تنزيل RAILIN - تنزيل كود مصدر RAILIN

RAILIN

شفرة المصدر الأخرى

1.0.0

تنزيل

RAILIN (تعيين الرنين عن طريق البرمجة الخطية الصحيحة)

مقدمة

RAILIN عبارة عن مجموعة أدوات من نوع Python لتخصيص السلسلة الجانبية للأحماض الأمينية تلقائيًا من ترددات الرنين المغناطيسي النووي. يمكن صياغة هذه المشكلة كمشكلة تخصيص خطية وحلها باستخدام تقنيات التحسين المقيدة. يستخدم RAILIN أسلوب تصنيف MAP (الحد الأقصى للخلفيات) لتقدير احتمال أن تتوافق ترددات الرنين لكل نظام دوران مع واحد من الأحماض الأمينية الـ 21. يتم توفير المعرفة المسبقة من خلال البنية الأولية للبروتين. يتم استخدام تسلسل الأحماض الأمينية هذا لصياغة مشكلة التعيين الخطي المقيدة، والتي بدورها يتم حلها باستخدام البرمجة الخطية الصحيحة. مشكلة برمجة الأعداد الصحيحة هي برنامج تحسين رياضي أو جدوى يتم فيه تقييد بعض أو كل المتغيرات على أنها أعداد صحيحة. في العديد من الإعدادات، يشير المصطلح إلى البرمجة الخطية الصحيحة (ILP)، حيث تكون الوظيفة الموضوعية والقيود (بخلاف قيود الأعداد الصحيحة) خطية.

الاستخدام

usage: railin.py [-h] [--reffile REFFILE] [-a ASSIGNMENTS] [-t TOLERANCE]
               [-s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}] [-v]
               resfile seqfile

positional arguments:
  resfile               Path to list of pseudo-residues in ASCII format.
  seqfile               Path to sequence file in FASTA format.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --reffile REFFILE     Path to BMRB reference shifts in ASCII format.
  -a ASSIGNMENTS, --assignments ASSIGNMENTS
                        Number of assignments to be computed (default: 100).
  -t TOLERANCE, --tolerance TOLERANCE
                        Linking Tolerance in ppm (default: 0.6).
  -s {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}, --strategy {Joint,JointNew,CplexILP,ILP,Single}
                        Assignment strategy (default: CplexILP).
  -v, --verbose         Turn on verbosity option.

تثبيت

التثبيت القياسي

التبعيات

تعتمد شركة RAILIN على الحزم التالية:

numpy - مطلوب (numpy.scipy.org)
scipy - مطلوب (scipy.org)
matplotlib - مطلوب (matplotlib.org)
networkx - مطلوب (networkx.github.io/)
IBM ILOG CPLEX Optimizer - مطلوب (محسن cplex)

للتحقق مما إذا كانت أي من الحزم المذكورة أعلاه مثبتة بالفعل على نظامك، حاول:

$ python
>> > import numpy
>> > import scipy
>> > import matplotlib
>> > import networkx
>> > import cplex

خطأ الاستيراد يعني أن الحزمة غير مثبتة.

تثبيت التبعيات على أنظمة تشبه يونكس

استخدم مدير الحزم الخاص بك لتثبيت حزم بايثون المطلوبة؛ على سبيل المثال في Debian/Ubuntu:

$ sudo apt-get install python-numpy
$ sudo apt-get install python-scipy
$ sudo apt-get install python-matplotlib
$ sudo apt-get install python-networkx