الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

نسخ التنميط الجيني للرقم من تسلسل scRNA

مجموعة من نماذج ووظائف Pyro لاستنتاج CNA من بيانات scRNA-seq. يأتي مزودًا بحزمة R مصاحبة تعمل كواجهة وتوفر إجراءات المعالجة المسبقة والمحاكاة والتصور. نقترح استخدام حزمة R مباشرة لأن هذا يعمل في الغالب كواجهة خلفية للحسابات.

توفير حاليا:

  • نموذج خليط على المقاطع حيث يتم تصميم CNV كمتغير عشوائي LogNormal (MixtureGaussian)

  • نموذج خليط على القطاعات حيث يتم تصميم CNV كمتغير عشوائي فئوي (MixtureCategorical)

  • همم بسيط حيث تكون CNVs قاطعة مرة أخرى، ولكن لا يوجد تجمع (SimpleHmm)

للتثبيت:

$ pip install congas-old

لإجراء تحليل بسيط على بيانات المثال

 استيراد congas كـ cnfrom congas.models import MixtureGaussiandata_dict = cn.simulation_dataparams، الخسارة = cn.run_analogy(data_dict،MixtureGaussian، الخطوات = 200، lr = 0.05)
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل