كيفية تنزيل البيانات التعريفية لجميع الجينومات المتاحة للكائن يدويًا في NCBI

كيفية تنزيل البيانات التعريفية لجميع الجينومات المتاحة للكائن يدويًا في NCBI؟

المؤلف: الدكتور أسد برودان https://asadprodhan.github.io/

الخطوة 1: ابحث عن كائنك الحي في قاعدة بيانات NCBI

• انتقل إلى موقع NCBI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

• ابحث عن كائنك الحي كما هو موضح في Fusarium في المربع الأحمر المستطيل في الشكل 1

• سيتم عرض نتائج البحث ضمن فئات مختلفة (الشكل 1)

• انقر على قاعدة بيانات الجينوم كما هو موضح بالمسدس الأحمر في الشكل 1

الشكل 1: ابحث عن الكائن الحي الخاص بك في قاعدة بيانات NCBI.

الخطوة 2: حدد البيانات الوصفية التي تهمك

• سترى شيئًا مثل الشكل 2

• ضع علامة في مربع التجميع كما هو موضح بالدائرة الحمراء في الشكل 2

• انقر فوق علامة التبويب تحديد الأعمدة كما هو موضح بالمستطيل الأحمر في الشكل 2

الشكل 2: حدد البيانات الوصفية التي تهمك.

• حدد البيانات الوصفية التي تهمك وقم بالتقديم (الشكل 3)

الشكل 3: البيانات الوصفية المتاحة.

الخطوة 3: تنزيل البيانات التعريفية

• انقر فوق علامة التبويب "تنزيل" كما هو موضح بالدائرة الحمراء في الشكل 4

• حدد تنزيل الجدول من القائمة المنسدلة

• حدد تنسيق القيم المفصولة بعلامات جدولة (TSV).

• انقر فوق تنزيل

الشكل 4: تنزيل البيانات التعريفية.

الخطوة 3: تحويل ملف TSV إلى ورقة إكسل

• سيتم تنزيل ملف TSV يحتوي على البيانات الوصفية.

• يمكنك فتح ملف TSV في برنامج Excel مثل الشكل 5.

الشكل 5: ورقة البيانات الوصفية.

الآن، لديك ورقة إكسل تحتوي على البيانات الوصفية لجميع تسلسلات الجينوم المتاحة لفطر الفيوزاريوم.

يمكنك فرز هذه المعلومات وإدراج أرقام التجميع التي تريد تنزيلها في قائمة مختصرة.

راجع هذا البرنامج التعليمي حول كيفية تنزيل تسلسل الجينوم تلقائيًا:

https://github.com/asadprodhan/How-to-download-all-the-available-genome-sequences-of-an-organism-automatically