آرتش آر
Release_1.0.2
إقران تحليل scATAC-seq وscRNA-seq
يدعم ArchR الآن تحليل scATAC-seq وscRNA-seq المقترن!
اطلع على التحديثات باستخدام importFeatureMatrix، وaddGeneExpressionMatrix، وaddIterativeLSI، وaddCombinedDims
للحصول على برنامج تعليمي موجز لهذه الميزات: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Multiome.html
تحليل المسار
يدعم ArchR الآن تحليل المسار المعتمد على monocle3 وSlingshot بشكل مباشر!
اطلع على التحديثات باستخدام getMonocleTrajectories وaddMonocleTrajectory وaddSlingShotTrajectories
للحصول على برنامج تعليمي موجز لهذه الميزات: https://greenleaflab.github.io/ArchR_2020/Ex-Analyze-Trajectory.html
بالإضافة إلى ذلك، يتيح ArchR الآن تصدير مصفوفة الذروة المتوافقة مع STREAM!
اطلع على التحديثات معexportPeakMatrixForSTREAM
ArchR عبارة عن حزمة R كاملة الميزات لمعالجة وتحليل بيانات ATAC-seq أحادية الخلية. يوفر ArchR المجموعة الأكثر شمولاً من أدوات تحليل scATAC-seq من أي برنامج متاح. بالإضافة إلى ذلك، يتفوق ArchR في السرعة واستخدام الموارد، مما يجعل من الممكن تحليل مليون خلية في 8 ساعات على كمبيوتر محمول MacBook Pro.
للحصول على شرح كامل لعملية التثبيت والمشكلات ذات الصلة بشكل متكرر، يرجى زيارة www.ArchRProject.com.
أولاً، قم بتثبيت أدوات التطوير (لتثبيت حزم GitHub) إذا لم تكن مثبتة بالفعل:
if ( ! requireNamespace( " devtools " , quietly = TRUE )) install.packages( " devtools " )بعد ذلك، قم بتثبيت BiocManager (لتثبيت حزم الموصلات الحيوية) إذا لم يكن مثبتًا بالفعل:
if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) install.packages( " BiocManager " )ثم قم بتثبيت آرتشر:
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())وأخيرًا، قم بتثبيت كافة تبعيات ArchR التي لم يتم تثبيتها افتراضيًا:
library( ArchR )
ArchR :: installExtraPackages()إذا فشلت أي من هذه الخطوات، فيجب عليك تحديد الحزمة المخالفة واستكشاف أخطاء التثبيت الفردي وإصلاحها قبل المتابعة. بالإضافة إلى ذلك، يرجى الاطلاع على موقع ويب ArchR (www.ArchRProject.com) حيث لدينا نصائح حول استكشاف أخطاء التثبيت وإصلاحها.
ArchR حاليا في مرحلة تجريبية . ونتوقع أن تكون هناك مطبات في الطريق. إذا كنت تعتقد أنك وجدت خطأ ما، فيرجى أولاً تثبيت أحدث إصدار من ArchR عبر
devtools :: install_github( " GreenleafLab/ArchR " , ref = " master " , repos = BiocManager :: repositories())إذا لم يحل هذا مشكلتك، فيرجى الإبلاغ عن مشكلة على Github باستخدام نموذج الإبلاغ عن الأخطاء .
إذا كانت لديك أسئلة حول استخدام ArchR، فيرجى الرجوع إلى دليل المستخدم الكامل القابل للبحث، وقسم الأسئلة الشائعة، والمنشور. إذا كنت تعتقد أن الوثائق الموجودة على هذا الموقع أو في التعليقات التوضيحية للوظيفة غير واضحة، فيرجى إرسال مشكلة على Github باستخدام نموذج طلب التوثيق . إذا كانت هناك ميزة تعتقد أنها مفقودة من ArchR وكنت قد بحثت بالفعل في دليل المستخدم ، فأرسل مشكلة على Github باستخدام نموذج طلب الميزة . إذا لم يساعدك أي من هذه الخيارات، أرسل لنا بريدًا إلكترونيًا. سنبذل قصارى جهدنا للرد على الأسئلة التي لم يتم الرد عليها بطريقة أخرى في الوثائق.
