الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

Fold_slice

هذا هو رمز Yi Jiang المخصص للتصوير بالأشعة السينية/الإلكترون والتصوير المقطعي/التصوير الصفائحي.

تم بناء الحزمة على كود Matlab الذي طورته Science IT ومجموعات تشتت الأشعة السينية المتماسكة (CXS) في معهد Paul Scherrer، سويسرا: https://www.psi.ch/en/sls/csaxs/software. يجب أن تتبع مشكلات حقوق الطبع والنشر والترخيص الاتفاقيات (انظر أدناه) و/أو الرجوع إلى موقع الويب الخاص بهم.

ابدأ

  1. تحقق من الوثائق الرسمية لحزمة PtychoShelves لمعرفة متطلباتها. أنت بحاجة إلى صندوق أدوات Matlab التالي لاستخدام كافة الميزات: الحوسبة المتوازية، وتركيب المنحنى، ومعالجة الصور، والتحسين، ومعالجة الإشارات.

  2. بالنسبة إلى التيكوغرافيا، جرب البرامج النصية لإعداد البيانات وإعادة بنائها في /fold_slice/ptycho/examples للتعرف على تنسيق البيانات ومعلمات إعادة البناء.

موارد

  1. شريحة طيات GPT مخصصة تعمل كمساعد للذكاء الاصطناعي في الأشعة السينية والتيكوغرافيا الإلكترونية. يمكن أن يساعد المستخدمين في مهام مختلفة مثل تصميم التجارب وإعداد نصوص إعادة البناء.
  2. يمكن استخدام Fold_slice في سير العمل الجديد القائم على LLM (PEAR). لا تتردد في الاتصال بي إذا كنت تريد أن تكون اختبار ألفا.
  3. يمكن أن تساعدك الملفات الموجودة في /fold_slice/ptycho/notes/ على فهم بنية التعليمات البرمجية الشاملة. تحذير: قد تكون بعض الملاحظات قديمة.
  4. كتب الدكتور Chia-Hao Lee مدونة رائعة توضح تفاصيل الخوارزميات وبنية التعليمات البرمجية الخاصة بـ PtychoShelves.
  5. لدينا مجموعة دراسة أسبوعية لمناقشة تقنيات التصوير الحسابي الجديدة في المجهر الإلكتروني. يمكن العثور على بعض المحاضرات التعليمية هنا.

اختلافات كبيرة عن حزمة PtychoShelves

  1. تم تغيير بعض اصطلاحات الإدخال/الإخراج للبيانات وإعادة الإعمار لاستيعاب التيكوغرافيا الإلكترونية. راجع أمثلة البرامج النصية لمزيد من التفاصيل.

  2. تتم إضافة خوارزمية معدلة للمربعات الصغرى لاحتمالية التيكوغرافيا متعددة الشرائح كمحرك جديد: GPU_MS

إنه يعتمد على محرك GPU (الذي كتبه Michal Odstrcil) مع تحسينات مثل أوضاع المسبار المتعددة وإصلاحات الأخطاء. يجب أن يتضمن استخدام الكود استشهادات إضافية:

Z. Chen، Y. Jiang، Y. Shao، ME Holtz، M. Odstrčil، M. Guizar-Sicairos، I. Hanke، S. Ganschow، DG Schlom، DA Muller، يحقق علم الطباعة الإلكترون حدود الدقة الذرية التي تحددها اهتزازات الشبكة . العلوم 372 (6544)، 826-831.

  1. لقد قمنا بتطوير سير عمل ضبط المعلمات تلقائيًا للتيكوغرافيا باستخدام التحسين الافتراضي مع العمليات الغوسية: https://doi.org/10.1038/s41598-022-16041-5. راجع أمثلة البرامج النصية لمزيد من التفاصيل.

  2. قائمة غير شاملة من الميزات الجديدة في محركات GPU وGPU_MS:

سمات GPU GPU_MS
الدول المختلطة + التيكوغرافيا متعددة الشرائح ✖️ ✔️
إعادة البناء الديناميكي متعدد الشرائح ✖️ ✔️
مسح ضوئي متقدم للمسار التعسفي ✔️ ✖️
إعادة الإعمار متعدد المسح ✔️ ✔️
تنظيم التلفزيون على مرحلة الكائن ✔️ ✔️
إزالة قطعة أثرية الشبكة ✔️ ✖️
اختيار المعلمة التلقائي ✔️ ✔️
حساب طمس الكاشف باستخدام نواة غاوسية ✔️ ✔️

برامج التيكوغرافيا الأخرى

إذا كنت لا تمتلك Matlab أو ترغب في استكشاف برامج التيكوغرافيا الأخرى. فيما يلي بعض المستودعات العامة:

ادوريم: https://github.com/mdw771/adorym

Ptycho_gui: https://github.com/NSLS-II/ptycho_gui

بتيكودوس: https://github.com/AdvancedPhotonSource/ptychodus

بتيكو إن: https://github.com/mcherukara/PtychoNN

بتيكوبي: https://github.com/kyuepublic/ptychopy

py4DSTEM: https://github.com/py4dstem/py4DSTEM

بي إن إكس: http://ftp.esrf.fr/pub/scisoft/PyNX/doc/

تايك: https://github.com/tomography/tike

اتفاقية الترخيص الأكاديمي

كود المصدر

مقدمة

تحدد اتفاقية الترخيص هذه الشروط والأحكام التي بموجبها سيمنحك معهد PAUL SCHERRER (PSI)، CH-5232 Villigen-PSI، سويسرا (يشار إليه فيما بعد بـ "المرخص") (يشار إليه فيما بعد بـ "المرخص له") ترخيصًا مجانيًا وغير حصري ترخيص للأغراض الأكاديمية وغير التجارية فقط (يشار إليه فيما يلي باسم "الترخيص") لاستخدام حزمة برامج الكمبيوتر cSAXS ptychography MATLAB والوثائق المرتبطة بها المقدمة بموجب هذه الاتفاقية (يشار إليه فيما بعد بـ "البرنامج").

شروط وأحكام الترخيص

  1. يمنح المرخص للمرخص له ترخيصًا خاليًا من حقوق الملكية وغير حصري لاستخدام البرنامج للأغراض الأكاديمية وغير التجارية، وفقًا للشروط والأحكام المبينة فيما بعد وحتى إنهاء هذا الترخيص كما هو موضح أدناه.
  2. يقر المرخص له بأن البرنامج هو أداة بحث لا تزال في مرحلة التطوير. يتم توفير البرنامج دون أي خدمات أو تحسينات أو ضمانات ذات صلة من مانح الترخيص ويتم إبرام الترخيص لتمكين الآخرين من استخدام البرنامج في أنشطتهم الأكاديمية. وتقع على عاتق المرخص له مسؤولية ضمان الاستخدام السليم وصحة النتائج.
  3. يتم تقديم البرنامج "كما هو"، دون أي ضمان من أي نوع، صريحًا أو ضمنيًا، بما في ذلك على سبيل المثال لا الحصر، ضمانات القابلية للتسويق والملاءمة لغرض معين وعدم انتهاك أي براءات اختراع أو حقوق نشر أو علامات تجارية أو حقوق أخرى. لا يتحمل المرخص أو المؤلفون أو أصحاب حقوق الطبع والنشر بأي حال من الأحوال المسؤولية عن أي مطالبة أو أضرار مباشرة أو غير مباشرة أو تبعية أو مسؤولية أخرى تنشأ عن أو خارج أو فيما يتعلق بالبرنامج أو استخدام البرنامج أو المعاملات الأخرى في برنامج.
  4. يوافق المرخص له على أنه سيستخدم البرنامج وأي تعديلات أو تحسينات أو مشتقات للبرنامج قد ينشئها المرخص له (يشار إليها إجمالاً باسم "التحسينات") فقط للأغراض الأكاديمية وغير التجارية، وأن أي نسخة من البرنامج أو مشتقاته سيتم توزيعها فقط تحت نفس ترخيص البرنامج. المصطلحات "أكاديمية، غير تجارية"، كما هي مستخدمة في هذه الاتفاقية، تعني الأبحاث الأكاديمية أو غيرها من الأبحاث العلمية التي (أ) لا يتم إجراؤها لتحقيق الربح، أو (ب) لا تهدف إلى إنتاج أعمال أو خدمات أو بيانات للاستخدام التجاري. أو (ج) لا يتم إجراؤها أو تمويلها من قبل شخص أو كيان يعمل في الاستخدام التجاري أو التطبيق أو استغلال الأعمال المشابهة للبرنامج.
  5. يوافق المرخص له على أنه يجب عليه تقديم الإقرار التالي في أي منشور ناتج عن استخدام البرنامج أو أي ترجمة للتعليمات البرمجية إلى لغة حاسوبية أخرى: "تم تنفيذ معالجة البيانات باستخدام حزمة cSAXS ptychography MATLAB التي طورتها شركة Science IT والبرنامج المتماسك مجموعات تشتت الأشعة السينية (CXS)، معهد بول شيرير، سويسرا."

بالإضافة إلى ذلك، يجب الإشارة إلى أي منشور يستخدم الحزمة، أو أي ترجمة للكود إلى لغة حاسوبية أخرى

(لـ PtychoShelves) K. Wakonig, H.-C. Stadler، M. Odstrčil، EHR Tsai، A. Diaz، M. Holler، I. Usov، J. Raabe، A. Menzel، M. Guizar-Sicairos، PtychoShelves، إطار عمل متعدد الاستخدامات عالي المستوى لتحليل عالي الأداء للتيكوجرافيك بيانات، J. تطبيق. كريست. 53(2) (2020). (دوي: 10.1107/S1600576720001776)

(لخريطة الفرق) P. Thibault، M. Dierolf، A. Menzel، O. Bunk، C. David، F. Pfeiffer، الفحص المجهري حيود الأشعة السينية عالي الدقة، Science 321، 379-382 (2008). (دوي: 10.1126/science.1158573).

(للحصول على أقصى احتمال) P. Thibault وM. Guizar-Sicairos، تحسين الاحتمالية القصوى للتصوير الحيود المتماسك، New J. Phys. 14، 063004 (2012). (دوي: 10.1088/1367-2630/14/6/063004).

(للأنماط المتماسكة المختلطة) P. Thibault and A. Menzel، إعادة بناء مخاليط الحالة من قياسات الحيود، Nature 494، 68-71 (2013). (دوي: 10.1038 / طبيعة 11806).

(و/أو للشرائح المتعددة) EHR Tsai, I. Usov, A. Diaz, A. Menzel, and M. Guizar-Sicairos، التصوير التطبعي بالأشعة السينية بعمق مجال ممتد، Opt. اكسبريس 24، 29089-29108 (2016). (دوي: 10.1364/OE.24.029089).

  1. باستثناء الإقرار المذكور أعلاه، لا يجوز للمرخص له استخدام عنوان البرنامج أو أسماء أو شعارات مانح الترخيص، ولا أي تعديل لها، ولا أسماء أي من موظفيه أو مختبراته، في أي مواد إعلانية أو ترويجية أو مبيعات دون كتاب مسبق الموافقة التي تم الحصول عليها من مانح الترخيص في كل حالة.
  2. يجب أن تظل ملكية جميع الحقوق، بما في ذلك حقوق الطبع والنشر في البرنامج وفي أي مادة مرتبطة به، في جميع الأوقات مع المرخص له، ويوافق المرخص له على الحفاظ عليها. يوافق المرخص له على عدم استخدام أي جزء من البرنامج أو أي تحسينات في أي شكل يمكن قراءته آليًا خارج البرنامج، ولا عمل أي نسخ باستثناء الاستخدام الداخلي، دون موافقة كتابية مسبقة من مانح الترخيص. يوافق المرخص له على وضع إشعار حقوق النشر التالي على أي من هذه النسخ: @ جميع الحقوق محفوظة. معهد بول شيرير، سويسرا، مختبر الجزيئات الكبيرة والتصوير الحيوي، 2017.
  3. لا يجوز تفسير الترخيص على أنه يمنح أي حقوق للمرخص له ضمنيًا أو غير ذلك باستثناء ما هو منصوص عليه على وجه التحديد في هذه الوثيقة.
  4. إخلاء المسؤولية: يجب على المرخص له أن يدرك أن شركة Phase Focus Limited في شيفيلد بالمملكة المتحدة لديها مجموعة دولية من براءات الاختراع والتطبيقات المعلقة التي تتعلق بالتيكوغرافيا وأن البرنامج قد يكون قابلاً للاستخدام في ظروف قد تندرج ضمن مطالبات واحد أو أكثر من براءات الاختراع التي تركز على المرحلة، ولا سيما براءة الاختراع التي تحمل رقم الطلب الدولي PCT/GB2005/001464. يعلن مانح الترخيص صراحةً أنه لن يقوم بتعويض مستخدمي البرنامج في حالة قيام Phase Focus أو أي طرف ثالث بفتح إجراء قانوني ضد المرخص له بسبب استخدام البرنامج.
  5. تخضع هذه الاتفاقية للقوانين المادية في سويسرا وأي نزاع ينشأ عن هذه الاتفاقية أو استخدام البرنامج يجب أن يُحال إلى محاكم زيوريخ، سويسرا.
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل