partis

حزب

Partis هو إطار عمل قائم على HMM لشرح تسلسل مستقبلات الخلايا B وT والمحاكاة والعائلة النسيلية واستدلال السلالة الجرثومية والتنبؤ بالتقارب. لقد تم بناؤه على رأس برنامج التحويل البرمجي ham HMM ومجموعة ig-sw من أدوات التعليقات التوضيحية الخاصة بـ Smith-Waterman. Partis هو برنامج مجاني تحت GPL v3.

يتم وصف المكونات المختلفة في الأوراق التالية. نظرًا لأنهم يقومون بأشياء مختلفة تمامًا، فمن الأفضل أن تتمكن من الاستشهاد بالورقة (الأوراق) المحددة التي تصف المكونات التي تستخدمها.

• التجمعات المقترنة Ralph، DK، & Matsen IV، FA (2022). استنتاج العائلات النسيلية للخلايا B باستخدام معلومات الاقتران بالسلسلة الثقيلة / الخفيفة. علم الأحياء الحسابي PLoS، 18(11)، e1010723.
• مقاييس الاختيار Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2020). استخدام هياكل نسب مستقبلات الخلايا البائية للتنبؤ بالتقارب. علم الأحياء الحسابي PLoS، 16(11)، e1008391.
• استدلال السلالة الجرثومية Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2019). استنتاج السلالة الجرثومية للجلوبيولين المناعي لكل عينة [...]. علم الأحياء الحسابي PLoS، 15(7)، e1007133.
• استنتاج عائلة نسيلي Ralph، DK، & Matsen IV، FA (2016). الاستدلال المبني على الاحتمالية لعائلات نسيلي الخلايا البائية. علم الأحياء الحسابي PLoS، 12(10)، e1005086.
• إطار عمل HMM وتعليق BCR Ralph, DK, & Matsen IV, FA (2016). اتساق [...] يتيح شرحًا دقيقًا لتسلسل مستقبلات الخلية B. علم الأحياء الحسابي PLoS، 12(1)، e1004409.

أفضل مكان لبدء قراءة الدليل هو البداية السريعة أو جدول المحتويات. يمكن العثور على تفاصيل حول الخيارات العديدة غير الموثقة هناك عن طريق تشغيل تعليمات كل أمر فرعي، على سبيل المثال partis cache-parameters --help أو partis simulate --help .

لطرح أسئلة حول كيفية التشغيل أو كيفية عمل الأشياء، يرجى استخدام مجموعة جوجل. بالنسبة لمشكلات محددة تتعلق بالبرنامج، على سبيل المثال، تقارير الأخطاء أو طلبات الميزات، من ناحية أخرى، أرسل مشكلة على github. يمكنك أيضًا البحث في المناقشة السابقة سواء في مجموعة Google أو في القضايا المغلقة. إذا كنت تريد أن يتم إعلامك عند حدوث تغيير مهم، فيرجى الاشتراك في مجموعة Google.