الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

تو كلي

tw هو منصة Seqera على سطر الأوامر. إنه يجلب مفاهيم Seqera مثل خطوط الأنابيب والإجراءات وبيئات الحوسبة إلى المحطة.

Seqera Platform هو تطبيق متكامل لإدارة خطوط أنابيب البيانات وموارد الحوسبة. فهو يتيح تحليل البيانات التعاونية على نطاق واسع، محليًا أو في أي بيئة سحابية.

تتفاعل واجهة سطر الأوامر (CLI) مع Seqera لتوفير واجهة لتشغيل خطوط الأنابيب وإدارة الموارد السحابية وإدارة التحليل الخاص بك.

tw

الميزات الرئيسية هي:

  • تجربة تشبه Nextflow : يوفر tw CLI بيئة صديقة للمطورين. يمكن إطلاق خطوط الأنابيب باستخدام واجهة سطر الأوامر (CLI) بشكل مشابه لـ Nextflow ولكن مع فوائد Seqera المتمثلة في المراقبة والتسجيل وتوفير الموارد وإدارة مجموعة البيانات والمشاركة التعاونية.

  • البنية التحتية كتعليمات برمجية : يمكن وصف جميع موارد Seqera، بما في ذلك خطوط الأنابيب وبيئات الحوسبة، بطريقة تعريفية. يتيح ذلك تعريفًا كاملاً لبيئة التحليل التي يمكن إصدارها ومعاملتها كرمز. إنه يبسط إلى حد كبير مشاركة التكوين والإدارة الروتينية.

  • مبني على OpenAPI : يتفاعل tw CLI مع Seqera عبر Seqera Platform API الذي يستخدم مواصفات OpenAPI 3.0. توفر واجهة سطر الأوامر (CLI) تحكمًا كاملاً في تطبيق Seqera، مما يسمح للمستخدمين بالحصول على أقصى قدر من الرؤى حول عمليات تقديم خطوط الأنابيب وبيئات التنفيذ.

راجع وثائق منصة Seqera لمعرفة المزيد حول التطبيق.

التوفر

يمكن تثبيت tw CLI على أنظمة التشغيل macOS وWindows وLinux.

وهو متوافق مع إصدارات Seqera Cloud وEnterprise 21.08 والإصدارات الأحدث.

ابدء

يغطي هذا الدليل تثبيت وتكوين واجهة سطر الأوامر (CLI)، وتوفير البنية التحتية السحابية، وإطلاق المسارات في بيئة حوسبة AWS Batch.

1. التثبيت

  1. قم بتنزيل أحدث إصدار لنظام التشغيل الخاص بك من الأصول الموجودة في صفحة الإصدارات.

  2. إعادة تسمية الملف وجعله قابلاً للتنفيذ: 

    mv tw- * tw
chmod +x ./tw

  3. انقل الملف إلى دليل يمكن الوصول إليه بواسطة متغير $PATH : 

    sudo mv tw /usr/local/bin/

2. التكوين

أنت بحاجة إلى رمز وصول لواجهة سطر الأوامر (CLI) للتفاعل مع مثيل Seqera الخاص بك. حدد رموز المستخدم من قائمة المستخدم في واجهة مستخدم Seqera، ثم حدد إضافة رمز مميز لإنشاء رمز مميز جديد.

انسخ قيمة رمز الوصول واستخدمها مع واجهة سطر الأوامر (CLI) بإحدى طريقتين:

  • متغير البيئة :

    1. قم بتصدير الرمز المميز كمتغير Shell مباشرةً إلى جهازك الطرفي: 

       export TOWER_ACCESS_TOKEN= < your access token >

    2. أضف أمر export إلى ملف .bashrc أو .zshrc أو .bash_profile الخاص بك حتى تتم إضافته بشكل دائم إلى بيئتك.

  • علامة الأمر tw :

    قم بتوفير رمز الوصول مباشرة في أمر tw الخاص بك باستخدام --access-token : 

    tw --access-token= < your access token > < other options >

إذا لزم الأمر، قم بتكوين متغيرات البيئة غير الإلزامية التالية باستخدام نفس الطرق المذكورة أعلاه:

  • TOWER_WORKSPACE_ID : معرف مساحة العمل. الافتراضي: مساحة عمل المستخدم.
  • TOWER_API_ENDPOINT : عنوان URL لواجهة برمجة تطبيقات Seqera. الافتراضي: api.cloud.seqera.io .

يمكنك العثور على TOWER_WORKSPACE_ID الخاص بك من علامة التبويب "مساحات العمل" في صفحة مؤسستك. وبدلاً من ذلك، يمكنك إدراج جميع مساحات العمل التي يمكن للرمز المميز الخاص بك الوصول إليها باستخدام tw workspaces list ونسخ معرف مساحة العمل من إخراج الأمر.

3. فحص الصحة

تأكيد التثبيت والتكوين والاتصال: 

$ tw info

    System health status
    ---------------------------------------+------------------
     Remote API server connection check    | OK
     Tower API version check               | OK
     Authentication API credential's token | OK

tw من أوامر CLI

راجع الاستخدام للحصول على تعليمات تفصيلية لاستخدام واجهة سطر الأوامر (CLI).

الإكمال التلقائي

قم بتنشيط الإكمال التلقائي في جلستك الحالية باستخدام هذا الأمر: 

 source <( tw generate-completion )

مخزن سلطة شهادة SSL مخصص

إذا كنت تستخدم شهادة CA SSL خاصة لم تتعرف عليها المراجع المصدقة الافتراضية لـ Java، فاستخدم متجر cacerts المخصص: 

tw -Djavax.net.ssl.trustStore=/absolute/path/to/cacerts info

يمكنك إعادة تسمية الملف الثنائي إلى tw-binary وإنشاء برنامج نصي tw لتضمين مخزن cacerts المخصص تلقائيًا في كل جلسة: 

 #! /usr/bin/env bash
tw-binary -Djavax.net.ssl.trustStore=/absolute/path/to/cacerts $@

بناء إصدارات التطوير الثنائية

tw CLI عبارة عن منصة ثنائية قابلة للتنفيذ تم إنشاؤها بواسطة تجميع أصلي من Java GraalVM. لتجميع وبناء نسخة تطوير للثنائي:

  1. إذا لزم الأمر، قم بتثبيت SDKMan!

  2. من جذر مشروع tower-cli، قم بتثبيت GraalVM: 

    sdk env install

    وهذا يضمن أن SDKMan يستخدم تكوين .sdkmanrc الخاص بالمشروع.

  3. تثبيت native-image : 

    gu install native-image

  4. قم بتصدير بيانات اعتماد جيثب الخاصة بك. يتطلب Github مصادقة للحزم العامة (يتطلب الرمز المميز نطاق read:packages فقط): 

     export GITHUB_USERNAME=...
export GITHUB_TOKEN=...

  5. إنشاء العميل الأصلي: 

    ./gradlew nativeCompile

    سيؤدي هذا إلى تثبيت إصدار مترجم محليًا من tw في الدليل الأصلي: 

     Produced artifacts:
 <tower-cli-repository-root>/build/native/nativeCompile/tw (executable)
========================================================================================================================
Finished generating 'tw' in 1m 6s.
[native-image-plugin] Native Image written to: <tower-cli-repository-root>/build/native/nativeCompile

BUILD SUCCESSFUL in 1m 8s
6 actionable tasks: 2 executed, 4 up-to-date

  6. تشغيل tw : 

    ./build/native/nativeCompile/tw

إصدارات التطوير غير الثنائية

قم بتشغيل إصدار تطوير غير ثنائي عن طريق تنفيذ البرنامج النصي ./tw في جذر هذا المستودع.

رخصة

أباتشي 2.0

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل