النمل
Gracilidris
أدوات التطبيع المتقدمة (ANTs) هي مكتبة C++ متاحة من خلال سطر الأوامر والتي تحسب التعيينات عالية الأبعاد لالتقاط إحصائيات بنية الدماغ ووظيفته. فهو يسمح للمرء بتنظيم مجموعات الصور الطبية الحيوية الكبيرة وتصورها واستكشافها إحصائيًا. بالإضافة إلى ذلك، فهو يدمج طرائق التصوير في المكان والزمان ويعمل عبر الأنواع أو أجهزة الأعضاء بأقل قدر من التخصيص.
تعتبر مكتبة ANTs مجموعة أدوات حديثة لتسجيل الصور الطبية وتقسيمها والتي تعتمد على Insight ToolKit، وهي مكتبة معالجة الصور الطبية المستخدمة على نطاق واسع والتي يساهم فيها مطورو ANTs. كما فازت الأدوات المتعلقة بـ ANT بالعديد من المسابقات الدولية غير المتحيزة مثل MICCAI، وBRATS، وSTACOM.
من الممكن استخدام ANTs في R (ANTsR) وPython (ANTsPy)، مع وظائف إضافية للتعلم العميق في R (ANTsRNet) وPython (ANTsPyNet). تساعد هذه المكتبات على دمج ANTs مع نظام R/Python البيئي الأوسع.
روابط سريعة: تحميل الثنائيات | البناء من المصدر | عامل ميناء | كوندا.
أسهل طريقة لتثبيت ANTs هي تنزيل أحدث الثنائيات على صفحة الإصدارات. قم بتنزيل أحدث إصدار ضمن قسم "الأصول"، ثم قم بفك ضغط الأرشيف. بعد ذلك، قم بإضافة مكتبة ANTs إلى المسار الخاص بك:
export PATH=/path/to/ants/bin:$PATH
يمكنك التحقق من نجاح ذلك عن طريق تشغيل أمر للعثور على المسار إلى أي وظيفة ANTs:
which antsRegistration
إذا نجح ذلك، فمن المفترض أن تكون قادرًا على استخدام الوظائف الكاملة لـ ANTs من سطر الأوامر أو bash. قد ترغب في التحكم في مؤشرات الترابط المتعددة عن طريق تعيين متغير البيئة ITK_GLOBAL_DEFAULT_NUMBER_OF_THREADS .
عند الضرورة، يمكنك أيضًا إنشاء ANTs من أحدث كود المصدر. يبدو المثال البسيط على Linux/Mac كما يلي:
workingDir= ${PWD}
git clone https://github.com/ANTsX/ANTs.git
mkdir build install
cd build
cmake
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX= ${workingDir} /install
../ANTs 2>&1 | tee cmake.log
make -j 4 2>&1 | tee build.log
cd ANTS-build
make install 2>&1 | tee install.logيمكن العثور على مزيد من التفاصيل ونص التثبيت الكامل القابل للتنزيل في دليل Linux/MacOS. سيعمل البناء من المصدر بشكل عام على نظام التشغيل Windows أيضًا مع بعض الخطوات الإضافية الموضحة في دليل Windows. وبدلاً من ذلك، من الممكن أيضًا تثبيت ANTs عبر Docker أو Conda.
ANTs هي مكتبة مرنة يمكن استخدامها لمجموعة متنوعة من التطبيقات والمجالات. فيما يلي مجموعة من أمثلة النصوص البرمجية التي يمكن - بقليل من الجهد - تكييفها لتناسب احتياجاتك الخاصة. تتضمن بعض الأمثلة أيضًا رمزًا لـ ANTsR أو ANTsPy.
راجع أيضًا قوالب ANT المعدة مسبقًا والتي تحتوي على سوابق مكانية متاحة للتنزيل [عام، MNI].
هناك العديد من الموارد المختلفة للتعرف على كيفية استخدام وظائف ANT والمنهجية التي تقف وراءها. يتم توفير قائمة مختارة من الموارد المفيدة هنا.
يتم أيضًا عرض بعض البرامج التعليمية التي تتم زيارتها بشكل شائع لوظائف ANT المحددة أدناه.
إذا كان لديك سؤال، أو طلب ميزة، أو تقرير خطأ، فإن أفضل طريقة للحصول على المساعدة هي نشر مشكلة على صفحة GitHub. يرجى تذكر أنه من الصعب تقديم أي مساعدة إذا لم تقم بتوفير معلومات كافية لإعادة إنتاج مشكلتك أو بيئتك.
نحن نرحب بأي مساهمات وأفكار جديدة لتحسين ANTs. إذا كنت تريد المساهمة بالكود، فإن أفضل طريقة للبدء هي من خلال قراءة Wiki لفهم المشروع أو عن طريق نشر مشكلة.
يتولى تطوير ANTs براين بي. أفانت (المبتكر، تصميم الخوارزميات، التنفيذ)، نيكولاس ج. توستسون (المتكامل، تصميم الخوارزميات، خبير التنفيذ)، هانز جيه. جونسون (تطبيق واسع النطاق، الاختبار، تصميم البرمجيات)، جانج سونغ (المنشئ)، فيليب أ. كوك، جيفري تي. دودا (DTI)، بن م. كانديل (الإرواء، التحليل متعدد المتغيرات)، ونيك كولين (بيثون، ر).
تم نشر مجموعة كبيرة من المقالات الصحفية باستخدام برنامج ANTs ويمكن العثور عليها من خلال البحث في Google Scholar أو PubMed. نقدم أدناه قائمة منسقة بالمقالات الأكثر صلة لاستخدامها كدليل لفهم أفضل أو الاستشهاد بـ ANT.
تسجيل الصور المتباينة المتماثلة مع الارتباط المتبادل: تقييم العلامات الآلية لكبار السن والدماغ التنكس العصبي . ميد إيماج الشرج (2008). [وصلة]
تقييم 14 خوارزمية تشوه غير خطية مطبقة على تسجيل التصوير بالرنين المغناطيسي للدماغ البشري . الصورة العصبية (2009). [وصلة]
تقييم طرق التسجيل على التصوير المقطعي الصدري: تحدي EMPIRE10 . IEEE Trans Med Imaging (2011). [وصلة]
تقييم قابل للتكرار لأداء متري تشابه ANT في تسجيل صور الدماغ . الصورة العصبية (2011). [وصلة]
تأثير القالب الأمثل في دراسات الحصين على السكان المرضى . الصورة العصبية (2010). [وصلة]
إطار متعدد المتغيرات مفتوح المصدر لتجزئة الأنسجة n مع تقييم البيانات العامة . المعلوماتية العصبية (2011). [وصلة]
تجزئة الأطلس المتعدد مع دمج العلامات المشتركة والتعلم التصحيحي - تطبيق مفتوح المصدر . الجبهة العصبية (2013). [وصلة]
N4ITK: تحسين تصحيح التحيز N3 . IEEE Trans Med Imaging (2010). [وصلة]
قياس سمك القشرية على أساس التسجيل . الصورة العصبية (2009). [وصلة]
تقييم واسع النطاق لقياسات ANTs وFreeSurfer القشرية . الصورة العصبية (2014). [وصلة]
التباين الإقليمي ونصف الكرة الغربي في سمك القشرية في الشمبانزي . ي نيوروسي (2013). [وصلة]
رسم خرائط طولية لقياسات السماكة القشرية: دراسة تقييمية تعتمد على مبادرة التصوير العصبي لمرض الزهايمر . جي الزهايمر ديس (2019). [وصلة]
يعمل التشريح الذاتي على تحسين قوة الكشف عن التغيير القشري الطولي . Med Image Comput Comput Assist Interv (2012). [وصلة]
يساعد تصوير المادة البيضاء على فصل تاو عن TDP-43 في تنكس الفص الجبهي الصدغي . جي نيورول نيوروسورج للطب النفسي (2013). [وصلة]
النظام البيئي ANTsX للتصوير البيولوجي والطبي الكمي . التقارير العلمية (2021). [وصلة]
الأنماط الهيكلية المشتقة من التصوير العصبي لـ ANTsX في البنك الحيوي في المملكة المتحدة . التقارير العلمية (2024). [وصلة]
الدعم الحالي يأتي من R01-EB031722. يتضمن الدعم السابق R01-EB006266-01 وK01-ES025432-01.
