iCount
1.0.0
iCount هي وحدة لغة Python وواجهة سطر الأوامر المرتبطة بها (CLI)، والتي توفر جميع الأوامر اللازمة لمعالجة بيانات iCLIP على تفاعلات البروتين-RNA وإنشاء:
ملفات FASTQ المزيل تعدد الإرسال والمحول،
ملفات BAM مع iCLIP المعينة تقرأ،
تم تحديد المواقع المرتبطة بالبروتين-RNA، والمحفوظة في ملفات BED،
تتكون القمم من مواقع مترابطة ذات دلالة إحصائية، محفوظة في ملفات BED،
مجموعات من المواقع الهامة المترابطة، المحفوظة في ملفات BED،
تجميع التجارب المتكررة الفردية،
يُظهر إنشاء RNAmap التوزيع الموضعي للمواقع المترابطة بالنسبة إلى المعالم الجينومية،
تحليل تخصيب الكيمير,
وغيرها.
يمكنك البدء بالبرنامج التعليمي أو التعمق في الوثائق.
تم تطوير iCount ودعمه بواسطة Tomaž Curk من مختبر المعلوماتية الحيوية بجامعة ليوبليانا، كلية علوم الكمبيوتر والمعلومات وبالتعاون مع مختبر Jernej Ule.
بدأ التطوير في أواخر عام 2008 عندما كتب توماج كورك وجريجور روت أول نموذج أولي لـ iCount. لقد حدث الكثير منذ ذلك الحين. للحصول على التفاصيل والإقرارات الكاملة، راجع قسم كيفية الاستشهاد في الوثائق.
المساهمات (طلبات السحب) هي موضع ترحيب! يرجى تقديم مساهماتك باتباع الإرشادات.
استخدم صفحة المشكلات للإبلاغ عن المشكلات وطلب التحسينات. قبل الإرسال، يرجى التحقق من قائمة المشكلات التي تم الإبلاغ عنها بالفعل. قم أيضًا بإلقاء نظرة على الأسئلة الشائعة لمعرفة ما إذا كانت المشكلة قد تمت معالجتها بالفعل.
