الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

إف

آخر تحديث: 05/03/2024

تنصل

هذا المستودع قديم ولن يتم صيانته بعد الآن

كان هذا مستودعًا شخصيًا لتحليل بيانات تسلسل AAV طويلة القراءة من PacBio. تتم الآن صيانة الكود مفتوح المصدر وتطويره في مستودع LAAVA الخاص بـ FormBio. يرجى زيارة LAAVA للحصول على أحدث قاعدة رموز! شكرًا!

المتطلبات المسبقة

  • بايثون 3.7
  • ر

مكتبات بايثون المطلوبة:

  • بيسام

حزم R المطلوبة:

  • ggplot2
  • com.dplyr
  • شبكة
  • GridExtra

تثبيت

يمكنك تنزيل/استنساخ الريبو مباشرة لاستخدام البرامج النصية مباشرة. 

 $ git clone https://github.com/Magdoll/AAV.git

يمكنك تثبيت التبعيات بنفسك أو استخدام أحد الخيارات المستندة إلى conda التالية.

الخيار 1: استخدم Conda وقم بتثبيت المتطلبات المسبقة بشكل فردي 

 conda install -c bioconda pysam
conda install -c r ggplot2
conda install -c r dpylr
conda install -c r grid
conda install -c r gridExtra

الخيار 2: استخدم Conda مع yml

لنفترض أن لديك anaconda مثبتًا وأن الملف الثنائي موجود في $HOME/anaCogentPy37/bin . يمكنك إضافة الملف الثنائي إلى $PATH وإنشاء بيئة كوندا جديدة تسمى AAV.env . 

 $ export PATH=$HOME/anaCogentPy37/bin:$PATH
$ conda env create -f AAV.conda_env.yml
$ source activate AAV.env

عند هذه النقطة يجب أن يتغير الموجه إلى (AAV.env) $

الاستخدام

يرجى قراءة البرنامج التعليمي AAV

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل
تعليقات المستخدمين