. fasterq-dump متعدد الخيوط ويقوم بتنفيذ عمليات ربط مجمعة بطريقة تعمل على تحسين الأداء مقارنة بـ fastq-dump ، الذي يقوم بإجراء عمليات ربط على أساس كل سجل (وهو ذو ترابط واحد) .
لا يزال fastq-dump مدعومًا لأنه يتعامل مع حالات زاوية أكثر من fasterq-dump ، ولكن من المحتمل أن يتم إهماله في المستقبل.
يمكنك الحصول على مزيد من المعلومات حول fasterq-dump في Wiki الخاص بنا على https://github.com/ncbi/sra-tools/wiki/HowTo:-fasterq-dump.
للحصول على معلومات إضافية حول استخدام مجموعة الأدوات وتكوينها وإنشائها، يرجى زيارة wiki الخاص بنا أو موقعنا على الويب على NCBI
فريق تطوير مجموعة أدوات SRA
