عضلة

Muscle هو برنامج يستخدم على نطاق واسع لإجراء محاذاة متعددة للتسلسلات البيولوجية.

يحقق Muscle أعلى الدرجات في اختبارات Balibase وBralibase وBalifam المعيارية ويقيس آلاف التسلسلات أو الهياكل الموجودة على كمبيوتر مكتبي سلعي.

تدعم Muscle إنشاء مجموعة من التحالفات البديلة بنفس الدقة العالية التي تم الحصول عليها باستخدام المعلمات الافتراضية. من خلال مقارنة التنبؤات النهائية من محاذاة مختلفة، مثل الأشجار، يمكن لعالم الأحياء تقييم قوة الاستنتاجات مقابل اختلاف المحاذاة الناجم عن الغموض والأخطاء.

محاذاة هيكل متعددة

يتم دعم محاذاة البنية ("Muscle-3D") بالإضافة إلى محاذاة تسلسل الأحماض الأمينية التقليدية. الإدخال لمحاذاة البنية هو ملف "mega" تم إنشاؤه بواسطة أمر pdb2mega الخاص بـ reseek (https://github.com/rcedgar/reseek).

 # لما يصل إلى 100 هيكل تقريبًا
البحث -pdb2mega STRUCTS -output structs.mega
العضلات -محاذاة structs.mega -output structs.afa

# لما يصل إلى 10000 بنية تقريبًا
البحث -تحويل STRUCTS -bca structs.bca
البحث -pdb2mega structs.bca -output structs.mega
البحث -distmx structs.bca -output structs.distmx
Muscle -super7 structs.mega -distmxin structs.distmx -reseek -output structs.afa

التنزيلات والتثبيت

الملفات الثنائية قائمة بذاتها، ولا توجد تبعيات. للتثبيت، قم بتنزيل الملف الثنائي وتأكد من تعيين بت التنفيذ.

https://github.com/rcedgar/muscle/releases

التوثيق

الصفحة الرئيسية للعضلات v5
يدوي

بناء العضلات من المصدر

https://github.com/rcedgar/muscle/wiki/Building-MUSCLE

مراجع

Edgar RC., Muscle5: تتيح مجموعات المحاذاة عالية الدقة إجراء تقييمات غير متحيزة لتماثل التسلسل والتطور. اتصالات الطبيعة 13.1 (2022): 6968.
https://www.nature.com/articles/s41467-022-34630-w.pdf

إدغار آر سي. وتولستوي آي، Muscle-3D: محاذاة بنية البروتين المتعددة القابلة للتطوير (2024) BioRxiv .