Corrplot من نتائج الارتباط الجيني LDSC

ملخص

يوفر هذا الريبو النص الخاص بنا لإعادة إنتاج corrplot الارتباط الجيني (الشكل 2) استنادًا إلى نتائج انحدار درجة LD ثنائية المتغير (Kanai، M. et al .، Nat. Genet. 2018).

متطلبات

R مع dplyr ونسختنا المعدلة من corrplot (mkanai/corrplot).

 install.packages("dplyr")
devtools::install_github("mkanai/corrplot")

مؤامرة الارتباط الجيني (الشكل 2)

قمنا بتعديل corrplot لتصور الارتباطات الجينية الزوجية المقدرة عبر انحدار درجة LD ثنائي المتغير. تتوافق المربعات الأكبر حجمًا مع FDRs الأكثر أهمية ( corrplot(method = 'psquare', p.mat = p.mat, ...) ). تتم الإشارة إلى الارتباطات الهامة (FDR <0.05) بالعلامات النجمية ( corrplot(sig = 'pch', sig.level = 0.05, pch = '*') ).

الاستخدام

 Rscript plot_corrplot_rg.R input_example/input_rg.txt input_example/traitlist.txt

الإدخال: الارتباطات الجينية ( `input_rg.txt` )

يوفر هذا الملف قائمة بجميع الارتباطات الجينية الزوجية المقدرة عبر برنامج ldsc. يتوقع البرنامج النصي أن تكون جميع الصفوف فريدة ( أي صف واحد لكل زوج من السمات). الحقول المطلوبة هي كما يلي:

p1_category : فئة السمات للسمة 1
p1 : السمة 1
p2_category : فئة السمات للسمة 2
p2 : السمة 2
rg : الارتباط الجيني
p : القيمة P
q : قيمة FDR q

الإدخال: قائمة السمات ( `traitlist.txt` )

يوفر هذا الملف قائمة بالسمات وفئاتها. فهو يحدد لون كل فئة في الشكل. الحقول المطلوبة هي كما يلي:

CATEGORY : فئة السمات
TRAIT : اسم صفة
COLOR : لون الفئة

الإخراج

ويرد أدناه مثال على الإخراج. للحصول على الشكل المنشور، قمنا بتحرير مخرجات PDF باستخدام Adobe Illustrator.

الاقتباس

حزمة corrplot الأصلية:

تايون وي وفيليام سيمكو. حزمة R "corrplot": تصور مصفوفة الارتباط (الإصدار 0.85). (2018) متاح من https://github.com/taiyun/corrplot.

بيانات المثال والشكل المنشور:

كاناي، M.، وآخرون . يربط التحليل الجيني للصفات الكمية لدى السكان اليابانيين أنواع الخلايا بالأمراض البشرية المعقدة. نات. جينيت. 50 ، 390–400 (2018). دوى:10.1038/s41588-018-0047-6