الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

com.pbbam

اعتبارًا من الإصدار 3.0 من تحليل SMRT، يتبنى PacBio تنسيق BAM القياسي في الصناعة لملفات بيانات الاتصال الأساسية (المحاذاة وغير المحاذاة). لقد قمنا أيضًا بصياغة تنسيق ملف مصاحب BAM (bam.pbi) يتيح الوصول السريع إلى مجموعة أكثر ثراءً من المعلومات لكل قراءة بالإضافة إلى التوافق مع البرامج المبنية على تنسيق cmp.h5 القديم.

توفر حزمة برامج pbbam مكونات لإنشاء ملفات PacBio BAM والاستعلام عنها وتحريرها والمؤشرات المرتبطة بها. تتضمن هذه المكونات مكتبة C++ أساسية وارتباطات للغات إضافية وأدوات مساعدة لسطر الأوامر.

التوفر

يمكن تثبيت أحدث pbbam عبر حزمة bioconda pbbam .

يرجى الرجوع إلى صفحة pbbioconda الرسمية الخاصة بنا للحصول على معلومات حول التثبيت والدعم والترخيص وحقوق النشر وإخلاء المسؤولية.

ملحوظة:

ليس المقصود من هذه المكتبة أن تستخدم كأداة مساعدة BAM للأغراض العامة - يجب أن تلتزم جميع وحدات BAM المدخلة والمخرجة بمواصفات تنسيق PacBio BAM. سوف تتسبب وحدات BAM غير التابعة لـ PacBio في طرح الاستثناءات.

التوثيق

  • الصفحة الرئيسية للتوثيق

    • ابدء
    • مرجع واجهة برمجة تطبيقات C++

  • سجل التغيير

التعليمات

يساعد! أحصل على "مجموعة كيمياء التسلسل غير المدعومة"!

يتحقق pbbam من صحة جميع ملفات BAM، وكجزء من التحقق من الصحة هذا، فإنه يتحقق مما إذا كانت متغيرات BindingKit و SequencingKit في كل مجموعة قراءة لملف BAM المقدم معروفة أم لا. كجزء من التطورات الكيميائية المستمرة، قد نحتاج إلى تقديم أرقام أجزاء جديدة لتحديد الكواشف الجديدة و/أو خلايا SMRT. من غير المحتمل أن تواجه مثل هذه المشكلات عند استخدام SMRT Link، لأنه يحتوي على مُحدِّث تلقائي متكامل يقوم بفحص الكيماويات الجديدة وتثبيتها بشكل دوري تلقائيًا. ستتطلب جميع أدوات PacBio التي يتم استخدامها دون تثبيت SMRT Link المناسب تدخلاً يدويًا لتنزيل مواد كيميائية جديدة: 

 cd < some persistent dir >
export SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR= " ${PWD} "

wget https://raw.githubusercontent.com/PacificBiosciences/pbcore/develop/pbcore/chemistry/resources/mapping.xml -O chemistry.xml

سيؤدي هذا إلى قيام pbbam بمحاولة تحميل chemistry.xml خارج النطاق من SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR ومن المفترض أن يسمح لك باستخدام برامج أقدم إلى حد ما مع BAMs أحدث إلى حد ما. ملحوظة: هذا يسمح فقط باجتياز التحقق الداخلي لـ pbbam ، وهذا لن يجعل البرامج الأخرى المعتمدة على الكيمياء تعمل تلقائيًا مع الكيمياء الأحدث. على سبيل المثال، تم تحديد معلمات الواجهة الخلفية لـ Arrow (الإجماع) على الكيمياء أيضًا، وسوف تفشل في حالة تقديم كيمياء جديدة تمامًا. راجع الأسئلة الشائعة الخاصة بالإجماع حول كيفية استخدام SMRT_CHEMISTRY_BUNDLE_DIR لتحميل نماذج للكيمياء الجديدة.

رخصة

  • ترخيص PacBio مفتوح المصدر

تنصل

يتم توفير هذا الموقع والمحتوى وجميع الخدمات المرتبطة بالموقع، بما في ذلك أي بيانات، "كما هي" مع كل العيوب، دون أي إقرارات أو ضمانات من أي نوع، سواء كانت صريحة أو ضمنية، بما في ذلك، على سبيل المثال لا الحصر، أي ضمانات التسويق، الجودة المُرضية، أو عدم الانتهاك، أو الملاءمة لغرض معين. أنت تتحمل المسؤولية والمخاطر الكاملة عن استخدامك لهذا الموقع، وجميع الخدمات ذات الصلة بالموقع، وأي مواقع ويب أو تطبيقات تابعة لجهات خارجية. لا تشكل أي معلومات أو نصائح شفهية أو مكتوبة ضمانًا من أي نوع. أي إشارات إلى منتجات أو خدمات محددة على مواقع الويب لا تشكل أو تتضمن توصية أو تأييدًا من PACIFIC BIOSCIENCES.

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل