تنزيل seqkit - تنزيل كود المصدر seqkit

com.seqkit

شفرة المصدر الأخرى

v2.9.0

تنزيل

SeqKit - مجموعة أدوات متعددة المنصات وفائقة السرعة لمعالجة ملفات FASTA/Q

جرب SeqKit في متصفحك (البرامج التعليمية والتمارين المقدمة من sandbox.bio)
المستندات: http://bioinf.shenwei.me/seqkit ( الاستخدام والأسئلة الشائعة والبرامج التعليمية والمقاييس المعيارية )
كود المصدر: https://github.com/shenwei356/seqkit
أحدث نسخة:
يرجى الاقتباس:،
آحرون :

الأوامر الفرعية لـ SeqKit2

سمات

سهل التثبيت (تحميل)

توفير ثنائيات قابلة للتنفيذ مرتبطة بشكل ثابت لمنصات متعددة (Linux/Windows/macOS، amd64/arm64)
خفيف الوزن وجاهز للاستخدام، بدون تبعيات، بدون تجميع، بدون تكوين
conda install -c bioconda seqkit

سهل الاستخدام

فائق السرعة (راجع التفاصيل الفنية والمعيارية)
تحليل تنسيقات FASTA وFASTQ بسلاسة
دعم ( gzip / xz / zstd / bzip2 مضغوط) STDIN/STDOUT وملف الإدخال/الإخراج، مدمج بسهولة في الأنبوب
نتائج قابلة للتكرار (بذور راند قابلة للتكوين في sample shuffle )
دعم معرف التسلسل المخصص عبر التعبير العادي
دعم الإكمال التلقائي لـ Bash/Zsh

أوامر متعددة الاستخدامات (الاستخدامات والأمثلة)

وظائف عملية مدعومة بـ 38 أمرًا فرعيًا

تثبيت

انتقل إلى صفحة التنزيل لمزيد من خيارات التنزيل وسجلات التغيير، أو قم بالتثبيت عبر conda:

conda install -c bioconda seqkit

أوامر فرعية

فئة	يأمر	وظيفة	مدخل	حساسية حبلا	خيوط متعددة
العملية الأساسية	تسلسل	تحويل التسلسلات: استخراج المعرف/التسلسل، والتصفية حسب الطول/الجودة، وإزالة الفجوات...	فاستا/س
	احصائيات	إحصائيات بسيطة: #seqs، min/max_len، N50، Q20%، Q30%…	فاستا/س		✓
	فرعي	الحصول على التسلسلات حسب المنطقة/gtf/السرير، بما في ذلك التسلسلات المرافقة	فاستا/س	+ أو/و -
	انزلاق	استخراج التبعات في النوافذ المنزلقة	فاستا/س	+ فقط
	faidx	قم بإنشاء ملف فهرس FASTA واستخرج التسلسلات الفرعية (مع ميزات أكثر من samtools faidx)	فاستا	+ أو/و -
	يترجم	ترجمة DNA/RNA إلى تسلسل البروتين	فاستا/س	+ أو/و -
	يشاهد	الرصد والرسوم البيانية عبر الإنترنت لميزات التسلسل	فاستا/س
	طرد	تسلسل في الوقت الحقيقي وتدفق ملفات fastx	فاستا/س		✓
تحويل التنسيق	fq2fa	تحويل FASTQ إلى تنسيق FASTA	فاستق
	com.fx2tab	تحويل FASTA/Q إلى تنسيق جدولي	فاستا/س
	fa2fq	استرداد سجلات FASTQ المقابلة بواسطة ملف FASTA	فاستا/س	+ فقط
	tab2fx	تحويل التنسيق الجدولي إلى تنسيق FASTA/Q	TSV
	يتحول	تحويل ترميز الجودة FASTQ بين Sanger وSolexa وIllumina	فاستا/س
البحث	grep	تسلسلات البحث حسب المعرف/الاسم/التسلسل/زخارف التسلسل، مسموح بعدم التطابق	فاستا/س	+ و -	جزئيا، -م
	تحديد موقع	حدد موقع التبعيات/الزخارف، يُسمح بعدم التطابق	فاستا/س	+ و -	جزئيا، -م
	amplicon	استخراج الأمبليكون (أو منطقة معينة حوله)، مسموح بعدم التطابق	فاستا/س	+ و -	جزئيا، -م
	سمكة	ابحث عن تسلسلات قصيرة في تسلسلات أكبر	فاستا/س	+ و -
ضبط العملية	عينة	تسلسل العينة حسب العدد أو النسبة	فاستا/س
	com.rmdup	إزالة التسلسلات المكررة حسب المعرف/الاسم/التسلسل	فاستا/س	+ و -
	شائع	ابحث عن تسلسلات مشتركة لملفات متعددة حسب المعرف/الاسم/التسلسل	فاستا/س	+ و -
	ينسخ	تسلسلات مكررة N مرات	فاستا/س
	ينقسم	تقسيم التسلسلات إلى ملفات حسب منطقة المعرف/التسلسل/الحجم/الأجزاء (أساسًا لـ FASTA)	فضل فاستا
	سبليت2	تقسيم التسلسلات إلى ملفات حسب الحجم/الأجزاء (FASTA، PE/SE FASTQ)	فاستا/س
	رأس	اطبع سجلات N FASTA/Q الأولى	فاستا/س
	جينوم الرأس	طباعة تسلسل الجينوم الأول مع البادئات المشتركة في الاسم	فاستا/س
	يتراوح	طباعة سجلات FASTA/Q في نطاق (البداية: النهاية)	فاستا/س
	زوج	تصحيح القراءة المزدوجة من ملفين fastq	فاستا/س
يحرر	يستبدل	استبدل الاسم/التسلسل بالتعبير العادي	فاستا/س	+ فقط
	إعادة تسمية	إعادة تسمية المعرفات المكررة	فاستا/س
	com.concat	قم بتسلسل التسلسلات بنفس المعرف من ملفات متعددة	فاستا/س	+ فقط
	إعادة تشغيل	إعادة ضبط موضع البداية للجينوم الدائري	فاستا/س	+ فقط
	تحور	تحرير التسلسل (طفرة النقطة، الإدراج، الحذف)	فاستا/س	+ فقط
	صنعاء	تعقيم ملفات FASTQ ذات السطر الواحد المكسورة	فاستق
الطلب	نوع	فرز التسلسلات حسب المعرف/الاسم/التسلسل/الطول	فضل فاستا
	خلط	تسلسل خلط ورق اللعب	فضل فاستا
معالجة بام	بام	المراقبة والرسوم البيانية عبر الإنترنت لميزات سجل BAM	بام
متنوع	مجموع	حساب ملخص الرسالة لجميع التسلسلات في ملفات FASTA/Q	فاستا/س		✓
	دمج الشرائح	دمج النوافذ المنزلقة الناتجة عن انزلاق seqkit	TSV

ملحوظات:

حساسية حبلا:

+ only : المعالجة فقط على الشريط الموجب/الأمامي.
+ and - : البحث في كلا الفرعين.
+ or/and - : يعتمد على إشارات/خيارات/وسائط المستخدمين.

خيوط متعددة: يعد استخدام الخيوط الأربعة الافتراضية سريعًا بما يكفي لمعظم الأوامر، ويمكن لبعض الأوامر الاستفادة من الخيوط الإضافية.

الاقتباس

وي شين*، وبوتوند سيبوس، وليويانغ تشاو. 2024. SeqKit2: سكين الجيش السويسري لمعالجة التسلسل والمحاذاة. اي ميتا e191. دوى:10.1002/imt2.191.
وي شين، وشواي لو، ويان لي*، وفوكوان هو*. SeqKit: مجموعة أدوات متعددة المنصات وفائقة السرعة لمعالجة ملفات FASTA/Q. بلوس واحد . دوى:10.1371/journal.pone.0163962.