الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

مغلفة سورات

SeuratWrappers عبارة عن مجموعة من الأساليب والامتدادات المقدمة من المجتمع لـ Seurat، برعاية Satija Lab في NYGC. تشتمل هذه الأساليب على وظائف غير موجودة حاليًا في Seurat، ويمكن تحديثها بشكل متكرر.

يرجى الاطلاع على دليل المساهمة الخاص بنا للحصول على المساعدة والإرشادات في تطوير وإضافة طرق جديدة إلى SeuratWrappers

يمكن العثور على المقالات القصيرة للطريقة الفردية في الدليل docs/ ، نوصي بالاطلاع على ملفات تخفيض السعر القياسية ( *.md ) عند عرضها على GitHub

يمكن أن يتم التثبيت من خلال أجهزة التحكم عن بعد 

 remotes :: install_github( ' satijalab/seurat-wrappers ' )

قائمة الطريقة

طَرد المقالة القصيرة مرجع مصدر
أحادي 3 حساب المسارات باستخدام Monocle 3 وSurat تساو وآخرون، طبيعة 2019 https://cole-trapnell-lab.github.io/monocle3
scVelo تقدير سرعة الحمض النووي الريبي باستخدام Seurat وscVelo بيرغن وآخرون، بيوركسيف 2019 https://scvelo.readthedocs.io
كوجابس تشغيل CoGAPS على كائنات Seurat شتاين أوبراين وآخرون، أنظمة الخلايا 2019 https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/CoGAPS.html
com.glmpca تشغيل GLM-PCA على كائن Seurat تاونز وآخرون، بيولوجيا الجينوم 2019 https://github.com/willtownes/glmpca
كونوس تكامل مجموعات البيانات باستخدام Conos باركاس وآخرون، طرق الطبيعة 2019 https://github.com/hms-dbmi/conos
لايجر دمج كائنات Seurat باستخدام LIGER ويلش وآخرون، الخلية 2019 https://github.com/MacoskoLab/liger
com.fastMNN تشغيل fastMNN على كائنات Seurat الطبيعة والتكنولوجيا الحيوية 2018 https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/batchelor.html
انسجام تكامل مجموعات البيانات باستخدام Harmony كورسونسكي وآخرون، بيوركسيف 2018 https://github.com/immunogenomics/harmony
ألرا نسبة الحفاظ على الصفر باستخدام ALRA ليندرمان وآخرون، بيوركسيف 2018 https://github.com/KlugerLab/ALRA
سرعة تقدير سرعة الحمض النووي الريبي باستخدام Seurat لا مانو وآخرون، طبيعة 2018 https://velocyto.org
schex باستخدام schex مع Seurat فريتاغ، حزمة R 2019 https://github.com/SaskiaFreytag/schex
com.alevin قم باستيراد أعداد الألفين إلى Seurat سريفاستافا وآخرون. آل، بيولوجيا الجينوم 2019 https://github.com/k3yavi/alevin-Rtools
سديم تصور التعبير الجيني مع Nebulosa خوسيه ألكويسيرا هيرنانديز وجوزيف إي. باول، قيد المراجعة https://github.com/powellgenomicslab/Nebulosa
CIPR استخدام CIPR مع بيانات PBMC البشرية إكيز وآخرون. آل، BMC المعلوماتية الحيوية 2020 https://github.com/atakanekiz/CIPR-Package
miQC تشغيل miQC على كائنات Seurat هيبن وآخرون. آل، بيوركسيف 2021 https://github.com/greenelab/miQC
دراجة ثلاثية العجلات تشغيل تقدير_دورة_الوضعية من دراجة ثلاثية العجلات على كائنات سيورات تشنغ وآخرون. آل، بيوركسيف 2021 https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tricycle.html
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل