cell2tcr

Cell2TCR هي أداة للاستدلال على أشكال مستقبلات الخلايا التائية (TCR). يصف نموذج TCR مجموعة من TCRs ذات تشابه تسلسلي كافٍ للتعرف على الحاتمة المشتركة.

ابدء

راجع مثال الاستخدام في cell2tcr.ipynb.

تثبيت

1. إنشاء بيئة كوندا جديدة

 conda create --name cell2tcr_env python=3.10
conda activate cell2tcr_env

2. قم بتثبيت Cell2TCR من جيثب

git clone https://github.com/Teichlab/cell2tcr.git
cd cell2tcr
pip install .

3. اختياري: قم بإضافة kernel لاستخدامه في دفاتر ملاحظات Jupyter

 python -m ipykernel install --user --name cell2tcr_env

يكشف تحدي SARS-CoV-2 البشري عن ديناميكيات الاستجابة المحلية والنظامية

نشرت في مجلة الطبيعة بتاريخ 19.06.2024

ريك جي إتش ليندبوم*، كايلي بي. ورلوك*، ليزا إم. دراتفا، ماساهيرو يوشيدا، ديفيد سكوبي، هيلين ر. واغستافي، لورا ريتشاردسون، آنا ويلبري كلارك، جوزفين إل. بارنز، لورينز كريتشمر، كرزيستوف بولانسكي، جيسيكا ألين هيتينن , بوجا ميهتا، دينيثي سوماناويرا، جاكلين إم. بوكاتشينو، وارادون سونجناك، راسا إلمينتايت، ني هوانج، ليرا مامانوفا، راكيش كابوجي، ليام بولت، إيلينا بريجمور، بن كيلينجلي، ماريا كالينوفا، ماريا ماير، أليسون بويرز، أليكس مان، ليو سوادلينج ، ماكسيميليان إن جيه وودال، صامويل إليس، كلير إم سميث، فيتور إتش. تيكسيرا، سام إم جينس، راشيل سي. تشامبرز، مظلفة حنيفة، أندرو كاتشبول، روبرت هايدرمان، مهداد نور صادقي، بيني تشين، أندرياس ماير، كيرستين بي. ماير ، كريستوفر تشيو، ماركو زد نيكوليتش ​​† وسارة أ. تيشمان †