omaat
1.0.0
مجموعة أدوات التحليل المصفوفة OpenMSI (OMAAT) عبارة عن حزمة برامج جديدة لتحليل العينات المحددة مكانيًا في تصوير قياس الطيف الكتلي (MSI). في السابق، كان الباحثون إما يراجعون البيانات يدويًا أو يعتمدون على خوارزميات الكمبيوتر المتخصصة لإجراء تحليل واسع النطاق يعتمد على منطقة الاهتمام. باستخدام دفتر ملاحظات Jupyter، يصبح OMAAT متاحًا بسهولة لأي شخص دون خبرة في البرمجة ويجعل أداء اكتشاف الذروة وتكامل الذروة وفي العينات المحددة مكانيًا في مجموعات بيانات MSI أمرًا مباشرًا. بالاشتراك مع OpenMSI، يتم إنشاء منصة قوية لتخزين ومشاركة وتحليل بيانات MSI المحددة مكانيًا وتعزيز استخدام MSI لتحليل مجموعات العينات الكبيرة. ستمكن هذه القدرة الجديدة بشكل كبير من استخدام التصوير الطيفي الكتلي للتأين بالليزر كطريقة للتحليل الجزيئي الحيوي عالي الإنتاجية.
تمت كتابة OMAAT كوحدة Python وتم اختبار الأولوية باستخدام توزيع Anaconda Python. لإعادة إنتاج بيئة الاختبار الخاصة بنا بدقة، راجع التوزيع والحزم هنا وهنا.
تأتي Anaconda مرفقة بالعديد من حزم Python المفيدة لتحليل البيانات. إذا كان لديك Anaconda بالفعل، فتأكد من تحديث الطرود الخاصة بك. يتطلب OMAAT إصدار Jupyter 4.1+ وإصدار python 2.7+ أو 3.2+. نوصي باستخدام توزيع Anaconda للبايثون المتوفر هنا: https://www.continuum.io/downloads.
بالإضافة إلى تثبيت الأناكوندا الأساسي، ستحتاج إلى تثبيت حزمة بايثون "المستقبلية". مع أناكوندا يتم ذلك باستخدام مدير الحزم كوندا.
conda install future
تتطلب عناصر واجهة المستخدم الموجودة في هذا الكمبيوتر الدفتري حزمة widgetsnbextension. ويمكن تثبيت ذلك عبر:
conda install widgetsnbextension
jupyter nbextension enable --py --sys-prefix widgetsnbextension
يمكن الحصول على كود OMAAT من سطر الأوامر عن طريق:
git clone https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Analysis_Tools.git
أو عن طريق تنزيل وفك ضغط الملف المضغوط الخاص بالريبو هنا: https://github.com/biorack/OpenMSI_Arrayed_Anapsy_Tools/archive/master.zip
لتشغيل دفتر الملاحظات من محطة طرفية، قم بالتغيير إلى دليل رمز OMAAT. واكتب
jupyter notebook
أو قم بتشغيل الكمبيوتر المحمول باستخدام أداة Launcher الرسومية من anaconda.
يتم تحديث حزم بايثون باستمرار. يرجى الاتصال بنا عن طريق وضع تذكرة هنا في جيثب إذا كان لديك أي مشكلة في استخدام أو تثبيت أومات.
يتم إجراء الاختبار باستخدام Travis-CI. لإعادة إنتاج بيئة بايثون مشابهة لاختبارنا من دليل omaat، استخدم:
>conda create -n omaat_python3 python=3.5 pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
# or
>conda create -n omaat_python2 python=2.7 future pytest pip numpy scipy jupyter matplotlib pandas
>source activate omaat_python3
# or
>source activate omaat_python2
>python setup.py install
>pytest test/test_all.py
*ماركوس دي رعد، تريستان دي روند، أوليفر روب، جاي د. كيسلينج، ترينت ر. نورثين، وبنجامين بي. بوين، "مجموعة أدوات التحليل المصفوفة OpenMSI: تحليل العينات المحددة مكانيًا باستخدام تصوير قياس الطيف الكتلي" شرجي. كيم.، 2017، 89 (11)، ص 5818-5823 DOI: 10.1021/acs.analchem.6b05004
تم توضيح تنسيق البيانات لتخزين بيانات MSI في المنشور التالي:
أوليفر روبل، أنيت غرينر، شرياس تشوليا، كاثرين لوي، إي. ويس بيثيل، ترينت آر. نورثين، وبنجامين بي. بوين، "OpenMSI: منصة ويب عالية الأداء لتصوير قياس الطيف الكتلي" الكيمياء التحليلية 2013 85 (21) )، 10354-10361، DOI: 10.1021/ac402540a. [BibTeX] [على الإنترنت في ACS]
راجع License.txt
راجع حقوق النشر.txt
