يقدم هذا المستودع سير عمل حسابيًا لحساب وتوصيف جميع iModulons لكائن حي محدد. ويتم ذلك في خمس خطوات:
iModulons عبارة عن مجموعة من الجينات المعدلة بشكل مستقل والتي يتم حسابها من خلال تحليل المكونات المستقلة (ICA) لمجموعة بيانات التعبير الجيني. لمعرفة المزيد حول iModulons أو استكشاف iModulons المنشورة، قم بزيارة iModulonDB أو راجع منشوراتنا الخاصة بالإشريكية القولونية أو المكورات العنقودية الذهبية أو العصوية الرقيقة .
هنا، نقدم مفهوم Modulome للكائن الحي، وهو مجموعة من جميع iModulons التي يمكن حسابها للكائن الحي بناءً على بيانات RNA-seq المتاحة للعامة. يوفر خط الأنابيب الحسابي سير عمل خطوة بخطوة لحساب Modulome لـ Bacillus subtilis .
لقد زودنا حاويات Docker المبنية مسبقًا بجميع البرامج اللازمة.
للبدء، قم بتثبيت Docker وNextflow.
يمكنك أيضًا تشغيل كل برنامج محليًا، مع إدراج جميع المتطلبات في ملف conda environment.yml . بالنسبة للخطوة 5 (iModulons المميزة)، قم أيضًا بتثبيت pymodulon.
يرجى الاستشهاد بالمقالة التالية: iModulonMiner وPyModulon: برنامج للتعدين غير الخاضع للرقابة لملخصات التعبير الجيني
