الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

أداة المحتوى الحراري لتفكك الروابط (ALFABET) المستمدة من التعلم الآلي والسريعة والدقيقة

تحتوي هذه المكتبة على نموذج الشبكة العصبية المدربة للتنبؤ بطاقات تفكك الرابطة المتجانسة (BDEs) للجزيئات العضوية ذات ذرات C وH وN وO. توفر هذه الحزمة واجهة سطر أوامر لتنبؤات النماذج المستندة إلى الويب على bde.ml.nrel.gov.

تعمل الواجهة الأساسية على النحو التالي، حيث يتوقع predict قائمة من سلاسل SMILES للجزيئات المستهدفة 

 >> > from alfabet import model
>> > model . predict ([ 'CC' , 'NCCO' ])
  molecule  bond_index bond_type fragment1 fragment2  ...    bde_pred  is_valid
0       CC           0       C-C     [CH3]     [CH3]  ...   90.278282      True
1       CC           1       C-H       [H]    [CH2]C  ...   99.346184      True
2     NCCO           0       C-N   [CH2]CO     [NH2]  ...   89.988495      True
3     NCCO           1       C-C    [CH2]O    [CH2]N  ...   82.122429      True
4     NCCO           2       C-O   [CH2]CN      [OH]  ...   98.250961      True
5     NCCO           3       H-N       [H]   [NH]CCO  ...   99.134750      True
6     NCCO           5       C-H       [H]   N[CH]CO  ...   92.216087      True
7     NCCO           7       C-H       [H]   NC[CH]O  ...   92.562988      True
8     NCCO           9       H-O       [H]    NCC[O]  ...  105.120598      True

يكسر النموذج جميع الروابط الفردية وغير الدورية في جزيئات المدخلات ويحسب طاقات تفكك الروابط الخاصة بها. أخطاء التنبؤ النموذجية أقل من 1 كيلو كالوري/مول. يعتمد النموذج على Tensorflow (2.x)، ويستخدم بشكل مكثف مكتبة البصمات العصبية (0.1.x).

لمزيد من التفاصيل، راجع المنشور: St. John, PC, Guan, Y., Kim, Y., Kim, S., & Paton, RS (2020). التنبؤ بالمحتوى الحراري لتفكك الرابطة المتجانسة العضوية بدقة كيميائية قريبة وبتكلفة حسابية دون الثانية. اتصالات الطبيعة، 11(1). دوى:10.1038/s41467-020-16201-z

ملحوظة: بالنسبة للنموذج الدقيق الموضح في النص، قم بتثبيت إصدار alfabet 0.0.x. تم تحديث الإصدارات> 0.1 لـ Tensorflow 2.

تثبيت

يوصى بالتثبيت باستخدام conda ، حيث قد يكون من الصعب تثبيت rdkit 

$ conda create -n alfabet -c conda-forge python=3.7 rdkit
$ source activate alfabet
$ pip install alfabet
` `
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل