RCSB Saguaro 1D Features Viewer عبارة عن مكتبة TypeScript مفتوحة المصدر تُستخدم لعرض التعليقات التوضيحية للبروتين والتسلسل الجينومي عبر الويب. تم تطوير المشروع وصيانته في RCSB PDB ويستخدم حاليًا لعرض ميزات البروتين على موقع الويب الخاص به. توفر الحزمة أنواعًا متعددة من عروض البيانات ومجموعة غنية من الخيارات لتخصيص تصور الميزات.
عند استخدام rcsb-saguaro، يرجى الاستشهاد بما يلي:
جوان سيجورا، يانا روز، جون ويستبروك، ستيفن كيه بيرلي، خوسيه إم دوارتي. أدوات وخدمات بنك بيانات البروتين RCSB 1D، المعلوماتية الحيوية، 2020؛ https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1012
npm install @rcsb/rcsb-saguaro
تتوفر أمثلة اختبار مختلفة في مجلد src/examples
git clone [email protected]:rcsb/rcsb-saguaro.gitcd rcsb-saguaronpm installnpm run devServerاذهب إلى:
http://localhost:9000/MultipleTracks.htmlhttp://localhost:9000/MultipleAlignment.html
يمكن العثور على وثائق فئات TypeScript الكاملة هنا.
هذه هي العناصر الأكثر أهمية إذا كنت مهتمًا فقط باستخدام RCSB Saguaro لتصور التعليقات التوضيحية للبروتين
يحدد تكوين كائن لوحة عارض الميزة الرئيسية نطاق الإحداثيات وعرض المسار والعنوان وعرض المحور. يتم تعريف المجموعة الكاملة من السمات في واجهة RcsbFvBoardConfigInterface.
خصائص تكوين اللوحة الرئيسية هي:
const boardConfig = {
range : {
min : 20 ,
max : 110
} ,
trackWidth : 940 ,
rowTitleWidth : 260 ,
includeAxis : true
} ; يحدد كائن تكوين الصف تنسيق ومحتوى صفوف عارض الميزات. يتم تعريف المجموعة الكاملة لسمات تكوين صف اللوحة في RcsbFvRowConfigInterface.
خصائص تكوين الصف الرئيسي هي:
const sequence = "MTEYKLVVVGAGGVGKSALTIQLIQNHFVDEYDPTIEDSYRKQVVIDGETCLLDILDTAGQ" +
"EEYSAMRDQYMRTGEGFLCVFAINNTKSFEDIHQYREQIKRVKDSDDVPMVLVGNKCDLAA" +
"RTVESRQAQDLARSYGIPYIETSAKTRQGVEDAFYTLVREIRQHKLRKLNPPDESGPGCMS" const sequenceTrack = {
trackHeight : 20 ,
trackColor : "#F9F9F9" ,
displayType : "sequence" ,
rowTitle : "SEQUENCE" ,
trackData : [ {
begin : 1 ,
label : sequence
} ]
} const blockTrack = {
trackId : "blockTrack" ,
trackHeight : 20 ,
trackColor : "#F9F9F9" ,
displayType : "block" ,
displayColor : "#FF0000" ,
rowTitle : "BLOCK" ,
trackData : [ {
begin : 30 ,
end : 60 ,
gaps : [ {
begin : 40 ,
end : 50
} ]
} , {
begin : 80 ,
end : 90 ,
openEnd : true
} ]
} const pfv = new RcsbFv . Create ( {
boardConfigData : boardConfig ,
rowConfigData : [ sequenceTrack , blockTrack ] ,
elementId : "htmlElementId"
} ) ;شاهد هذا المثال الموسع عبر الإنترنت هنا
يمكن تحرير المجموعة الكاملة من الأمثلة وتعديلها في CODEPEN
نوفر أيضًا مكتبة (rcsb-saguaro-app) لإنشاء عروض ميزات البروتين 1D التي تم تكوينها مسبقًا لتعليقات RCSB PDB وUniProtKB.
جميع المساهمات هي موضع ترحيب. من فضلك قم بتقديم طلب سحب أو فتح مشكلة.
رخصة معهد ماساتشوستس للتكنولوجيا
Copyright (c) 2019 - now, RCSB PDB and contributors
يُمنح الإذن مجانًا لأي شخص يحصل على نسخة من هذا البرنامج وملفات الوثائق المرتبطة به ("البرنامج")، للتعامل في البرنامج دون قيود، بما في ذلك، على سبيل المثال لا الحصر، حقوق الاستخدام والنسخ والتعديل والدمج. ونشر و/أو توزيع وترخيص من الباطن و/أو بيع نسخ من البرنامج، والسماح للأشخاص الذين تم توفير البرنامج لهم بالقيام بذلك، وفقًا للشروط التالية:
يجب تضمين إشعار حقوق الطبع والنشر أعلاه وإشعار الإذن هذا في جميع النسخ أو الأجزاء الكبيرة من البرنامج.
يتم توفير البرنامج "كما هو"، دون أي ضمان من أي نوع، صريحًا أو ضمنيًا، بما في ذلك، على سبيل المثال لا الحصر، ضمانات القابلية للتسويق والملاءمة لغرض معين وعدم الانتهاك. لا يتحمل المؤلفون أو أصحاب حقوق الطبع والنشر بأي حال من الأحوال المسؤولية عن أي مطالبة أو أضرار أو مسؤولية أخرى، سواء في إجراء العقد أو الضرر أو غير ذلك، الناشئة عن أو خارج أو فيما يتعلق بالبرنامج أو الاستخدام أو المعاملات الأخرى في برمجة.
