EasyAmplicon

EasyAmplicon

النسخة الصينية في (中文版见) README_cn.md

EasyAmplicon: خط أنابيب سهل الاستخدام ومفتوح المصدر وقابل للتكرار ومعتمد على المجتمع لتحليل بيانات الأمبليكون في أبحاث الميكروبيوم

الإصدار: v1.21

تحديث: 2024/08/05

دليل خط الأنابيب ووصف الملف

استخدام RStudio لفتح خط الأنابيب المتوفر باللغة الصينية (pipeline.sh) والإنجليزية (pipeline_en.sh)

وصف الملفات:

• Readme.md # مقدمة وتثبيت
• Pipeline.sh # تحليل سطر الأوامر لنظامي التشغيل Windows وLinux (متوفر باللغتين الصينية والإنجليزية)
• Pipe_mac.sh # تحليل سطر الأوامر لنظام التشغيل MacOS
• result/ # مثال لبيانات النتيجة
• result/Diversity.Rmd # تحليل التنوع التفاعلي في R وإخراج التقرير القابل للتكرار بتنسيق HTML

ماذا يمكننا أن نفعل؟

• تحليل وتصور بيانات الميكروبيوم، وخاصة بالنسبة لـ 16S rDNA amplicon؛
• من البيانات الأولية إلى جداول الميزات؛
• دعم أكثر من 20 طريقة تحليل وتصور جاهز للنشر؛
• قم بإنهاء مشروعك على الكمبيوتر المحمول الخاص بك في وقت قصير (حوالي 3 ساعات)؛
• دليل المواد الداعمة ومقاطع الفيديو باللغة الصينية/الإنجليزية.

الشكل 1. خط أنابيب EasyAmplicon لتحليل تسلسلات amplicon المقترنة.

الشكل 2. أمثلة على تصورات جودة النشر.

الشكل 3. أمثلة تكميلية لتصورات جودة النشر إلى الشكل 2.

الشكل 4. التصورات التي تم إنشاؤها بواسطة برامج الطرف الثالث باستخدام الملفات الوسيطة لـ EasyAmplicon.

ثَبَّتَ

تثبيت التبعية

يمكن العثور على كافة النسخ الاحتياطية للبرامج في

• FTP: Filezilla يزور FTP download.nmdc.cn بشكل مجهول. في دليل الأدوات، يمكنك العثور على جميع البرامج والحزم الموجودة في amplicon والأنظمة المختلفة التي تدعم مثل أجهزة Mac وWin
• قرص بايدو نت: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315

يرجى تثبيت البرنامج التابع وفقًا لنظامك (Win/Mac/Linux).

• يوصى باستخدام R 4.xx لتشغيل البرامج النصية R https://www.r-project.org/. يوصى أيضًا بتثبيت Rtools لحزم التعليمات البرمجية المصدر.
• RStudio 2023.xx.x عبارة عن بيئة تطوير متكاملة لـ R https://posit.co/download/rstudio-desktop/
• الطوابع v2.1.3 http://kiwi.cs.dal.ca/Software/STAMP
• Git لنظام التشغيل Windows 2.xx.x (نظام التشغيل Windows فقط) http://gitforwindows.org/
• حزم R التثبيت السريع

قد تتطلب الإحصائيات والتصورات أكثر من 500 حزمة R. يستغرق التثبيت وقتًا طويلاً وقد يعتمد أيضًا على أدوات التجميع الأخرى. يمكنك تنزيل جميع حزم R المطلوبة من https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/win/4.x.zip أو db/mac/R4.2_mac_libraryX86_64.zip، ثم قم بفك الضغط وأخذ الملف المجلد 4.x في C:Users[$UserName]AppDataLocalRwin-library

قم بتثبيت EasyAmplicon

• الطريقة الأولى: قم بزيارة الصفحة الرئيسية لـ GitHub، الكود - التنزيل

• خط أنابيب EasyAmplicon (تحكم إيجابي) https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon

• يتضمن EasyMicrobiome البرامج النصية وقواعد البيانات https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome

قم بتنزيل المشروع في C: أو D: ثم قم بفك الضغط (احتفظ باسم الدليل باسم البرنامج بالضبط)

• الطريقة الثانية. التنزيل من خلال موقع النسخة المتطابقة في BaiduNetDisk: https://pan.baidu.com/s/1Ikd_47HHODOqC3Rcx6eJ6Q?pwd=0315 db/soft/EasyAmplicon.tar.gz أو EasyMicrobiome.tar.gz

• الطريقة الثالثة git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon و git clone https://github.com/YongxinLiu/EasyMicrobiome . ملاحظة: fatal: unable to access يمكن إعادة المحاولة.

بداية سريعة

باستخدام نظام التشغيل Windows 10+ كمثال:

1. افتح RStudio، وقم بتعيين الوحدة الطرفية على أنها Git Bash (Tools - Global Options - Terminal - New Terminals - Git Bash - OK)
2. ملف - فتح ملف - مجلد EasyAmplicon - Pipeline.sh (windows/linux) أو Pipe_mac.sh (Mac)
3. قم بإعداد work directory (wd)، EasyMicrobiome directory (db)، ثم قم بتشغيل كل سطر بالنقر فوق تشغيل في الزاوية اليمنى العليا

مجموعة البيانات سبيل المثال

• seq/ # التسلسل الخام بتنسيق fastq المضغوط، يمكن تنزيل النسخ الاحتياطي عن طريق البيانات الوصفية من GSA https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/
• result/ # أمثلة على البيانات والأرقام لخطوط الأنابيب القياسية، مثل ألفا وبيتا والضرائب
• Advanced/ # مثال على التحليل المتقدم والبيانات والبرامج النصية وأرقام المخرجات

التعليمات

الأسئلة المتداولة في Pipeline.sh

ملاحظة: تتم كتابة كافة البرامج النصية بتنسيق تخفيض السعر، باستخدام Youdao Note أو VSCode للحصول على تجربة قراءة أفضل.

الاقتباس

إذا كنت تستخدم هذا البرنامج النصي، يرجى ذكر:

يونغ شين ليو ، لي تشين، تنغفي ما، شياو فانغ لي، ماوشينغ تشنغ، شين تشو، ليانغ تشين، زوبو تشيان، جياو شي، هونغي لو، هويلو كاو، شياويا ما، بيان بيان، بينجفان تشانغ، جيكيو وو، رن يو غان، باولي جيا، لينيانغ صن، تشيتشنغ جو، يونيون جاو، تاو وين ، تونغ تشين . 2023. EasyAmplicon: خط أنابيب سهل الاستخدام ومفتوح المصدر وقابل للتكرار ومعتمد على المجتمع لتحليل بيانات الأمبليكون في أبحاث الميكروبيوم. اي ميتا 2: e83. https://doi.org/10.1002/imt2.83

حقوق الطبع والنشر 2016-2023 Yong-Xin Liu [email protected]، Tao Wen [email protected]، Tong Chen [email protected]