تنزيل التحقق من صحة nf - تنزيل كود المصدر للتحقق من nf

التحقق من صحة nf

شفرة المصدر الأخرى

Version 1.1.4 - Kushiro

تنزيل

مكون إضافي Nextflow للعمل مع التحقق من صحة معلمات خطوط الأنابيب وأوراق العينات.

مهم

تمت الآن إعادة تسمية `nf-validation` إلى `nf-schema` .

لن يتلقى البرنامج nf-validation أي تحديثات مستقبلية. يرجى تحديث مسارات التدفق الخاصة بك لاستخدام nf-schema بدلاً من ذلك.

راجع https://github.com/nextflow-io/nf-schema للحصول على التفاصيل.

كان هذا التغيير ضروريًا لمنع الإصدارات الأقدم من خطوط أنابيب nf-core ذات مراجع المكونات الإضافية غير المثبتة من الانهيار عند التحديث إلى الإصدار الأحدث من nf-validation . يرجى تثبيت إصدار nf-schema في ملف nextflow.config الخاص بخط الأنابيب الخاص بك:

plugins { id ' [email protected] ' }

مقدمة

يوفر هذا المكون الإضافي Nextflow عددًا من الوظائف التي يمكن تضمينها في البرنامج النصي لخط أنابيب Nextflow للعمل مع المعلمة ونموذج مخطط الورقة. باستخدام هذه الوظائف يمكنك:

؟ اطبع تعليمات الاستخدام إلى الجهاز (للاستخدام مع --help )
✍️ طباعة سجل الإخراج تظهر المعلمات ذات القيم غير الافتراضية
✅ التحقق من صحة المعلمات المقدمة مقابل مخطط خطوط الأنابيب
؟ التحقق من صحة محتويات ملفات ورقة العينة المرفقة
️ قم بإنشاء قناة Nextflow باستخدام ورقة عينة تم تحليلها

تنسيقات أوراق العينات المدعومة هي CSV، وTSV، وYAML (بسيطة).

بداية سريعة

قم بتعريف المكون الإضافي في ملف تكوين خط أنابيب Nextflow الخاص بك:

plugins {
  id ' nf-validation '
}

هذا هو كل ما هو مطلوب - سيقوم Nextflow تلقائيًا بجلب رمز البرنامج المساعد في وقت التشغيل.

ملحوظة

سيحاول المقتطف أعلاه دائمًا تثبيت الإصدار الأحدث، ومن الجيد التأكد من تضمين أحدث إصلاحات الأخطاء! ومع ذلك، يمكن أن يسبب هذا صعوبات في حالة التشغيل دون الاتصال بالإنترنت. يمكنك تثبيت إصدار محدد باستخدام الصيغة [email protected]

يمكنك الآن تضمين وظائف مساعد البرنامج المساعد في خط أنابيب Nextflow الخاص بك:

include { validateParameters; paramsHelp; paramsSummaryLog; fromSamplesheet } from ' plugin/nf-validation '

// Print help message, supply typical command line usage for the pipeline
if (params . help) {
   log . info paramsHelp( " nextflow run my_pipeline --input input_file.csv " )
   exit 0
}

// Validate input parameters
validateParameters()

// Print summary of supplied parameters
log . info paramsSummaryLog(workflow)

// Create a new channel of metadata from a sample sheet
// NB: `input` corresponds to `params.input` and associated sample sheet schema
ch_input = Channel . fromSamplesheet( " input " )