straw

القش: دفق البيانات بسرعة من ملفات .hic

Straw هي مكتبة تسمح بالتدفق السريع لبيانات الاتصال من ملفات .hic. يحتوي هذا المستودع على الكود المصدري لإصدارات C++، وR، وPython، وMATLAB من Straw.

• للحصول على إصدار جافا، راجع: https://github.com/aidenlab/java-straw/
• للحصول على إصدار جافا سكريبت، راجع: https://github.com/igvteam/hic-Straw/

هناك إصداران من Python - نكهة Python خالصة ونسخة تغلف كود C++ مع pybind11. تم إهمال الإصدار السابق لصالح استخدام الإصدار pybind11، وهو أسرع بكثير.

• لأغراض الأرشفة، تم نقل نسخة بايثون النقية إلى: https://github.com/aidenlab/pystraw

يمكن العثور على مثال دفتر Jupyter لاستخدام القش هنا: https://aidenlab.gitbook.io/juicebox/accessing-raw-data

تثبيت القش لبيثون

استخدم pip install hic-straw . إذا كنت تريد البناء من الكود المصدري، فيجب أن يكون لديك pybind11 مثبتًا. انسخ المكتبة cd في دليل straw/ . ثم pip install ./pybind11_python .

تجميع القش لـ C++

g++ -std=c++0x -o straw main.cpp straw.cpp -lcurl -lz

يجب أن يكون لديك cURL مثبتًا. يرجى الاطلاع على الويكي لمزيد من الوثائق.

للأسئلة، يرجى استخدام مجموعة جوجل.

يتم تنفيذ أعمال التطوير المستمرة بواسطة محمد س. شميم. من بين المساهمين السابقين Neva C. Durand والعديد من الآخرين.

إذا كنت تستخدم هذه الأداة في عملك، يرجى الاستشهاد بها

نيفا سي. دوراند، جيمس تي. روبنسون، محمد س. شميم، إيدو ماتشول، جيل بي. ميسيروف، إريك س. لاندر، وإيرز ليبرمان أيدن. "يوفر Juicebox نظام تصور لخرائط الاتصال Hi-C مع تكبير غير محدود." أنظمة الخلايا 3(1)، 2016.