الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

تم الآن تطبيق xyz2mol في RDKit 

 raw_mol = Chem.MolFromXYZFile('acetate.xyz')
mol = Chem.Mol(raw_mol)
rdDetermineBonds.DetermineBonds(mol,charge=-1)

تحويل الإحداثيات الديكارتية إلى واحد أو أكثر من الرسوم البيانية الجزيئية

بالنظر إلى الإحداثيات الديكارتية في شكل ملف .xyz ، يقوم الكود بإنشاء قائمة تضم واحدًا أو أكثر من الرسوم البيانية الجزيئية. في الحالات التي يكون فيها هناك العديد من أشكال الرنين المحتملة، يُرجع xyz2mol قائمة بجميع أشكال الرنين، وإلا فسيقوم فقط بإرجاع قائمة واحدة منها.

يعتمد هذا الرمز على عمل DOI: 10.1002/bkcs.10334 

 Yeonjoon Kim and Woo Youn Kim
"Universal Structure Conversion Method for Organic Molecules:
From Atomic Connectivity to Three-Dimensional Geometry"
Bull. Korean Chem. Soc.
2015, Vol. 36, 1769-1777

يثبت

يعتمد على rdkit و numpy و networkx . الأسهل في الإعداد عبر اناكوندا/كوندا:

conda install -c conda-forge xyz2mol

يتوفر الإعداد لبيئة مستقلة عبر Makefile . للإعداد والاختبار، ما عليك سوى استنساخ المشروع وإنشاءه. 

 git clone https://github.com/jensengroup/xyz2mol

ثم قم بتشغيل المجلد xyz2mol التالي 

 make
make test

لاحظ أنه من الممكن أيضًا تشغيل التعليمات البرمجية بدون تبعيات networkx ، ولكنها أبطأ.

استخدام المثال

اقرأ ملف xyz واطبع SMILES، ولكن لا تقم بترميز اللامركزية. 

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz --ignore-chiral

اقرأ ملف xyz واطبع تنسيق SDF واحفظه في ملف 

 xyz2mol.py examples/chiral_stereo_test.xyz -o sdf > save_file.sdf

اقرأ ملف xyz مقابل رسوم واطبع SMILES 

 xyz2mol.py examples/acetate.xyz --charge -1

التبعيات: 

 rdkit # (version 2019.9.1 or later needed for huckel option)
networkx
يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل