ليتجين

ليتجين كود بيس

هذا العمل قيد التشغيل عبر الويب مع النشر على (https://litgene.tumorai.org/).

يمكن استخدام جيثب النشر (https://github.com/vinash85/GENELLM_WEBAPP) للنشر الذاتي لصفحة الويب.

استخدم صفحة التعليقات في صفحة أداة LitGene أو اتصل بالمؤلفين لتقديم التعليقات.

رابط BioArxiv: https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.08.07.606674v1

فيما يلي كيفية تشغيل نموذج التعليمات البرمجية باستخدام Docker.

1. بناء عامل ميناء:

   أ. انتقل إلى موقع ملف عامل الإرساء بعد استنساخ git "cd LitGene/dependeency/docker/"

   ب. بناء عامل الإرساء "docker build .-t litgene"

2. تشغيل صورة عامل الإرساء/إنشاء حاوية:

   ج. "docker run --name Litgene --gpus=all --previleged --ports 8888:8888 -v litgene_location:/home/tailab/LitGene -dit litgene /bin/bash"

3. أدخل عامل الميناء:

   د. "docker exec -it Litgene /bin/bash"

4. انتقل داخل عامل الإرساء إلى عينة ذوبان التعليمات البرمجية:

   ه. "cd /home/tailab/LitGene/"

   و. افتح jupyter "jupyter Notebook --ports 8888 --ip 0.0.0.0 --allow-root --no-browser"

5. في النظام حيث يتم نشر عامل الإرساء:

   ز. افتح المتصفح "https://localhost:8888"

   ح. أدخل الرمز المميز

   أنا. قم بتشغيل نموذج التعليمات البرمجية "solubilityEval.ipynb"

6. أو عامل إرساء في النظام البعيد (اختياري):

   ز. الأمر المفتوح على النظام المحلي

   ح. اكتب "ssh -NL localhost:8888:localhost:8888 usernme@server"

   أنا. كرر الخطوة 5

(إذا كنت مهتمًا بمتطلبات Conda المتوفرة في LitGene/التبعيات التي تم اختبارها على Ubuntu 22 مع python 3.12 وnvidia driver 535.183.01 وruntime cuda 12.2 على A100 GPU)

إعادة بناء التعليمات البرمجية قيد التقدم ضمن التعليمات البرمجية/refactored_code بالنسبة لملفات البيانات والنماذج وملفات الإخراج الأخرى. يرجى الاتصال بـ [[email protected]]