تحميل emmaa - تنزيل كود المصدر emmaa

emmaa

شفرة المصدر الأخرى

1.0.0

تنزيل

إيما

EMMAA هو نظام بيئي للنماذج التي تتم صيانتها آليًا مع التحليل الآلي. الطريقة الأساسية التي يمكن للمستخدمين من خلالها التفاعل مع EMMAA هي استخدام لوحة تحكم EMMAA والتي يمكن الوصول إليها هنا.

التوثيق

للحصول على وثائق مفصلة عن EMMA، قم بزيارة http://emmaa.readthedocs.io. تحتوي الوثائق على ثلاثة أقسام رئيسية:

وصف مفاهيمي لبنية ونهج EMMAA
مقدمة إلى لوحة تحكم EMMAA
توثيق على مستوى الوحدة لجميع قواعد التعليمات البرمجية الخاصة بـ EMMAA المرتبطة مباشرة بالكود المصدر على Github

مفهوم

الفكرة الرئيسية وراء EMMAA هي إنشاء مجموعة من النماذج الحسابية التي يتم تحديثها باستخدام القراءة الآلية الآلية وتجميع المعرفة وإنشاء النماذج. يبدأ كل نموذج بشبكة سابقة من المفاهيم ذات الصلة المرتبطة عبر مجموعة من الآليات المعروفة. يتم بعد ذلك توسيع مجموعة الآليات هذه من خلال قراءة الأدبيات أو مصادر المعلومات الأخرى كل يوم، وتحديد مدى ارتباط المعلومات الجديدة بالنموذج الحالي، ثم تحديث النموذج بالمعلومات الجديدة.

تتوفر النماذج أيضًا للتحليل الآلي حيث يمكن تعيين الاستعلامات ذات الصلة التي تقع ضمن نطاق كل نموذج تلقائيًا إلى إجراءات التحليل الهيكلي والديناميكي في النموذج. يتيح ذلك التعرف على التغييرات التي تطرأ على النموذج والإبلاغ عنها والتي تؤدي إلى تغييرات ذات معنى في نتائج التحليل.

التطبيقات

مجال التطبيق الأساسي لـ EMMAA هو البيولوجيا الجزيئية للسرطان، ومع ذلك، يمكن تطبيقه على مجالات أخرى يمكن لنظام INDRA وأنظمة القراءة المدمجة مع INDRA التعامل معها.

تثبيت

يتفاعل المستخدمون بشكل أساسي مع EMMAA عبر لوحة المعلومات، والتي لا يلزم تثبيت أي تبعيات لها.

لإعداد الوصول البرمجي إلى ميزات EMMAA محليًا، قم بما يلي:

 git clone https://github.com/indralab/emmaa.git
cd emmaa
pip install git+https://github.com/sorgerlab/indra.git
pip install git+https://github.com/indralab/indra_db.git
pip install -e .

يتوفر إصدار Dockerized من EMMAA على https://hub.docker.com/r/labsyspharm/emmaa، والذي يمكن الحصول عليه كـ