nextflow
ersion
هنري إي بال، جينيفر جي ستاينر، أندرو إس تانينباوم
Nextflow هو نظام سير عمل لإنشاء مسارات عمل قابلة للتطوير ومحمولة وقابلة للتكرار. يعتمد على نموذج برمجة تدفق البيانات، والذي يبسط إلى حد كبير كتابة خطوط الأنابيب المتوازية والموزعة، مما يسمح لك بالتركيز على تدفق البيانات والحساب. يمكن لـ Nextflow نشر مهام سير العمل على مجموعة متنوعة من منصات التنفيذ، بما في ذلك جهازك المحلي، وبرامج جدولة HPC، وAWS Batch، وAzure Batch، وGoogle Cloud Batch، وKubernetes. بالإضافة إلى ذلك، فهو يدعم العديد من الطرق لإدارة تبعيات البرامج الخاصة بك، بما في ذلك Conda وSpack وDocker وPodman وSingularity والمزيد.
قم بتثبيت Nextflow بأمر واحد:
حليقة -fsSL https://get.nextflow.io | سحق
يقوم بإنشاء الملف القابل للتنفيذ nextflow في الدليل الحالي. يمكنك بعد ذلك نقله إلى دليل في $PATH الخاص بك لتشغيله من أي مكان.
يمكن أيضًا تثبيت Nextflow من Bioconda:
conda install -c bioconda nextflow
تتوفر وثائق Nextflow لأحدث الإصدارات الثابتة والمتطورة.
يمكنك نشر الأسئلة والحصول على المساعدة في منتدى مجتمع Nextflow أو Nextflow Slack. يجب الإبلاغ عن الأخطاء وطلبات الميزات باعتبارها مشكلات في GitHub.
مجتمع Nextflow نشط للغاية من خلال اجتماعات المجتمع المنتظمة والأحداث والبودكاست والمزيد. يمكنك عرض الكثير من هذه المواد على قنوات YouTube التالية Nextflow وnf-core.
يعد مشروع nf-core بمثابة جهد مجتمعي يجمع مسارات عمل Nextflow عالية الجودة والتي يمكن للجميع استخدامها.
المساهمات هي أكثر من موضع ترحيب. راجع ملف المساهمة للحصول على التفاصيل.
يتم إصدار Nextflow بموجب ترخيص Apache 2.0. Nextflow هي علامة تجارية مسجلة.
إذا كنت تستخدم Nextflow في عملك، يرجى الاستشهاد بما يلي:
ب. دي توماسو، وآخرون. يتيح Nextflow سير العمل الحسابي القابل للتكرار. التكنولوجيا الحيوية الطبيعية 35, 316–319 (2017) دوى:10.1038/nbt.3820
تم بناء Nextflow على مشروعين برمجيين *رائعين* مفتوحي المصدر، Groovy وGPars.
تفضل YourKit بدعم Nextflow من خلال ملف تعريف Java كامل الميزات.
