الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

ميريل

هذه هي "meryl"، وهي إعادة كتابة شبه كاملة لـ "meryl" التي ظهرت في كل من مشروعي kmer وCelera Assembler.

هام : احصل على أحدث كود ميريل من هذا الريبو. هذا غير متوافق مع Meryl dbs القديم المبني من canu 1.8 أو إصدار سابق. ميريل الجديد أسرع بكثير من الإصدار السابق.

لم تعد Meryl dbs بتنسيق ملف .mcdat و .mcidx . تم تصميم Meryl db الآن كدليل يحتوي على 64 ملفًا ثنائيًا + 64 فهرسًا (128 ملفًا).

التبعية

  • دول مجلس التعاون الخليجي 10.2.0 أو أعلى

تثبيت

  • إصدار الإصدار: قم بتنزيل إصدار إصدار مستقر

 # مثال لنظام Linux-amd64wget https://github.com/marbl/meryl/releases/download/v1.4.1/meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xz
tar -xJf meryl-1.4.1.Linux-amd64.tar.xzexport PATH=/path/to/meryl-1.4.1/bin:$PATH

  • نصيحة تجريبية (استخدم git 2.25.1 أو أعلى):

 استنساخ بوابة https://github.com/marbl/meryl.git# buildcd meryl/src
جعل -j 24 تصدير PATH=/path/to/meryl/*/bin:$PATH

تقييم التجميعات باستخدام k-mers والمزيد

انظر ميركوري.

نقلا عن ميريل

لم نرغب في أن نعاني العالم من خلال ورقة عد أخرى من نوع k-mer، لذلك قمنا بحشو الميريل في طرق الزئبق:

ري، A.، والينز، بي بي، كورين، S. وآخرون. Merqury: الجودة الخالية من المراجع والاكتمال والتقييم المرحلي لتجمعات الجينوم. الجينوم بيول 21، 245 (2020). https://doi.org/10.1186/s13059-020-02134-9

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل