الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

جينوفو

مرحبا بكم في عالم جينوفو. نحن فريق Shenzhen_BGIC_0101_2013. يرجى الانتقال إلى صفحة المشروع لعرض أفضل. :)

ما نقوم به هو

  • NeoChr

ستساعد وحدة Neochr المستخدمين على انتزاع الجينات ذات الصلة في مسارات مختلفة يدويًا، وإعادة ربط علاقة الجينات بشكل منطقي*، واستبدال الجينات بجينات متعامدة ذات درجات أعلى*.

  • NucleoMod

NucleoMod عبارة عن وحدة نمطية لتعديل تسلسل CDS للجينات التي تم إنشاؤها بواسطة وحدة Neochr. تحتوي هذه الوحدة على 5 مكونات إضافية: تصميم كريسبر، ومحو موقع الإنزيم، وإنشاء موقع إنزيم، وتحسين الكودون، وتكرار التحطيم. كل هذه المكونات الإضافية تسمح للمستخدم بتغيير الجين أو تحسينه. بعد تشغيل NucleoMod، الخطوة التالية هي SegmMan لتصميم الطريقة الاصطناعية وفقًا لطول الكروموسوم.

  • SegmMan

يمكن لشريحة المركب أو التوليف أن تصل إلى 3 كيلو بايت من تسلسل الحمض النووي بدقة عالية، لكن الكروموسوم ليس قصيرًا إلى هذا الحد. يمكن لـ SegmMan حل هذه المشكلة، فهو يقسم الكروموسوم إلى أجزاء 30 ألفًا، وبعد تحليل مواقع الإنزيمات الخارجة، يواصل التجزئة إلى أجزاء 10 آلاف و2 ألف. في المستوى 10k و2k، سيتم إضافة منطقة متماثلة متجهة ومواقع إنزيم التصميم.

======================================================================================

تثبيت الدليل

يعتمد برنامجنا بالكامل على JBrowse وهو الجيل التالي من GBrowse. إذا قمت بتثبيت JBrowse، فما عليك سوى سحب git واستخدامه.

قم بتثبيت برنامج JBrowse

لتثبيت JBrowse، راجع موقع JBrowse الرئيسي على http://gmod.org/wiki/JBrowse.

للوصف المختصر:

  • قم بفك ضغط ملف التنزيل في المجلد الجذر www (/home/www is recommand and do not use /var/www/ as that need root permission)
  • تصفح القرص المضغوط
  • ./install.sh # قم بتثبيت جميع حزم Perl المطلوبة مع cpan، إذا سارت الأمور على ما يرام، يمكنك فتح http://localhost/jbrowse/index.html?data=sample_data/json/volvox

متطلبات البرمجيات

  • بيرل5
  • php5 (لواجهة برمجة تطبيقات REST وخادم الواجهة الخلفية)
  • أباتشي
  • لينكس (تم اختباره على دبيان)
  • git (للمكون الإضافي للتحكم في الإصدار)
  • Biopython وUNAFoldt (للمكون الإضافي للرقاقة)
  • Blast+ (للمكون الإضافي NucleoMod)
  • Chrome, Firefox, and IE10 is recommand

متطلبات التصريح

أنت بحاجة إلى تغيير إذن Apache عن طريق تحرير /etc/Apache2/envvars 

  export APACHE_RUN_USER=`whoami`
  export APACHE_RUN_GROUP=`whoami`

و 

  sudo chown `whoami`:`whoami` /var/lock/apache2/
  sudo /etc/init.d/apache2 restart

Writable data, plugin/tmp_data, server/tmp_data, jbrowse_conf.json

Executable ./bin/ ./server/bin/ ./plugin/bin

قم بتثبيت جينوفو

انسخ الإضافات/، الخادم/ إلى Jbrowse.

تثبيت البرنامج المساعد NucleoMod

يعتمد NucleoMod على Blast+، لذلك إذا كنت تستخدم نظامًا قائمًا على Debian: apt-get install ncbi-blast+

أو يمكنك التثبيت من: ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

تثبيت البرنامج المساعد رقاقة

قم بتنزيل وتثبيت UNAFoldt وBiopython من:

  • أونافولد http://dinamelt.rit.albany.edu/download.php
  • بايوبيثون: http://biopython.org/DIST/docs/install/Installation.html

تثبيت البرنامج المساعد للتحكم في الإصدار

git is needed

أي مكونات إضافية أخرى محمولة

================================================================================================== =

برنامج تعليمي لجانب خادم Genovo

هيكل المجلد : 

 ./data/    
   |-NeoChr_5_add          # NeoChr Plugin, name as "NeoChr_{weekday}"
   |---01.whole2mega       # SegmMan plugin  data
   |---02.globalREmarkup   # SegmMan plugin  data
   |---03.mega2chunk2mini  # SegmMan plugin  data
   |---chip_data           # chip design
   |---names               # prefix for search
   |---seq                 # crc32 encode refsequence  name path
   |-----d7f
   |-------417
   |---------f1
   |---tracks             # track display in browser
   |-----gene             # track cluster
   |-------NeoChr         # Genome Name 
   |-----part
   |-------NeoChr
   |-----Transcript
   |-------NeoChr

 ./server/
   |-bin
   |---chip_new           # create new chip data 
   |-----ols-pool-generation-script
   |-------output-oligos-and-primers
   |---GetPrice           # fetch enzyme price
   |---segmentation       # SegmMod plugin 
   |-config               # plugins config data
   |---features            
   |---geneset
   |---globalREmarkup
   |---markers
   |---Optimize
   |-doc                    # document about plugins
   |-lib                    # library used
   |-pathway                # pathway data used 
   |-REST                   # end-side REST implement
   |-------chip
   |-------features
   |-------modify
   |-------Segmentation
   |-------stats
   |---config
   |-rewire

واجهة برمجة تطبيقات REST 

 base_url = server/REST/index.php

# output genes data by refname and pos
GET base_url/features/SearchByLocation?refname&start&end   
POST base_url/features/delete

# output git verison control for unroll data
GET base_url/stats/version/(?<dataset>w+)

# get pathway resource
GET base_url/pathway/nav

# create and decouple from order genelist data
POST base_url/decouple?refname&

# add loxp, centremele, ARS and so on
POST	/modify/Add

#  SegmMod plugin 
POST 	/Segmentation/globalREmarkup
	        /Segmentation/mega2chunk2mini
	        /Segmentation/whole2mega
GET  	/Segmentation/info
	
# Nucleo plugin
POST     /NucleoMod

# chip plugin
POST	/chip/chip

GET 	/stats/config 

# for get downloadable data information
GET /data/info

علاوة على ذلك، فإن التنفيذ من جانب الخادم الخاص بنا مرن. يمكن للمستخدم تكوين البيانات من جانب الخادم لاستخدام الطاقة.

================================================================================================== =

متطلبات الميداليات

##الميدالية البرونزية

  • 1 قم بتسجيل الفريق، واستمتع بصيف رائع، واستمتع بحضور المخيم
  • 2 قم بإنشاء ومشاركة وصف لمشروع الفريق عبر موقع iGEM wiki
  • نظرة عامة على المشروع
  • 3 قم بتقديم ملصق وتحدث في iGEM Jamboree.
  • 4 تطوير وإتاحة عبر سجل أدوات البرمجيات أداة برمجية مفتوحة المصدر تدعم البيولوجيا التركيبية بناءً على الأجزاء البيولوجية القياسية من BioBrick
    • برنامجنا في جيثب

ملحوظة: يهدف برنامجنا العملاق إلى تشغيل الطوب الحيوي على مستوى الجهاز بناءً على أجزاء الحمض النووي المركبة. ولكن بالنسبة لمستوى الطوب الحيوي، يمكن للوحدة الثانية أيضًا مساعدة المستخدمين على تصميم الجينات، مثل حذف EcorI وXbaI وSpeI وPstI وNot I في CDS وتحسين الكودون وتكرار التحطيم.

الميدالية الفضية

  • 1.أ قم بتوفير مسودة مواصفات تفصيلية للإصدار التالي من الأداة البرمجية الخاصة بك.

نظرًا لأن مشروعنا كبير جدًا وقابل للتوسيع بشكل كبير، لا يمكن تنفيذ 5 أفكار على الأقل بسبب ضيق الوقت.

  • 1.ب توفير مشروع أدوات برمجية ثانٍ متميز (ولكنه مكمل)

بالنسبة للوحدة الثالثة SegmMan، لدينا طريقة تصميم وتوليف تكميلية لتوليف شرائح OLS (رابط)، بحيث يكون Genovo متوافقًا مع كل من المُركِّب والرقاقة.

  • 2 قدم عرضًا توضيحيًا لبرامجهم إما كبرنامج تعليمي نصي أو فيديو متاح على موقع wiki الخاص بهم.

البرنامج التعليمي النصي

الميدالية الذهبية

  • 1 اطلب من فريق آخر استخدام البرنامج الذي طوره فريقك. يجب عليك أن توضح بوضوح كيفية استخدام برنامجك والنتائج التي تم الحصول عليها.

  • لدينا فريق برمجيات Shenzhen_BGIC_ATCG لاستخدام الوحدة الثانية لتصميم جيناتهم.

  • يقوم مشروع SC2.0 أيضًا بتجربة وحدة SegmMan على تجزئة chrVII.

  • 2. الخطوط العريضة والتفاصيل حول كيفية تأثير برنامجك على الممارسات البشرية في البيولوجيا التركيبية.

يشارك:

  • خادم على شبكة الإنترنت للاستخدام العام
  • تقييم البرمجيات ومقارنتها مع Biostudio.
  • ورشة عمل إقليمية

ابتكار:

  • أجرينا مقابلة مع القائد الأساسي، الدكتور باتريك ييزي كاي وتحدثنا عن تصميم وتطبيق Genovo.

إعلان:

  • لقد حاولنا بيع قمصان فريقنا لأشخاص من BGI.

  • 2.ب استخدم SBOL في وثائق البرامج الخاصة بك.

نحن نستخدم SBOL كأحد مخرجات الوحدة الأولى لوصف الجينات في المسار الجديد الذي تم إنشاؤه.

  • 3.أ. تطوير وتوثيق معيار فني جديد يدعم أحد الإجراءات التالية:

تصميم أجزاء أو أجهزة BioBrick :

  • معيار تصميم الكروموسوم
  • معيار عملية التصميم

بناء أجزاء أو أجهزة BioBrick:

  • معيار استراتيجية التجميع
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل