RagTag

خرقة

RagTag عبارة عن مجموعة من الأدوات البرمجية لدعم وتحسين مجموعات الجينوم الحديثة. تشمل المهام ما يلي:

• تصحيح سوء التجميع على أساس التماثل
• السقالات التجميعية والترقيع القائمة على التماثل
• دمج السقالة

يوفر RagTag أيضًا أدوات مساعدة لسطر الأوامر للعمل مع تنسيقات ملفات تجميع الجينوم الشائعة.

ابدء

 # install with conda
conda install -c bioconda ragtag

# correct a query assembly
ragtag.py correct ref.fasta query.fasta

# scaffold a query assembly
ragtag.py scaffold ref.fasta query.fasta

# scaffold with multiple references/maps
ragtag.py scaffold -o out_1 ref1.fasta query.fasta
ragtag.py scaffold -o out_2 ref2.fasta query.fasta
ragtag.py merge query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# use Hi-C to resolve conflicts
ragtag.py merge -b hic.bam query.fasta out_ * / * .agp other.map.agp

# make joins and fill gaps in target.fa using sequences from query.fa
ragtag.py patch target.fa query.fa

المستندات

يرجى الاطلاع على ويكي للحصول على وثائق مفصلة.

التبعيات

• Minimap2 أو Unimap أو Nucmer
• Python 3 (مع الحزم المثبتة تلقائيًا التالية)
  • numpy
  • com.interferencetree
  • بيسام
  • Networkx

الاقتباس

• ألونج، مايكل، وآخرون. "سقالات التجميع الآلي ترفع مستوى نظام الطماطم الجديد لتحرير الجينوم عالي الإنتاجية." بيولوجيا الجينوم (2022).
  https://doi.org/10.1186/s13059-022-02823-7

RagTag يحل محل RaGOO:

• ألونج، مايكل، وآخرون. "RaGOO: سقالات سريعة ودقيقة موجهة مرجعيًا لمشروع الجينومات." بيولوجيا الجينوم 20.1 (2019): 1-17.
  https://doi.org/10.1186/s13059-019-1829-6

شكر وتقدير

تم توفير العديد من التحسينات الخوارزمية الرئيسية المتعلقة بالإصدار الأول لـ RaGOO بواسطة Alexey Zimin، المطور الرئيسي لمجمع MaSuRCA. اقترح لوكا فنتوريني ونفذ في البداية العديد من تحسينات الميزات، مثل تكامل pysam. RagTag "دمج" مستوحى من CAMSA. ساعد مطور CAMSA، سيرجي أجانيزوف، في مراجعة كود RagTag ذي الصلة. RagTag "patch" مستوحى من Grafter، وهي أداة سقالات كتبها ميلاني كيرش. قدمت ميلاني إرشادات لتنفيذ RagTag. قدم مايكل شاتز التوجيه للمشروع بأكمله.