سيريوس
SIRIUS
يتم تقديم أساليبنا للمجتمع العلمي كموارد متاحة مجانًا. (إعادة) توزيع الأساليب، كليًا أو جزئيًا، لأغراض تجارية محظور. خدمات الويب SIRIUS (CSI:FingerID وCANOPUS وMSNovelist وغيرها) التي تستضيفها مجموعة Böcker مخصصة للبحث الأكاديمي والاستخدام التعليمي فقط. يرجى مراجعة شروط الخدمة للنسخة الأكاديمية للحصول على التفاصيل. بالنسبة للمستخدمين غير الأكاديميين، توفر شركة Bright Giant GmbH التراخيص وجميع الخدمات ذات الصلة. نطلب من مستخدمي أدواتنا الاستشهاد بالأوراق المقابلة في أي منشورات ناتجة.
SIRIUS هو إطار عمل برمجي قائم على جافا لتحليل بيانات LC-MS/MS الخاصة بالأيضات وغيرها من "الجزيئات الصغيرة ذات الأهمية البيولوجية". يدمج SIRIUS مجموعة من أدواتنا، بما في ذلك CSI:FingerID (مع COSMIC)، وZODIAC، وCANOPUS. وعلى وجه الخصوص، تقوم كل من واجهة المستخدم الرسومية وإصدار سطر الأوامر من SIRIUS بدمج خدمات الويب CSI:FingerID وCANOPUS وMSNovelist بسلاسة.
المطورون الرئيسيون لـ SIRIUS هم مجموعة Böcker وBright Giant GmbH
التوثيق عبر الإنترنت
دروس الفيديو
فصل كتاب عن استخدام SIRIUS 4 (ما قبل الطباعة) - لا يغطي خيار معالجة LC-MS/MS الجديد
البيانات التجريبية
شعارات للمطبوعات والعروض التقديمية
لنظام التشغيل Windows (64 بت): msi/zip
لنظام التشغيل Mac (64 بت): pkg / zip
لنظام التشغيل Linux (64 بت): zip
يمكن العثور على جميع الإصدارات (بما في ذلك الإصدارات السابقة) هنا.
بالنسبة لنظامي التشغيل Windows وMacOS، يجب تفضيل إصدار برنامج التثبيت SIRIUS (msi/pkg) ولكنه قد يتطلب أذونات المسؤول.
نظرًا لأننا لا ندفع لشركة Microsoft/Apple مقابل الحصول على الشهادة، فقد يتعين عليك تأكيد رغبتك في الوثوق بـ "برنامج من مصدر غير معروف" على نظامي التشغيل Windows/MacOS عند استخدام أدوات التثبيت المقدمة من مجموعة Böcker. لذلك، نوصي بشدة باستخدام أدوات التثبيت الموقعة المقدمة من Bright Giant (المرتبطة أيضًا أعلاه). تعمل أدوات التثبيت هذه على تسهيل عملية التثبيت من خلال عدم إثارة مشكلات أمنية (أو أقل) لنظام التشغيل المعني.
راجع الوثائق للحصول على التفاصيل.
يمكن إنشاء حسابات المستخدمين مباشرة عبر واجهة المستخدم الرسومية SIRIUS. من فضلك، استخدم عنوان البريد الإلكتروني المؤسسي الخاص بك. خدمات الويب الخاصة بـ SIRIUS مجانية للاستخدام الأكاديمي/غير التجاري. عادةً ما يتم تحديد المؤسسات الأكاديمية من خلال مجال البريد الإلكتروني الخاص بها وسيتم منح حق الوصول إليها تلقائيًا. في بعض الحالات، قد تكون هناك حاجة لمزيد من التحقق من صحة مؤهلك الأكاديمي/غير التجاري. راجع أيضًا وثائق SIRIUS - الحساب والترخيص.
سيريوس
سيريوس-API جافا SDK
مجموعات SDK لـ SIRIUS-API
للحصول على الأخبار أو المساعدة أو طرح الأسئلة، يرجى الانضمام إلى مجتمع Gitter #sirius-ms:gitter.im .
للحصول على تقارير الأخطاء أو طلب الميزات، يرجى استخدام المشكلات الموجودة على GitHub الخاص بنا. أو راجع الوثائق للحصول على مزيد من المعلومات حول هذا الموضوع.
يمكن تحميل أشجار التجزئة والأطياف مباشرة من SIRIUS إلى خدمات الويب CSI:FingerID وCANOPUS وMSNovelist. يتم استرداد النتائج من خدمة الويب ويمكن عرضها في واجهة المستخدم الرسومية SIRIUS. تتوفر هذه الوظيفة أيضًا لأداة سطر الأوامر SIRIUS. تتوفر هياكل التدريب الخاصة بـ CSI:FingerID من خلال واجهة برمجة تطبيقات الويب CSI:FingerID:
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=1 (هياكل التدريب لوضع الأيونات الإيجابية)
https://www.csi-fingerid.uni-jena.de/v3.0/api/fingerid/trainingstructures?predictor=2 (هياكل التدريب لوضع الأيونات السالبة)
التفسير اليدوي للأطياف الجماعية جنبا إلى جنب يستغرق وقتا طويلا وغير تافهة. يقوم SIRIUS بتحليل نمط التجزئة الناتج عن شجرة تجزئة افتراضية، حيث يتم شرح العقد بالصيغ الجزيئية للشظايا والأقواس (الحواف) التي تمثل أحداث التجزئة (الخسائر). يسمح SIRIUS بالتحليل الآلي وعالي الإنتاجية لبيانات MS المركبة الصغيرة بما يتجاوز التركيب العنصري دون الحاجة إلى هياكل مركبة أو قاعدة بيانات طيفية جماعية.
يستنتج سيريوس الصيغ الجزيئية للمركبات الصغيرة عن طريق ترتيب أنماط النظائر من أطياف الكتلة ذات الدقة العالية. بعد المعالجة المسبقة، يكون ناتج مطياف الكتلة عبارة عن قائمة من القمم التي تتوافق مع كتل جزيئات العينة ووفرتها. من حيث المبدأ، يمكن تحديد التركيبات الأولية للجزيئات الصغيرة باستخدام الكتل الدقيقة فقط. ومع ذلك، حتى مع دقة الكتلة العالية جدًا، يتم الحصول على العديد من الصيغ في المناطق ذات الكتلة الأعلى. يسمح لنا قياس الطيف الكتلي عالي الدقة بتحديد نمط النظائر لجزيء العينة بدقة فائقة وتطبيق هذه المعلومات لتحديد التركيب العنصري لجزيء العينة. يمكن تنزيل SIRIUS إما كواجهة مستخدم رسومية (انظر واجهة المستخدم الرسومية Sirius) أو كأداة لسطر الأوامر.
كاي دوركوب، ماركوس فليشاور، ماركوس لودفيغ، ألكسندر أ. أكسينوف، أليكسي في. ميلنيك، مارفن موسيل، بيتر سي. دورستين، جوهو روسو، وسيباستيان بوكر. سيريوس 4: تحويل أطياف الكتلة الترادفية إلى معلومات عن بنية المستقلب. طرق الطبيعة 16, 299-302, 2019.
مايكل أ. سترافس وكاي دوركوب وسيباستيان بوكر ونيكولا زامبوني. MSNovelist: إنشاء بنية جديدة من أطياف الكتلة. طرق الطبيعة 19، 865–870، 2022. (استشهد إذا كنت تستخدم: MSNovelist)
مارتن أ. هوفمان، لويس فيليكس نوثياس، ماركوس لودفيغ، ماركوس فليشاور، إميلي سي. جينتري، مايكل ويتنغ، بيتر سي. دورستين، كاي دوركوب وسيباستيان بوكر. شرح هيكلي عالي الثقة للأيضات غائب عن المكتبات الطيفية. Nature Biotechnology 40, 411–421, 2022. (استشهد إذا كنت تستخدم: CSI:FingerID , COSMIC )
كاي دوركوب، لويس فيليكس نوثياس، ماركوس فليشاور، رافائيل ريهر، ماركوس لودفيج، مارتن أ. هوفمان، دانييل بيتراس، ويليام إتش. جيرويك، جوهو روسو، بيتر سي. دورستين وسيباستيان بوكر. التصنيف المنهجي للأيضات غير المعروفة باستخدام أطياف الكتلة عالية الدقة. التكنولوجيا الحيوية الطبيعية ، 2020. (استشهد إذا كنت تستخدم CANOPUS )
يانيك دجومبو فيونانج، رومان آيسنر، كريج نوكس، ليونيد تشيبيليف، جانا هاستينجز، جاريث أوين، إيوين فاهي، كريستوف شتاينبك، شانكار سوبرامانيان، إيفان بولتون، راسل جرينر، ديفيد إس ويشارت. ClassyFire: تصنيف كيميائي آلي مع تصنيف شامل وقابل للحساب. مجلة Cheminformatics 8, 61, 2016. (منشور ClassyFire ؛ استشهد بهذا إذا كنت تستخدم CANOPUS )
ماركوس لودفيج، لويس فيليكس نوثياس، كاي دوركوب، إيرينا كويستر، ماركوس فليشاور، مارتن أ. هوفمان، دانيال بيتراس، فرناندو فارغاس، مصطفى مرسي، ليهيني ألويهير، بيتر سي دورستين، سيباستيان بوكر. شرح الصيغة الجزيئية المستقلة عن قاعدة البيانات باستخدام أخذ عينات Gibbs من خلال ZODIAC. Nature Machine Intelligence 2, 629–641, 2020. (استشهد إذا كنت تستخدم ZODIAC )
كاي دوركوب وسيباستيان بوكر. إعادة تحميل أشجار التجزئة. مجلة Cheminformatics 8، 5، 2016. (استشهد بهذا لتحليل نمط التجزئة وحساب شجرة التجزئة )
كاي دوركوب، وهويبين شين، ومارفن موسيل، وجوهو روسو، وسيباستيان بوكر. البحث في قواعد بيانات التركيب الجزيئي باستخدام أطياف الكتلة الترادفية باستخدام CSI:FingerID. وقائع الأكاديمية الوطنية للعلوم بالولايات المتحدة الأمريكية 112(41)، 12580-12585، 2015. (استشهد بهذا عند استخدام CSI:FingerID )
سيباستيان بوكر، ماتياس سي. ليتزل، زوزانا ليبتاك وأنطون بيرفوخين. سيريوس: أنماط النظائر المتحللة لتحديد المستقلبات. المعلوماتية الحيوية 25(2)، 218-224، 2009. (استشهد بهذا لتحليل أنماط النظائر )
شيبي شينغ، وسام شين، وبانغوا شو، وشياوكسياو لي، وتاو هوان. بادي: اكتشاف الصيغة الجزيئية عن طريق استجواب MS/MS من أسفل إلى أعلى. Nature Methods 20, 881–890, 2023. (استشهد إذا كنت تستخدم: توليد الصيغة الجزيئية من أسفل إلى أعلى)
ماركوس لودفيغ وكاي دوركوب وسيباستيان وبوكر. الشبكات البايزية لتحديد المستقلب الطيفي الشامل عبر البصمات الجزيئية. المعلوماتية الحيوية ، 34(13): i333-i340. 2018. بروك. الأنظمة الذكية للبيولوجيا الجزيئية (ISMB 2018). (استشهاد لـ CSI: تسجيل نتائج FingerID)
دبليو تيموثي وايت، وستيفان باير، وكاي دوركوب، وماركوس شيماني، وسيباستيان بوكر. الأشجار الفرعية الملونة السريعة. في بروك. مؤتمر الحوسبة والتوافقيات (COCOON 2015) ، المجلد 9198 من محاضرة ملاحظات علوم الحاسب ، الصفحات 310-322. سبرينغر، برلين، 2015. (استشهد بهذا عن سبب سرعة العمليات الحسابية ، حتى على جهاز كمبيوتر محمول)
هويبين شين، كاي دوركوب، سيباستيان بوكر، جوهو روسو. تحديد المستقلبات من خلال تعلم النواة المتعددة على أشجار التجزئة. المعلوماتية الحيوية ، 30(12):i157-i164، 2014. بروك. الأنظمة الذكية للبيولوجيا الجزيئية (ISMB 2014). (يقدم الآلية التي تقف وراء CSI:FingerID )
عمران رؤوف، فلوريان راش، فرانسوا نيكولا وسيباستيان بوكر. العثور على الحد الأقصى من الأشجار الفرعية الملونة في الممارسة العملية. J Comput Biol , 20(4):1-11, 2013. (المزيد، عمل سابق حول سبب سرعة الحسابات اليوم)
هينونين، م.؛ شين، ه.؛ زامبوني، ن.؛ Rousu، J. تحديد المستقلبات والتنبؤ بالبصمات الجزيئية من خلال التعلم الآلي. المعلوماتية الحيوية ، 2012. المجلد. 28، رقم 18، ص 2333-2341. (يقدم فكرة التنبؤ بالبصمات الجزيئية من بيانات MS الترادفية)
فلوريان راش، وأليس سفاتوش، ورافي كومار مادولا، وكريستوف بوتشر، وسيباستيان بوكر. حساب أشجار التجزئة من بيانات قياس الطيف الكتلي جنبا إلى جنب. الكيمياء التحليلية (2011) 83 (4): 1243-1251. (استشهد بهذا لإدخال أشجار التجزئة كما يستخدمها SIRIUS)
سيباستيان بوكر وفلوريان راش. نحو تحديد نووفو للأيضات من خلال تحليل أطياف الكتلة جنبا إلى جنب. المعلوماتية الحيوية (2008) 24 (16): i49-i55. ( أول ورقة تذكر أشجار التجزئة كما استخدمها سيريوس)
بدءًا من الإصدار 4.4.27، تم ترخيص SIRIUS بموجب رخصة GNU Affero العامة (GPL). إذا قمت بدمج SIRIUS في برامج أخرى، فإننا نشجعك بشدة على استخدام SIRIUS بالإضافة إلى المطبوعات التي يتم الاستشهاد بها بشكل واضح للمستخدم.
