الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

إجمالي تسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) المكاني: STRS

مجموعة من مسارات العمل الجزيئية والحسابية لتسلسل الحمض النووي الريبي (RNA) المكاني الإجمالي (STRS)

سير عمل STRS

يحتوي هذا المستودع على جميع البروتوكولات وخطوط الأنابيب والبرامج النصية التي ستحتاجها لتشغيل وتحليل STRS على أي عينة تقريبًا!

اطلع على txg_snake ، وهو مسار عمل قيد التنفيذ لمكتبات 10x، وخاصة مجموعات بيانات STRS!

روابط المخطوطة:

  • ماكيلار وآخرون، التكنولوجيا الحيوية الطبيعية ، 2022

  • رابط الطباعة المسبق لـ bioRxiv

أوصاف الدليل الفرعي:

  • manuscripts : ملفات .pdf للطبعة الأولية والمخطوطة اللاحقة (نأمل!)

  • protocols : مستندات Microsoft Word و.pdf الخاصة بالبروتوكولات المستخدمة هنا

  • pipelines : سير عمل Snakemake المستخدم في دراستنا. وتشمل هذه خطوط أنابيب المحاذاة لبيانات STRS (kallisto، STARsolo، & miRge3.0)، وبيانات RNAseq الصغيرة (STAR ​​& miRge3.0)، وSmartSeqTotal (kallisto)، وVASAdrop (kallisto).

  • scripts : جميع التعليمات البرمجية الأخرى التي استخدمناها! يحتوي في الغالب على نصوص R ووظائف الأداة المساعدة المستخدمة في تحليلاتنا المكانية.

  • references : معلومات ونصوص عن الجينومات المرجعية والشروح المستخدمة في هذه الدراسة

  • resources : بيانات التعريف المتنوعة، وقوائم الجينات، والمعلومات الأخرى التي استخدمناها لتحليل بياناتنا ، راجع ملفات README في كل دليل فرعي لمزيد من التفاصيل

البيانات التي تم إنشاؤها لهذه الورقة:

  • مجموعات بيانات STRS: GSE200481

  • بيانات RNAseq الصغيرة SkM/القلب: GSE200480

  • إجمالي بيانات RNAseq أحادية النواة (خط الخلية C2C12): GSE209780

تحليل البيانات الإضافية:

  • بيانات أطلس الحمض النووي الريبي الصغيرة (Isakova et al, PNAS , 2020): GSE119661

  • بيانات SmartSeqTotal (Isakova et al, PNAS , 2021): GSE151334

  • بيانات VASAdrop (Salmen et al, Nature Biotechnology , 2022): GSE176588

اتصال:

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل