alphafold3
v3.0.0
توفر هذه الحزمة تطبيقًا لخط الاستدلال الخاص بـ AlphaFold 3. انظر أدناه لمعرفة كيفية الوصول إلى معلمات النموذج. لا يجوز لك استخدام معلمات نموذج AlphaFold 3 إلا إذا تم استلامها مباشرةً من Google. يخضع الاستخدام لشروط الاستخدام هذه.
أي منشور يكشف عن النتائج الناشئة عن استخدام كود المصدر هذا، أو معلمات النموذج أو المخرجات التي تنتجها تلك يجب أن يستشهد بالتنبؤ بالبنية الدقيقة للتفاعلات الجزيئية الحيوية مع ورقة AlphaFold 3.
يرجى أيضًا الرجوع إلى المعلومات التكميلية للحصول على وصف تفصيلي للطريقة.
يتوفر AlphaFold 3 أيضًا على alphafoldserver.com للاستخدام غير التجاري، مع مجموعة محدودة من الروابط والتعديلات التساهمية.
إذا كانت لديك أية أسئلة، فيرجى الاتصال بفريق AlphaFold على [email protected].
يحتوي هذا المستودع على كافة التعليمات البرمجية اللازمة لاستدلال AlphaFold 3. لطلب الوصول إلى معلمات طراز AlphaFold 3، يرجى إكمال هذا النموذج. سيتم منح الوصول وفقًا لتقدير Google DeepMind وحده. سنهدف إلى الرد على الطلبات خلال 2-3 أيام عمل. لا يجوز لك استخدام معلمات نموذج AlphaFold 3 إلا إذا تم استلامها مباشرةً من Google. يخضع الاستخدام لشروط الاستخدام هذه.
راجع وثائق التثبيت.
بمجرد تثبيت AlphaFold 3، يمكنك اختبار الإعداد الخاص بك باستخدام، على سبيل المثال، ملف الإدخال JSON التالي المسمى alphafold_input.json :
{ "الاسم": "2PV7"، "التسلسلات": [
{ "بروتين": {"id": ["A"، "B"]،"sequence": "GMRESYANENQFGFKTINSDIHKIVIVGGYGKLGGLFARYLRASGYPISILDREDWAVAESILANADVVIVSVPINLTLETIERLKPYLTENMLLADLTSVKREPLAKMLEVHTGAVLGLHPMFGADIASMAKQVVVRCDGRFPERYEW "" }
}
]، "modelSeeds": [1]، "اللهجة": "alphafold3"، "الإصدار": 1}يمكنك بعد ذلك تشغيل AlphaFold 3 باستخدام الأمر التالي:
docker run -it --volume $HOME/af_input:/root/af_input --volume $HOME/af_output:/root/af_output --volume <MODEL_PARAMETERS_DIR>:/root/models --volume <DATABASES_DIR>:/root/public_databases --gpus all alphafold3 python run_alphafold.py --json_path=/root/af_input/fold_input.json --model_dir=/root/models --output_dir=/root/af_output
هناك العديد من العلامات التي يمكنك تمريرها إلى الأمر run_alphafold.py ، لإدراجها جميعًا، قم بتشغيل python run_alphafold.py --help . هناك علامتان أساسيتان تتحكمان في الأجزاء التي سيتم تشغيل AlphaFold 3 هما:
--run_data_pipeline (القيمة الافتراضية هي true ): ما إذا كان سيتم تشغيل مسار البيانات، أي البحث الجيني والبحث عن القوالب. هذا الجزء مخصص لوحدة المعالجة المركزية فقط، ويستغرق وقتًا طويلاً ويمكن تشغيله على جهاز بدون وحدة معالجة الرسومات.
--run_inference (القيمة الافتراضية هي true ): ما إذا كان سيتم تشغيل الاستدلال أم لا. يتطلب هذا الجزء وحدة معالجة الرسومات.
راجع وثائق الإدخال.
راجع وثائق الإخراج.
راجع وثائق الأداء.
يتم توثيق المشكلات المعروفة في وثائق المشكلات المعروفة.
الرجاء إنشاء مشكلة إذا لم تكن مدرجة بالفعل في المشكلات المعروفة أو في أداة تعقب المشكلات.
أي منشور يكشف عن النتائج الناشئة عن استخدام كود المصدر هذا، أو معلمات النموذج أو المخرجات التي تنتجها تلك يجب أن تشير إلى ما يلي:
@article{Abramson2024، المؤلف = {أبرامسون، جوش وأدلر، جوناس ودونجر، جاك وإيفانز، ريتشارد وجرين، تيم وبريتزل، ألكسندر ورونبيرجر، أولاف وويلمور، ليندسي وبالارد، أندرو جيه وبامبريك، جوشوا و بودنشتاين، سيباستيان دبليو وإيفانز، ديفيد أ. وهونغ، تشيا تشون وأونيل، مايكل وريمان، ديفيد و تونياسوفوناكول، كاثرين وو، زاكاري وزيمجوليتي، أكفيلي وأرفانيتي، إيريني وبيتي، تشارلز وبرتولي، أوتافيا وبريدجلاند، أليكس وتشيريبانوف، أليكسي وكونجريف، مايلز وكوين ريفرز، ألكسندر آي وكاوي، أندرو وفيجورنوف، مايكل وفوشس، فابيان ب. وجلدمان، هانا و جاين، ريشوب وخان، يوسف أ. ولو، كارولين إم آر وبيرلين، كوبا وبوتابينكو، آنا وسافي، باسكال وسينغ، سوخديب وستيكولا، أدريان وتيليسوندارام، أشوك وتونغ، كاثرين ويكنين، سيرجي وتشونغ، إلين د. وزيلينسكي، ميشال وجيدك، أوغسطين وبابست، فيكتور و Kohli، Pushmeet and Jaderberg، Max and Hassabis، Demis and Jumper، John M.}، مجلة = {Nature}، العنوان = {التنبؤ الدقيق للبنية للتفاعلات الجزيئية الحيوية مع AlphaFold 3}، السنة = {2024}، المجلد = {630} الرقم = {8016}، الصفحات = {493–-500}، دوي = {10.1038/s41586-024-07487-ث}}أصبح إصدار AlphaFold 3 ممكنًا بفضل المساهمات القيمة للأشخاص التاليين:
أندرو كوي، بيلا هانسن، تشارلي بيتي، كريس جونز، جريس مارجاند، جاكوب كيلي، جيمس سبنسر، جوش أبرامسون، كاثرين تونياسوفوناكول، كوبا بيرلين، ليندسي ويلمور، ماكس بيلشي، مولي بيك، أوليغ كوفاليفسكي، سيباستيان بودنشتاين، سوكديب سينغ، تيم جرين ، توبي سارجينت، أوتشيتشي أوكيريكي، يوتام دورون، وأوغسطين Žídek (قائد هندسي).
كما نعرب عن امتناننا للمتعاونين معنا في Google وIsomorphic Labs.
يستخدم AlphaFold 3 المكتبات والحزم المنفصلة التالية:
abseil-cpp و abseil-py
تشيكس
عامل ميناء
دسب
جناح همر
هايكو
جاكس
جاكس تريتون
com.jaxtyping
libcifpp
NumPy
pybind11 و pybind11_abseil
ردكيت
شجرة
تريتون
com.tqdm
ونشكر جميع المساهمين والمشرفين!
إذا كانت لديك أي أسئلة لم يتم تناولها في هذه النظرة العامة، فيرجى الاتصال بفريق AlphaFold على [email protected].
نود أن نسمع تعليقاتك ونفهم مدى فائدة AlphaFold 3 في بحثك. شارك قصصك معنا على [email protected].
هذا ليس أحد منتجات Google المدعومة رسميًا.
حقوق الطبع والنشر لعام 2024 محفوظة لشركة DeepMind Technologies Limited.
تم ترخيص كود مصدر AlphaFold 3 بموجب ترخيص Creative Commons Attribution-Non-Commercial ShareAlike International License، الإصدار 4.0 (CC-BY-NC-SA 4.0) ("الترخيص")؛ لا يجوز لك استخدام هذا الملف إلا وفقًا للترخيص. يمكنك الحصول على نسخة من الترخيص على https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/LICENSE.
تتوفر معلمات نموذج AlphaFold 3 بموجب شروط استخدام معلمات نموذج AlphaFold 3 ("الشروط")؛ ولا يجوز لك استخدامها إلا وفقًا للشروط. يمكنك الحصول على نسخة من الشروط على https://github.com/google-deepmind/alphafold3/blob/main/WEIGHTS_TERMS_OF_USE.md.
ما لم يكن ذلك مطلوبًا بموجب القانون المعمول به، يتم توزيع AlphaFold 3 ومخرجاته على أساس "كما هي"، دون ضمانات أو شروط من أي نوع، سواء كانت صريحة أو ضمنية. أنت وحدك المسؤول عن تحديد مدى ملاءمة استخدام AlphaFold 3، أو استخدام أو توزيع كود المصدر أو المخرجات الخاصة به، وتتحمل أي وجميع المخاطر المرتبطة بهذا الاستخدام أو التوزيع وممارستك للحقوق والالتزامات بموجب الشروط ذات الصلة. المخرجات عبارة عن تنبؤات بمستويات مختلفة من الثقة ويجب تفسيرها بعناية. استخدم تقديرك قبل الاعتماد على أصول AlphaFold 3 أو نشرها أو تنزيلها أو استخدامها بأي طريقة أخرى.
AlphaFold 3 ومخرجاته مخصصة للنمذجة النظرية فقط. وهي غير مخصصة أو معتمدة أو معتمدة للاستخدام السريري. لا يجوز لك استخدام AlphaFold 3 أو مخرجاته للأغراض السريرية أو الاعتماد عليها للحصول على مشورة طبية أو غيرها من النصائح المهنية. يتم توفير أي محتوى يتعلق بهذه المواضيع لأغراض إعلامية فقط ولا يشكل بديلاً عن المشورة من متخصص مؤهل. راجع الشروط ذات الصلة لمعرفة الأذونات والقيود الخاصة باللغة المحددة بموجب الشروط.
قد يخضع استخدام برامج أو مكتبات أو أكواد الطرف الثالث المشار إليها في قسم الشكر والتقدير أعلاه لشروط وأحكام منفصلة أو أحكام ترخيص. يخضع استخدامك لبرامج أو مكتبات أو أكواد الطرف الثالث لأي من هذه الشروط ويجب عليك التحقق من قدرتك على الالتزام بأي قيود أو شروط وأحكام معمول بها قبل الاستخدام.
تم نسخ قواعد البيانات التالية: (1) بواسطة Google DeepMind؛ و(2) مضمنة جزئيًا مع حزمة رمز الاستدلال لأغراض الاختبار، وهي متاحة بالإشارة إلى ما يلي:
BFD (معدل)، بواسطة Steinegger M. وSöding J.، تم تعديله بواسطة Google DeepMind، وهو متاح بموجب ترخيص Creative Commons Attribution 4.0 الدولي. راجع قسم الأساليب في ورقة البروتين AlphaFold للحصول على التفاصيل.
PDB (غير معدل)، بواسطة HM Berman وآخرون، متاح مجانًا من جميع قيود حقوق النشر ومتاح بشكل كامل ومجاني للاستخدام غير التجاري والتجاري بموجب CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) تخصيص المجال العام.
MGnify: v2022_05 (غير معدل)، بواسطة Mitchell AL وآخرون، متاح مجانًا دون جميع قيود حقوق الطبع والنشر وتم إتاحته بشكل كامل ومجاني للاستخدام غير التجاري والتجاري بموجب تخصيص المجال العام CC0 1.0 Universal (CC0 1.0).
UniProt: 2021_04 (غير معدل)، بواسطة UniProt Consortium، متاح بموجب ترخيص Creative Commons Attribution 4.0 الدولي.
UniRef90: 2022_05 (غير معدل) بواسطة UniProt Consortium، متاح بموجب ترخيص Creative Commons Attribution 4.0 الدولي.
NT: 2023_02_23 (معدل) راجع المعلومات التكميلية لورقة AlphaFold 3 للحصول على التفاصيل.
RFam: 14_4 (معدل)، بواسطة I. Kalvari وآخرون، متاح بدون جميع قيود حقوق النشر ومتاح بشكل كامل ومجاني للاستخدام غير التجاري والتجاري بموجب CC0 1.0 Universal (CC0 1.0) تخصيص المجال العام. راجع المعلومات التكميلية لورقة AlphaFold 3 للحصول على التفاصيل.
RNACentral: 21_0 (معدل)، بواسطة اتحاد RNAcentral متاح مجانًا من جميع قيود حقوق الطبع والنشر وتم إتاحته بشكل كامل ومجاني للاستخدام غير التجاري والتجاري بموجب تخصيص المجال العام CC0 1.0 Universal (CC0 1.0). راجع المعلومات التكميلية لورقة AlphaFold 3 للحصول على التفاصيل.
