tombo تحميل - tombo تنزيل كود المصدر

tombo

شفرة المصدر الأخرى

Minor Optimizations and Bug

تنزيل

/ONT_logo_deprecate.png

لدينا مورد جديد للمعلومات الحيوية يحل محل وظيفة هذا المشروع! شاهد مستودعنا الجديد هنا: remora.

هذا المستودع غير مدعوم الآن ولا نوصي باستخدامه. يرجى الاتصال بـ Oxford Nanopore: [email protected] للحصول على مساعدة بشأن التطبيق الخاص بك إذا لم يكن من الممكن الترقية.

تومبو

تومبو عبارة عن مجموعة من الأدوات المستخدمة أساسًا لتحديد النيوكليوتيدات المعدلة من بيانات تسلسل المسام النانوية. يوفر Tombo أيضًا أدوات لتحليل وتصور إشارة ثقب النانو الخام.

يمكن العثور على الوثائق التفصيلية لجميع أوامر وخوارزميات Tombo على صفحة وثائق tombo.

سمات

الكشف عن القاعدة المعدلة
- يدعم كلا من الحمض النووي والحمض النووي الريبي المباشر
  - تفاصيل معالجة الحمض النووي الريبي
- ثلاث خوارزميات كشف تدعم مجموعة واسعة من التطبيقات
  - النموذج البديل (المفضل)
  - مقارنة العينة
  - من جديد
تصور الإشارة الخام المرتكزة على المرجع
تحليل الإشارات الخام بيثون API
طرق تقدير النماذج سهلة الاستخدام مع البرنامج التعليمي

ابدء

تركيب كوندا (الطريقة المفضلة)

 # التثبيت عبر بيئة bioconda (https://bioconda.github.io/#set-up-channels)
conda install -c bioconda ont-tombo

الخطوة الأولى في أي تحليل لـ Tombo هي إعادة تمايل (الإشارة الأولية إلى محاذاة التسلسل المرجعي) لقراءات المسام النانوية الخام. يؤدي هذا إلى إنشاء فهرس وتخزين محاذاة الإشارة الأولية اللازمة لإجراء التحليلات النهائية.

في هذا المثال، يتم اختبار عينة E. coli لمثيلة السد وdcm (نموذج CpG متاح أيضًا للتحليل البشري). باستخدام هذه النتائج، يتم رسم الإشارة الأولية في مواضع dcm الأكثر تعديلاً ويتم إخراج التنبؤات الأساسية المعدلة للسد إلى ملف تذبذب لاستخدامها في المعالجة النهائية أو التصور في متصفح الجينوم.

 مسار إعادة تمويج تومبو/إلى/fast5s/ genome.fasta --العمليات 4 --الأخطاء الأكثر شيوعًا 5
تومبو Detect_modifications Alternative_model -- مسار/إلى/fast5s/ 
    --اسم ملف الإحصائيات الأصلي.e_coli_sample 
    - سد القواعد البديلة dcm - العمليات 4

# رسم إشارة أولية في معظم مواقع DCM المهمة
مؤامرة تومبو Most_significant --مسار/إلى/fast5s/ 
    --اسم ملف الإحصائيات أصلي.e_coli_sample.dcm.tombo.stats 
    --نموذج المخطط القياسي --نموذج المخطط البديل dcm 
    --pdf-اسم الملف Sample.most_significant_dcm_sites.pdf

# ينتج ملف شعر مستعار مع جزء تقديري من القراءات المعدلة في كل موقع مرجعي صالح
تومبو text_output browser_files --اسم ملف الإحصائيات original.e_coli_sample.dam.tombo.stats 
    --أنواع الملفات Damened_fraction --اسم قاعدة ملف المتصفح Native.e_coli_sample.dam
# أيضًا قم بإنتاج ملف تغطية القراءة الذي تمت معالجته بنجاح كمرجع
تومبو text_output browser_files -- مسار/إلى/fast5s/ 
    - تغطية أنواع الملفات - الاسم الأساسي لملف المتصفح Native.e_coli_sample

في حين أن النماذج النموذجية ( CpG و dcm و dam ؛ الأكثر دقة) ونماذج القاعدة البديلة المحددة لكل السياق ( 5mC و 6mA ؛ أكثر دقة) هي المفضلة، فإن Tombo يسمح أيضًا للمستخدمين بالتحقيق في تعديلات أساسية أخرى أو حتى غير معروفة.

فيما يلي مثالان لأمرين يشغلان طريقة de_novo (اكتشاف الانحرافات عن مستويات الإشارة القانونية المتوقعة) وطريقة level_sample_compare (اكتشاف الانحراف في مستويات الإشارة بين عينتين محل اهتمام؛ ويعمل بشكل أفضل مع التغطية العالية).

 تومبو Detect_modifications de_novo --مسار/إلى/fast5s/ 
    - نموذج الاسم الأساسي للملف الإحصائي.de_novo_detect - العمليات 4
تومبو text_output browser_files - اسم ملف الإحصائيات Sample.de_novo_detect.tombo.stats 
    - نموذج الاسم الأساسي لملف المتصفح.de_novo_detect - أنواع الملفات المخففة_الكسرية

تومبو Detect_modificationslevel_sample_compare --مسار/إلى/fast5s/ 
    --control-fast5-basedirs path/to/control/fast5s/ --الحد الأدنى لقراءات الاختبار 50 
    --العمليات 4 --عينة الاسم الأساسي لملف الإحصائيات.level_samp_comp_detect
تومبو text_output browser_files --اسم ملف الإحصائيات Sample.level_samp_comp_detect.tombo.stats 
    - نموذج الاسم الأساسي لملف المتصفح.level_samp_comp_detect - إحصائيات أنواع الملفات

شاهد المزيد من البرامج التعليمية الكاملة على صفحة الوثائق.

طرق التثبيت البديلة

يتوفر Tombo للتثبيت عبر النقطة، ولكنه يتطلب تثبيت R بالإضافة إلى تبعيات حزمة R (ggplot2 وgridextra) لجميع وظائف التصور.

 # تثبيت حزمة النقطة (يلزم تثبيت numpy قبل tombo لتحسين cython)
نقطة تثبيت numpy
تثبيت النقطة على تومبو[كامل]

يمكن أيضًا تثبيت Tombo مباشرة من المصدر (غالبًا للتطوير) عن طريق تشغيل الأوامر التالية:

 استنساخ البوابة https://github.com/nanoporetech/tombo
تومبو مؤتمر نزع السلاح
تثبيت النقطة -e .

القضايا المعروفة

لا يدعم Tombo تنسيق FAST5 متعدد القراءة لقراءة ملفات البيانات. يرجى استخدام الأمر multi_to_single_fast5 من حزمة ont_fast5_api للتحويل إلى تنسيق FAST5 أحادي القراءة قبل المعالجة باستخدام Tombo.