الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

دعم المستخدم:

بالنسبة لأسئلة المستخدمين، يرجى البحث عن الإجابات وطرحها أولاً في منتدى GATK.

حالة البناء

مجموعة من أدوات سطر أوامر Java لمعالجة بيانات وتنسيقات التسلسل عالي الإنتاجية (HTS).

يتم تنفيذ Picard باستخدام مكتبة HTSJDK Java HTSJDK لدعم الوصول إلى تنسيقات الملفات المستخدمة بشكل شائع لبيانات التسلسل عالية الإنتاجية مثل SAM وVCF.

اعتبارًا من الإصدار 3.0، يتطلب Picard إصدار Java 1.17.

بناء بيكارد

  • أولاً، استنساخ الريبو: 
    git clone https://github.com/broadinstitute/picard.git
    cd picard/

  • تم الآن إنشاء Picard باستخدام gradle. يتم تضمين برنامج نصي مجمّع ( gradlew ) والذي سيقوم بتنزيل الإصدار المناسب من gradle عند الاستدعاء الأول.

  • لإنشاء جرة Picard معبأة بالكامل وقابلة للتشغيل مع تضمين جميع التبعيات، قم بتشغيل: 

    ./gradlew shadowJar
  • ستكون الجرة الناتجة في build/libs . لتشغيله الأمر هو: 
    java -jar build/libs/picard.jar
    
    or
    
    java -jar build/libs/picard-<VERSION>-all.jar
  • لإنشاء جرة تحتوي على فئات Picard فقط (بدون تبعياتها)، قم بتشغيل: 
    ./gradlew jar
  • لتنظيف دليل البناء، قم بتشغيل: 
    ./gradlew clean

تشغيل الاختبارات

  • لتشغيل كافة الاختبارات، الأمر هو: 
    ./gradlew test
  • لإجراء اختبار محدد، الأمر هو: 
    ./gradlew legacyTest --tests "*TestClassName*"
    
    or
    
    ./gradlew barclayTest --tests "*TestClassName*"

يستخدم تشغيل legacyTest محلل سطر الأوامر القديم بينما يستخدم barclayTest المحلل اللغوي الجديد.

تغيير الإصدار الذي تم إصداره من HTSJDK والذي يعتمد عليه Picard

لتبديل تبعية HTSJDK الخاصة بـ Picard إلى إصدار مختلف:

  • افتح build.gradle
  • قم بتحرير الإصدار في السطر التالي ليكون إصدارًا مختلفًا من HTSJDK. إصدارات HTSJDK مدرجة هنا 
    final htsjdkVersion = System.getProperty('htsjdk.version', 'VERSION')`
  • افتح طلب سحب مع هذا التغيير

إنشاء Picard باستخدام إصدار مخصص من HTSJDK

أثناء التطوير في Picard، يكون من الضروري أحيانًا البناء محليًا مقابل إصدار أو فرع لم يتم طرحه من HTSJDK.

  • للبناء على نسخة لم يتم طرحها من الفرع الرئيسي لـ HTSJDK:

    • انتقل إلى المصنع الواسع، حيث يتم نشر اللقطات المستمرة للفرع الرئيسي لـ HTSJDK، وحدد الإصدار الذي تريد استخدامه. على سبيل المثال، 2.5.1-9-g5740ca1-SNAPSHOT . يمكنك البحث حسب العلامة أو تجزئة التزام git القصيرة.
    • في نسخة Picard الخاصة بك، قم بتشغيل ./gradlew shadowJar -Dhtsjdk.version=VERSION ، حيث VERSION هو إصدار لقطة فرع HTSJDK الرئيسية التي تريد استخدامها.

  • للبناء على إصدار HTSJDK الذي لم يتم دمجه بعد في الفرع الرئيسي لـ HTSJDK:

    • Clone HTSJDK، وفي النسخة المستنسخة الخاصة بك، تحقق من العلامة أو الفرع الذي تريد إنشاء Picard به.
    • قم بتشغيل ./gradlew install printVersion في نسخة htsjdk الخاصة بك لتثبيت هذا الإصدار على مستودع maven المحلي الخاص بك. لاحظ رقم الإصدار الذي تتم طباعته في النهاية.
    • قم بالعودة إلى نسخة Picard الخاصة بك، وقم بتشغيل ./gradlew shadowJar -Dhtsjdk.version=VERSION ، حيث VERSION هو إصدار HTSJDK الذي قمت بتثبيته على مستودع maven المحلي الخاص بك.

الافراج عن بيكارد

تتوفر هنا التعليمات الكاملة حول كيفية إنشاء إصدار جديد من Picard

مقدمي المسار

يتمتع Picard بدعم محدود للقراءة من موفري المسار. حاليًا يتم دعم واجهة برمجة تطبيقات Google فقط، ولا يدعم ذلك سوى عدد قليل من الأدوات. للتشغيل مع هذا الدعم، تحتاج إلى تجميع هدف cloudJar باستخدام gradle: 

./gradlew cloudJar

ثم قم بتشغيل picard على النحو التالي: 

java -jar build/lib/picardcloud.jar < Picard arguments starting from program >

على سبيل المثال: 

java -jar build/lib/picardcloud.jar CrosscheckFingerprints 
   I=gs://sample1.vcf 
   I=gs://sample2.vcf 
   CROSSCHECK_BY=FILE 
   H=Haplotype_db.txt 
   O=crosscheck.out

وبدلاً من ذلك، يمكنك تشغيل الأداة عبر GATK الذي يجمع جرة Google-Cloud، وبالتالي يجب أن "يعمل فقط".

نقلا عن

يرجى الاستشهاد بهذا المستودع عند استخدام أدوات Picard لمنشوراتك.

"مجموعة أدوات بيكارد." 2019. معهد واسع، مستودع جيثب. https://broadinstitute.github.io/picard/; معهد واسع 

 @misc{Picard2019toolkit,
  title = {Picard toolkit},
  year = {2019},
  publisher = {Broad Institute},
  journal = {Broad Institute, GitHub repository},
  howpublished = {url{https://broadinstitute.github.io/picard/}}
}

يتم قبول المعرفات من سجلات البرامج بشكل متزايد من قبل المجلات، كما هو الحال في (biotools:picard_tools) أو (RRID:SCR_006525).

يتم ترحيل Picard إلى الإصدارات الدلالية. سنلتزم به في النهاية بشكل صارم ونقوم بتحديث إصدارنا الرئيسي كلما كانت هناك تغييرات جذرية في واجهة برمجة التطبيقات (API) الخاصة بنا، ولكن حتى نحدد بشكل أكثر وضوحًا ما يشكل واجهة برمجة التطبيقات الرسمية الخاصة بنا، يجب على العملاء افتراض أن كل إصدار من المحتمل أن يحتوي على تغييرات طفيفة على الأقل في الأساليب العامة.

الرجاء مراجعة وثائق بيكارد لمزيد من المعلومات.

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل