سكات
SKAT هو اختبار مستوى مجموعة SNP (على سبيل المثال، جين أو منطقة) للارتباط بين مجموعة من المتغيرات النادرة (أو الشائعة) والأنماط الظاهرية ثنائية التفرع (التحكم في الحالة) أو الأنماط الكمية باستخدام طرق الآلة الأساسية للبيانات من GWAS والجينوم- دراسات رابطة التسلسل واسعة النطاق. يقوم SKAT بتجميع إحصائيات اختبار الدرجات الفردية لـ SNPs في مجموعة SNP ويحسب بكفاءة القيم p لمستوى مجموعة SNP، على سبيل المثال قيمة p لمستوى الجين أو المنطقة، مع ضبط المتغيرات المشتركة، مثل المكونات الرئيسية، لمراعاة التقسيم الطبقي للسكان. يسمح SKAT أيضًا بحسابات الطاقة/حجم العينة لتصميم دراسات الارتباط التسلسلي.
التوفر
SKAT متاح على CRAN. يرجى الاطلاع على صفحة المشروع لمزيد من المعلومات.
مجموعة المستخدمين
يرجى الانضمام إلى مجموعة SKAT/MetaSKAT Google لطرح الأسئلة/المناقشة/التعليق حول SKAT/MetaSKAT.
مراجع
- Ionita-Laza, I. * , Lee, S. * , Makarov, V., Buxbaum, J. Lin, X. (2013) اختبارات ارتباط نواة التسلسل للتأثير المشترك للمتغيرات النادرة والشائعة. المجلة الأمريكية لعلم الوراثة البشرية ، 92، 841-853. دوى:10.1016/j.ajhg.2013.04.015.
- لي، سيونججون، وآخرون. (2012). النهج الموحد الأمثل لاختبار ارتباط المتغيرات النادرة مع التطبيق على دراسات تسلسل الإكسوم الكامل لعينة صغيرة. المجلة الأمريكية لعلم الوراثة البشرية ، 91.2، 224-237. دوى:10.1016/j.ajhg.2012.06.007.
- لي، س.، وو، إم سي، ولين، إكس. (2012). الاختبارات المثالية للتأثيرات المتغيرة النادرة في دراسات الارتباط التسلسلي. الإحصاء الحيوي , 13.4, 762-775. دوى:10.1093/الإحصاء الحيوي/kxs014. المواد التكميلية.
- Wu, MC * , Lee, S. * , Cai, T., Li, Y., Boehnke, M. and Lin, X (2011) اختبار رابطة المتغيرات النادرة لبيانات التسلسل باستخدام اختبار رابطة نواة التسلسل (SKAT). المجلة الأمريكية لعلم الوراثة البشرية , , 89.1, 82-93. دوى:10.1016/j.ajhg.2011.05.029.
- Wu، MC، Kraft، P.، Epstein، MP، Taylor، D.، M.، Chanock، SJ، Hunter، D.، J.، and Lin، X. (2010) تحليل قوي لمجموعة SNP لـ Case-Control GenomeWide دراسات الجمعيات. المجلة الأمريكية لعلم الوراثة البشرية ، 86، 929-942. دوى:10.1016/j.ajhg.2010.05.002.
