GenAI4Drug
1.0.0
تحديث: لقد تم قبول ورقتنا للإحاطات في مجال المعلوماتية الحيوية!
مستودع لورقة المسح "مسح الذكاء الاصطناعي التوليدي لاكتشاف الأدوية الجديدة : حدود جديدة في تصميم الجزيئات والبروتينات".
شيانغرو تانغ 1 *، هوارد داي 1 *، إليزابيث نايت 1 *، يونيانغ لي 1 ، فانغ وو 2 ، تيانشياو لي 1 ، مارك غيرستين 1
1. جامعة ييل. 2. جامعة ستانفورد
(*: المساهمة المتساوية)
[**] تشير إلى أقسام الملحق.
| قسم | القسم الفرعي | مجموعات البيانات | المقاييس | نماذج |
|---|---|---|---|---|
| جزيء | الهدف الملحد الجيل | مجموعات البيانات | المقاييس | نماذج |
| جزيء | جيل مدرك للهدف | مجموعات البيانات | المقاييس | نماذج |
| جزيء | جيل التشكل** | مجموعات البيانات | المقاييس | نماذج |
| بروتين | تعلم التمثيل** | مجموعات البيانات | نماذج | |
| بروتين | التنبؤ بالهيكل | مجموعات البيانات | المقاييس | نماذج |
| بروتين | توليد التسلسل | مجموعات البيانات | المقاييس | نماذج |
| بروتين | تصميم العمود الفقري | مجموعات البيانات | المقاييس | نماذج |
| جسم مضاد | تعلم التمثيل** | مجموعات البيانات | نماذج | |
| جسم مضاد | التنبؤ بالهيكل** | مجموعات البيانات | المقاييس | نماذج |
| جسم مضاد | إنشاء مجلس الإنماء والإعمار** | مجموعات البيانات | المقاييس | نماذج |
| الببتيد | متنوعات المهام** | نماذج |
@article{tang2024survey,
title={A survey of generative ai for de novo drug design: new frontiers in molecule and protein generation},
author={Tang, Xiangru and Dai, Howard and Knight, Elizabeth and Wu, Fang and Li, Yunyang and Li, Tianxiao and Gerstein, Mark},
journal={Briefings in Bioinformatics},
volume={25},
number={4},
year={2024},
publisher={Oxford Academic}
}
نظرة عامة على المواضيع التي تغطيها ورقتنا. يمكن العثور على الأقسام المميزة باللون الأزرق في النص الرئيسي، في حين أن الأقسام الأرجوانية هي أقسام موسعة موجودة في الملحق.
هياكل كيمياء الكم وخصائص 134 كيلو جزيء (QM9)
راغوناثان راماكريشنان، بافلو أو. درال، ماتياس روب، أو. أناتول فون ليلينفيلد
البيانات العلمية (2014)
GEOM، المطابقات الجزيئية المشروحة بالطاقة للتنبؤ بالخصائص والتوليد الجزيئي (GEOM)
سيمون أكسلرود، رافائيل جوميز بومباريللي
البيانات العلمية (2022)
التصميم الكيميائي التلقائي باستخدام التمثيل المستمر المبني على البيانات للجزيئات (CVAE)
رافائيل غوميز-بومباريللي، وجنيفر إن. وي، وديفيد دوفينود، وخوسيه ميغيل هيرنانديز-لوباتو، وبنجامين سانشيز-لينغلينغ، ودينيس شيبيرلا، وخورخي أغيليرا-إيباراغيري، وتيموثي دي هيرزل، ورايان بي. آدامز، وآلان أسبورو-جوزيك.
ACS العلوم المركزية (2018)
أداة التشفير التلقائي النحوية المتغيرة (GVAE)
مات جيه كوسنر، بروكس بيج، خوسيه ميغيل هيرنانديز لوباتو
آي سي إم إل 2017
أداة التشفير التلقائي المتغيرة الموجهة نحو بناء الجملة للبيانات المنظمة (SD-VAE)
هانجون داي، ينغتاو تيان، بو داي، ستيفن سكينا، لو سونغ
المؤتمر الدولي للبحوث الزراعية 2018
أداة التشفير التلقائي المتغيرة لشجرة الوصلات لإنشاء الرسم البياني الجزيئي (JT-VAE)
وينجونج جين، ريجينا بارزيلاي، تومي جاكولا
آي سي إم إل 2018
E(n) التدفقات التطبيعية المكافئة (E-NF)
فيكتور جارسيا ساتوراس، إيميل هوجيبوم، فابيان فوكس، إنجمار بوسنر، ماكس ويلينج
نيوروبس 2021
توليد مجموعات نقاط ثلاثية الأبعاد متكيفة مع التماثل للاكتشاف المستهدف للجزيئات (G-SchNet)
نيكلاس جيباور، مايكل جاستيجر، كريستوف شوت
نيوريبس 2019
الانتشار المتساوي لتوليد الجزيء ثلاثي الأبعاد (EDM)
إميل هوجيبوم، فيكتور جارسيا ساتوراس، كليمنت فيجناك، ماكس ويلينج
آي سي إم إل 2022
الانتشار الهندسي الكامل لتوليد الجزيئات ثلاثية الأبعاد وتحسينها (GCDM)
أليكس مورهيد، جيانلين تشينغ
أرخايف:2302.04313 (2023)
MDM: نموذج الانتشار الجزيئي لتوليد الجزيئات ثلاثية الأبعاد (MDM)
لي هوانغ، هينجتونج تشانغ، تينجيانج شو، كا تشون وونغ
AAAI 2023
نماذج الانتشار الكامن الهندسي لتوليد الجزيئات ثلاثية الأبعاد (GeoLDM)
مينكاي شو، ألكسندر إس باورز، رون أو. درور، ستيفانو إرمون، جور ليسكوفيك
آي سي إم إل 2023
تعلم نماذج الانتشار المشتركة ثنائية وثلاثية الأبعاد لتوليد الجزيئات الكاملة (JODO)
هان هوانغ، ليلي صن، بوين دو، ويفينغ إل في
أرخايف:2305.12347 (2023)
MiDi: رسم بياني مختلط وانتشار تقليل الضوضاء ثلاثي الأبعاد لتوليد الجزيئات (MiDi)
كليمنت فيجناك، نغم عثمان، لورا توني، باسكال فروسارد
أرخايف:2302.09048 (2023)
شبكات عصبية تلافيفية ثلاثية الأبعاد ومجموعة بيانات مشتركة لتصميم الأدوية القائمة على البنية (CrossDocked2020)
بول ج. فرانكور، توموهيدي ماسودا، جوسلين سنسيري، أندرو جيا، ريتشارد بي. يوفانيسكي، إيان سنايدر، ديفيد ر. كويس
ايه سي اس جي سي آي إم 2020
ZINC20 — قاعدة بيانات كيميائية مجانية واسعة النطاق لاكتشاف الروابط (ZINC20)
جون جيه. إيروين، خانه جي. تانج، جينيفر يونج، تشينزوريج داندارتشولون، بنجامين آر. وونج، مونخزول خوريلباتار، يوري إس. موروز، جون مايفيلد، روجر أ. سايل
ايه سي اس جي سي آي إم 2020
Binding MOAD (أم جميع قواعد البيانات) (Binding MOAD)
ليجي هو، مارك ل. بنسون، ريتشارد د. سميث، مايكل ج. ليرنر، هيذر أ. كارلسون
البروتينات 2005
AutoDock Vina: تحسين سرعة ودقة الإرساء باستخدام وظيفة تسجيل جديدة وتحسين فعال وتعدد مؤشرات الترابط (Vina AutoDock)
أوليغ تروت، آرثر ج. أولسون
جي سي سي 2010
قياس الجمال الكيميائي للأدوية (QED) جي ريتشارد بيكرتون، جايا في باوليني، جيريمي بيسنارد، سوريل موريسان، أندرو إل هوبكنز
كيمياء الطبيعة (2012)
تقدير درجة الوصول الاصطناعية للجزيئات الشبيهة بالعقاقير بناءً على التعقيد الجزيئي ومساهمات الأجزاء (SAScore)
بيتر إرتل، مجلة أنسجار شوفنهاور للمعلوماتية الكيميائية 2009
DrugGPT: استراتيجية قائمة على GPT لتصميم الروابط المحتملة التي تستهدف بروتينات محددة (DrugGPT)
يوسن لي، تشينجي جاو، شين سونج، شيانغيو وانغ، يونغانغ شو، سوكسيا هان
بيوركسيف (2023)
توليد هياكل جزيئية ثلاثية الأبعاد مشروطة بموقع ربط المستقبلات باستخدام النماذج التوليدية العميقة (LiGAN)
توموهيدي ماسودا، ماثيو راجوزا، ديفيد رايان كويس
أرخايف:2010.14442 (2020)
Pocket2Mol: أخذ العينات الجزيئية الفعالة بناءً على جيوب البروتين ثلاثية الأبعاد (Pocket2Mol)
شينغانغ بينغ، شيتونغ لو، جياكي جوان، تشي شيه، جيان بينغ، جيانزو ما
آي سي إم إل 2022
نموذج توليدي ثلاثي الأبعاد لتصميم الأدوية المبني على البنية
شيتونغ لو، جياكي جوان، جيانزو ما، جيان بنغ
نيوروبس 2021
الانتشار المكافئ ثلاثي الأبعاد لتوليد الجزيئات المستهدفة والتنبؤ بالتقارب (TargetDiff)
جياكي جوان، ويسلي وي تشيان، شينغانغ بينغ، يوفينغ سو، جيان بينغ، جيانزو ما
المؤتمر الدولي لأبحاث الفضاء 2023
تصميم الأدوية القائم على البنية باستخدام نماذج الانتشار المتساوية (DiffSBDD)
آرني شنيوينج، يوانكي دو، تشارلز هاريس، أريان جاماسب، إيليا إيجاشوف، ويتاو دو، توم بلونديل، بيترو ليو، كارلا جوميز، ماكس ويلينج، مايكل برونشتاين، برونو كوريا
أرخايف:2210.13695 (2022)
GEOM، المطابقات الجزيئية المشروحة بالطاقة للتنبؤ بالخصائص والتوليد الجزيئي (GEOM)
سيمون أكسلرود، رافائيل جوميز بومباريللي
البيانات العلمية 2022
SchNet: شبكة عصبية تلافيفية ذات مرشح مستمر لنمذجة التفاعلات الكمومية (ISO17)
كريستوف شوت، بيتر جان كيندرمانز، هوزيل إينوك سوسيدا فيليكس، ستيفان شميلا، ألكسندر تكاتشينكو، كلاوس روبرت مولر
نيوريبس 2017
التنبؤ بالهندسة الجزيئية باستخدام الشبكة العصبية للرسم البياني التوليدي العميق (CVGAE)
إلمان مانسيموف، عمر محمود، سيوكو كانغ، كيونغهيون تشو
التقارير العلمية 2019
نموذج توليدي لهندسة المسافة الجزيئية (GraphDG)
جريجور إن سي سيم، خوسيه ميغيل هيرنانديز لوباتو
آي سي إم إل 2020
تعلم الديناميكيات التوليدية العصبية لتوليد التشكل الجزيئي (CGCF)
مينكاي شو، شيتونج لوه، يوشوا بينجيو، جيان بينغ، جيان تانغ
المؤتمر الدولي للبحوث الزراعية 2021
GeoMol: الجيل الهندسي الالتوائي لمجموعات المطابقات الجزيئية ثلاثية الأبعاد (GeoMol)
أوكتافيان جانيا، لاجناجيت باتانيك، كونور كولي، ريجينا بارزيلاي، كلافس جنسن، ويليام جرين، تومي جاكولا
نيوروبس 2021
تعلم مجالات التدرج لتوليد التشكل الجزيئي (ConfGF)
تشينس شي، شيتونج لوه، مينكاي شو، جيان تانغ
آي سي إم إل 2021
التنبؤ بالتشكل الجزيئي عبر مطابقة درجات الرسم البياني الديناميكي (DGSM)
شيتونج لو، تشينس شي، مينكاي شو، جيان تانغ
نيوروبس 2021
GeoDiff: نموذج الانتشار الهندسي لتوليد التشكل الجزيئي (GeoDiff)
مينكاي شو، لانتاو يو، يانغ سونغ، تشينس شي، ستيفانو إرمون، جيان تانغ
المؤتمر الدولي للبحوث الزراعية 2022
UniProt: قاعدة المعرفة العالمية للبروتين (UniProt)
رولف أبويلر، أموس بيروش، كاثي إتش وو، وينونا سي. باركر، بريجيت بوكمان، سيرينيلا فيرو، إليزابيث جاستيجر، هونجزان هوانج، رودريجو لوبيز، ميشيل ماجران، ماريا جيه. مارتن، دارين أ. ناتالي، كلير أودونوفان، نيكول ريداشي، لاي-سو إل
بحوث الأحماض النووية 2004
OntoProtein: التدريب المسبق للبروتين مع تضمين الجينات (ProteinKG)
نينغيو تشانغ، تشن بي، شياوتشوان ليانغ، سيوان تشينغ، هاوسن هونغ، شومين دينغ، جيازانغ ليان، تشيانغ تشانغ، هواجون تشين
المؤتمر الدولي للبحوث الزراعية 2022
بنك بيانات البروتين (PDB)
هيلين إم بيرمان، جون ويستبروك، زوكانغ فنغ، غاري جيليلاند، تي إن بهات، هيلج ويسيغ، إيليا إن شينديالوف، فيليب إي. بورن
بحوث الأحماض النووية 2000
قاعدة بيانات بنية البروتين AlphaFold: توسيع التغطية الهيكلية لمساحة تسلسل البروتين بشكل كبير باستخدام نماذج عالية الدقة (AlphaFoldDB)
ميهالي فارادي، ستيفن أنيانجو، ماندار ديشباندي، سريناث ناير، سيندي ناتاسيا، جالابينا يوردانوفا، ديفيد يوان، أوانا سترو، جيما وود، أجاتا ليدون، أوغسطين جيدك، تيم جرين، كاثرين تونياسوفوناكوول، ستيغ بيترسن، جون جامبر، إلين كلانسي، ريتشارد جرين ، أنكور فورا، ميرا لطفي، مايكل فيجورنوف، أندرو كوي، نيكول هوبز، بوشميت كوهلي، جيرارد كليويجت، إيوان بيرني، ديميس هاسابيس، سمير فيلانكار
أبحاث الأحماض النووية 2022
بفام: قاعدة بيانات العائلات البروتينية في عام 2021 (بفام)
جاينا ميستري، سارة تشوجورانسكي، لوري ويليامز، مطلوب قريشي، جوستافو سالازار، إريك إل إل سونهامر، سيلفيو سي توساتو، ليسانا بالادين، شريا راج، لورنا جي ريتشاردسون، روبرت دي فين، أليكس بيتمان
أبحاث الأحماض النووية 2021
هندسة البروتين العقلانية الموحدة مع التعلم التمثيلي العميق القائم على التسلسل (UniRep)
إيثان سي آلي، غريغوري خيموليا، سوروجيت بيسواس، محمد القريشي، جورج إم تشيرش
طرق الطبيعة 2019
بروترانس: نحو فهم لغة الحياة من خلال التعلم الخاضع للإشراف الذاتي (بروتبيرت)
أحمد النجار، مايكل هاينزنجر، كريستيان دالاجو، غالية ريحاوي، يو وانج، ليون جونز، توم جيبس، تاماس فيهر، كريستوف أنجيرر، مارتن ستينيجر، ديبسيندو بوميك، وبوركهارد روست.
آي إي إي بامي 2021
البنية البيولوجية والوظيفة تنشأ من توسيع نطاق التعلم غير الخاضع للرقابة إلى 250 مليون تسلسل بروتيني (ESM-1b)
ألكسندر رايفز، جوشوا ماير، توم سيركو، سيدهارث جويال، زيمنج لين، جيسون ليو، ديمي جو، مايل أوت، سي لورانس زيتنيك، جيري ما، روب فيرجوس
بناس 2021
محول MSA (محول MSA)
روشان إم راو، جايسون ليو، روبرت فيركويل، جوشوا ماير، جون كاني، بيتر أبيل، توم سيركو، ألكسندر رايفز
آي سي إم إل 2021
زيادة التسلسل المسترجع لتعلم تمثيل البروتين (RSA)
تشانغ ما، هايتنغ تشاو، لين تشنغ، جياي شين، كينتونغ لي، ليجون وو، تشيهونغ دينغ، يانغ لو، تشي ليو، لينغبينغ كونغ
بيوركسيف (2023)
OntoProtein: التدريب المسبق للبروتين مع تضمين الجينات (OntoProtein)
نينغيو تشانغ، تشن بي، شياوتشوان ليانغ، سيوان تشينغ، هاوسن هونغ، شومين دينغ، جيازانغ ليان، تشيانغ تشانغ، هواجون تشين
المؤتمر الدولي للبحوث الزراعية 2022
تعلم تمثيل البروتين من خلال نمذجة البنية الأولية المحسنة بالمعرفة (KeAP)
هونغ يو تشو، يونكسيانج فو، تشيتشنغ تشانغ، تشنغ بيان، ييتشو يو
بيوركسيف (2023)
الالتواء الداخلي والخارجي والتجميع للتعلم على هياكل البروتين ثلاثية الأبعاد (IEConv)
بيدرو هيرموسيلا، ماركو شيفر، ماتيج لانج، غلوريا فاكيلمان، بيري باو فازكيز، باربورا كوزليكوفا، مايكل كرون، توبياس ريتشل، تيمو روبنسكي
المؤتمر الدولي للبحوث الزراعية 2021
التنبؤ بوظيفة البروتين القائم على البنية باستخدام الشبكات التلافيفية للرسم البياني (DeepFRI)
فلاديمير جليجورييفيتش، بي دوغلاس رينفرو، توماس كوسيوليك، جوليا كوهلر ليمان، دانييل بيرنبرغ، تومي فاتانين، كريس تشاندلر، برين سي تايلور، إيان إم فيسك، هيرا فلاماكيس، رامنيك جيه كزافييه، روب نايت، كيونغ هيون تشو، ريتشارد بونو.
اتصالات الطبيعة 2021
تعلم تمثيل البروتين من خلال التدريب المسبق على البنية الهندسية (GearNET)
زوباي تشانغ، مينغاو شو، أريان جاماسب، فيجيل تشينثاماراكشان، أوريلي لوزانو، بايل داس، جيان تانغ
أرخايف:2203.06125 (2022)
بنك بيانات البروتين (PDB)
هيلين إم بيرمان، جون ويستبروك، زوكانغ فنغ، غاري جيليلاند، تي إن بهات، هيلج ويسيغ، إيليا إن شينديالوف، فيليب إي. بورن
بحوث الأحماض النووية 2000
التقييم النقدي لطرق التنبؤ ببنية البروتين (CASP) - الجولة الرابعة عشرة (CASP14)
أندريه كريشتافوفيتش، تورستن شويدي، مايا توبف، كرزيستوف فيديليس، جون مولت
البروتينات 2021
التقييم الآلي المستمر للنموذج (CAMEO) المكمل للتقييم النقدي للتنبؤ بالهيكل في CASP12 (CAMEO)
يورغن هاس، أليساندرو بارباتو، داريو بيرنجر، غابرييل ستودر، ستيفن روث، مارتينو بيرتوني، خالد مستغير، رافال جوميني، تورستن شويدي
البروتينات 2017
LGA: طريقة للعثور على أوجه التشابه ثلاثية الأبعاد في هياكل البروتين (GDT-TS)
آدم زملا
الأحماض النووية 2003
وظيفة التسجيل للتقييم الآلي لجودة قالب بنية البروتين (TM-score)
يانغ تشانغ، جيفري سكولنيك
البروتينات 2004
lDDT: درجة محلية خالية من التراكب لمقارنة بنيات البروتين ونماذجه باستخدام اختبارات فرق المسافة (lDDT)
فاليريو مارياني، ماركو بياسيني، أليساندرو بارباتو، تورستن شويدي
المعلوماتية الحيوية 2013
تنبؤ دقيق للغاية ببنية البروتين باستخدام AlphaFold (AlphaFold)
جون جمبر، ريتشارد إيفانز، ألكسندر بريتزل، تيم جرين، مايكل فيجورنوف، أولاف رونبرجر، كاثرين تونياسوفوناكول، روس بيتس، أوغسطين جيدك، آنا بوتابينكو، أليكس بريدجلاند، كليمنس ماير، سيمون إيه إيه كول، أندرو جيه. بالارد، أندرو كوي، برناردينو روميرا - باريديس، ستانيسلاف نيكولوف، ريشوب جاين، جوناس أدلر، تريفور باك، ستيغ بيترسن، ديفيد ريمان، إلين كلانسي، ميشال زيلينسكي، مارتن ستينيجر، ميشالينا باتشولسكا، تاماس بيرغهامر، سيباستيان بودنشتاين، ديفيد سيلفر، أوريول فينيالس، أندرو دبليو سينيور، كوراي كافوكوغلو، بوشميت كوهلي، ديميس هاسابيس
الطبيعة 2021)
خادم trRosetta للتنبؤ السريع والدقيق ببنية البروتين (trRosetta)
زونغيانغ دو، هونغ سو، وينكاي وانغ، ليشا يي، هونغ وي، تشنلينغ بينغ، إيفان أنيشينكو، ديفيد بيكر، جياني يانغ بروتوكولات الطبيعة 2021
التنبؤ الدقيق بهياكل البروتين وتفاعلاته باستخدام شبكة عصبية ثلاثية المسارات (RoseTTAFold)
مينكيونغ بايك، فرانك ديمايو، إيفان أنيشينكو، جوستاس دوبراس، سيرجي أوفتشينيكوف، غيو ري لي، جوي وانغ، تشيان كونغ، ليزا إن كينش، ر. داستن شيفر، كلوديا ميلان، هانبيوم بارك، كارسون آدامز، كاليب آر غلاسمان، آندي ديجيوفاني، خوسيه إتش. بيريرا، أندريا في. رودريغز، ألبردينا أ. فان ديك، آنا سي. إبريشت، ديدريك جيه. أوبرمان، ثيو ساجميستر، كريستوف بوهللر، تي بافكوف كيلر، مانوج ك. راثيناسوامي، أوديت دالوادي، كالفين ك. ييب، جون إي. بيرك، ك. كريستوفر جارسيا، نيك في. جريشين، بول د. آدامز، راندي ج. ريد، ديفيد بيكر
العلوم 2021
التنبؤ التطوري لبنية البروتين على المستوى الذري باستخدام نموذج اللغة (ESMFold)
زيمينغ لين، خليل أكين، روشان راو، بريان هاي، تشونغكاي تشو، وينتينغ لو، نيكيتا سميتانين، روبرت فيركويل، أوري كابيلي، يانيف شمويلي، آلان دوس سانتوس كوستا، مريم فاضل زاراندي، توم سيركو، سلفاتوري كانديدو، ألكسندر رايفز.
العلوم 2023
EigenFold: التنبؤ ببنية البروتين التوليدي باستخدام نماذج الانتشار (EigenFold)
بوين جينغ، عزرا إيريفيس، بيتر باو هوانغ، غابرييل كورسو، بوني بيرغر، تومي جاكولا
أرخايف:2304.02198 (2023)
بنك بيانات البروتين (PDB)
هيلين إم بيرمان، جون ويستبروك، زوكانغ فنغ، غاري جيليلاند، تي إن بهات، هيلج ويسيغ، إيليا إن شينديالوف، فيليب إي. بورن
بحوث الأحماض النووية 2000
UniProt: قاعدة المعرفة العالمية للبروتين (UniRef/UniParc)
رولف أبويلر، أموس بيروش، كاثي إتش وو، وينونا سي. باركر، بريجيت بوكمان، سيرينيلا فيرو، إليزابيث جاستيجر، هونجزان هوانج، رودريجو لوبيز، ميشيل ماجران، ماريا جيه. مارتن، دارين أ. ناتالي، كلير أودونوفان، نيكول ريداشي، لاي-سو إل
بحوث الأحماض النووية 2004
CATH: شروح هيكلية ووظيفية شاملة لتسلسل الجينوم (CATH)
إيان سيليتو، توني إي. لويس، أليسون كف، سايوني داس، بول أشفورد، ناتالي إل. داوسون، نيكولاس فورنهام، رومان إيه. لاسكوسكي، ديفيد لي، جوناثان جي. ليز، سونيا ليهتينن، رومان أ. ستودر، جانيت ثورنتون، كريستين أ. أورينغو
أبحاث الأحماض النووية 2015
التنبؤ المباشر لملامح التسلسل المتوافقة مع بنية البروتين بواسطة الشبكات العصبية ذات الملامح المحلية وغير المحلية القائمة على الطاقة (TS500)
زيكسيو لي، ويويدونغ يانغ، وإيشيل فاراجي، وجيان زان، وياوقي تشو
البروتينات 2014
ProteinVAE: أداة التشفير التلقائي المتغيرة لتصميم البروتين الترجمي (ProteinVAE)
سويو ليو، شاهين سولاتي-هاشجين، مايكل جارتون
بيوركسيف (2023)
ProT-VAE: أداة التشفير التلقائي المتغيرة لمحولات البروتين لتصميم البروتين الوظيفي (ProT-VAE)
إمري سيفجين، جوشوا مولر، أدريان لانج، جون باركر، شون كويجلي، جيف ماير، بونام سريفاستافا، سيتارام غاياتري، ديفيد هوسفيلد، ماريا كورشونوفا، ميكا ليفني، ميشيل جيل، راما رانجاناثان، أنتوني بي كوستا، أندرو إل فيرجسون
بيوركسيف (2023)
توسيع مساحات تسلسل البروتين الوظيفي باستخدام شبكات الخصومة التوليدية (ProteinGAN)
دوناتاس ريبيكا، فيكينتاس جانيسكيس، لوريناس كاربوس، إلزبيتا ريمبيزا، إيرمانتاس روكايتيس، جان زريميك، سيمونا بوفيلونين، أودريوس لورينيناس، ساندرا فيكاندر، وسام أبواجوا، أوتو سافولينن، رولانداس ميسكيس، مارتن كي إم إنجكفيست، أليكسي زيليزنياك.
ذكاء آلة الطبيعة (2021)
تصميم بروتين سريع ومرن باستخدام الشبكات العصبية ذات الرسم البياني العميق (ProteinSolver)
أليكسي ستروكاتش، ديفيد بيسيرا، كارليس كوربي فيرج، ألبرت بيريز ريبا، فيليب إم كيم
أنظمة الخلايا 2020
PiFold: نحو الطي العكسي للبروتين بشكل فعال وفعال (PiFold)
تشانغيانغ جاو، تشينغ تان، ستان زد لي
المؤتمر الدولي لأبحاث الفضاء 2023
تصميم تسلسل البروتين مع الإمكانات المستفادة
نامراتا أناند، رافائيل إيغوتشي، إريمبان آي. ماثيوز، كارلا بي. بيريز، ألكسندر ديري، روس بي. ألتمان، بو-سو هوانغ
اتصالات الطبيعة 2022
تصميم تسلسل البروتين الخالي من الروتامر بناءً على التعلم العميق والاتساق الذاتي (ABACUS-R)
يوفينغ ليو، لو تشانغ، ويلون وانغ، مين تشو، تشن وانغ، فودونغ لي، جياهاي تشانغ، هوكيانغ لي، كوان تشين، هايان ليو
علوم الطبيعة الحسابية 2022
ProRefiner: استراتيجية تكرير قائمة على الإنتروبيا لطي البروتين العكسي مع الاهتمام بالرسم البياني العالمي (ProRefiner)
شينيي تشو، غوانغيونغ تشين، جونجي يي، إرشنغ وانغ، جون تشانغ، تسونغ ماو، زانوي لي، جياني هاو، شينغكسو هوانغ، جين تانغ، فنغ آن هنغ
اتصالات الطبيعة 2023
طريقة تصميم بروتين دي نوفو تحت إشراف Graphormer والتحقق من صحة الوظيفة (GPD)
جونكسي مو، زينجكسين لي، بو تشانغ، تشي تشانغ، جامشيد إقبال، عبد الودود، تينغ وي، يان فنغ، هاي فنغ تشين
ملخصات في المعلوماتية الحيوية 2024
التعلم من بنية البروتين باستخدام الإدراك الحسي المتجه الهندسي (GVP-GNN)
بوين جينغ، ستيفان إيزمان، باتريشيا سوريانا، رافائيل جون لامار تاونسند، رون درور
المؤتمر الدولي للبحوث الزراعية 2021
تعلم الطي العكسي من ملايين الهياكل المتوقعة (ESM-IF1)
كلوي هسو، روبرت فيركويل، جايسون ليو، زيمنج لين، بريان هاي، توم سيركو، آدم ليرير، ألكسندر رايفز
آي سي إم إل 2022
تصميم تسلسل البروتين القوي القائم على التعلم العميق باستخدام ProteinMPNN (ProteinMPNN)
J Dauparas، I Anishchenko، N Bennett، H Bai، RJ Ragotte، LF Milles، BIM Wicky، A Courbet، RJ de Haas، N Bethel، PJY Leung، TF Huddy، S Pellock، D Tischer، F Chan، B Koepnick، H نجوين، إيه كانج، بي سانكاران، إيه كيه بيرا، إن بي كينج، دي بيكر
العلوم 2022
بنك بيانات البروتين (PDB)
هيلين إم بيرمان، جون ويستبروك، زوكانغ فنغ، غاري جيليلاند، تي إن بهات، هيلج ويسيغ، إيليا إن شينديالوف، فيليب إي. بورن
بحوث الأحماض النووية 2000
قاعدة بيانات بنية البروتين AlphaFold: توسيع التغطية الهيكلية لمساحة تسلسل البروتين بشكل كبير باستخدام نماذج عالية الدقة (AlphaFoldDB)
ميهالي فارادي، ستيفن أنيانجو، ماندار ديشباندي، سريناث ناير، سيندي ناتاسيا، جالابينا يوردانوفا، ديفيد يوان، أوانا سترو، جيما وود، أجاتا ليدون، أوغسطين جيدك، تيم جرين، كاثرين تونياسوفوناكوول، ستيغ بيترسن، جون جامبر، إلين كلانسي، ريتشارد جرين ، أنكور فورا، ميرا لطفي، مايكل فيجورنوف، أندرو كوي، نيكول هوبز، بوشميت كوهلي، جيرارد كليويجت، إيوان بيرني، ديميس هاسابيس، سمير فيلانكار
أبحاث الأحماض النووية 2022
SCOP: قاعدة بيانات التصنيف الهيكلي للبروتينات لدراسة التسلسلات والهياكل (SCOP)
أليكسي جي. مورزين، ستيفن إي. برينر، تيم هوبارد، سايروس تشوثيا جي إم بي 1995
SCOPE: تحسينات على التصنيف الهيكلي للبروتينات - قاعدة بيانات موسعة لتسهيل تفسير المتغيرات والتعلم الآلي (SCOPe)
جون مارك تشاندونيا، ليندسي جوان، شيانغي لين، تشانغهوا يو، نعومي كيه فوكس، ستيفن إي برينر أبحاث الأحماض النووية 2022
CATH: شروح هيكلية ووظيفية شاملة لتسلسل الجينوم (CATH)
إيان سيليتو، توني إي. لويس، أليسون كف، سايوني داس، بول أشفورد، ناتالي إل. داوسون، نيكولاس فورنهام، رومان إيه. لاسكوسكي، ديفيد لي، جوناثان جي. ليز، سونيا ليهتينن، رومان أ. ستودر، جانيت ثورنتون، كريستين أ. أورينغو
أبحاث الأحماض النووية 2015
النمذجة الاحتمالية للانتشار للعمود الفقري للبروتين بشكل ثلاثي الأبعاد لمشكلة السقالات الحافزة (ProtDiff)
بريان إل. تريب، جايسون يم، دوغ تيشر، ديفيد بيكر، تمارا برودريك، ريجينا بارزيلاي، تومي جاكولا
المؤتمر الدولي لأبحاث الفضاء 2023
توليد بنية البروتين عن طريق الانتشار القابل للطي (FoldingDiff)
كيفن إي وو، كيفن كيه يانغ، ريان فان دن بيرج، سارة علمداري، جيمس واي زو، أليكس إكس لو، آفا بي أميني
اتصالات الطبيعة 2024
نموذج الانتشار الكامن لتوليد بنية البروتين (LatentDiff)
كونغ فو، كيكيانغ يان، ليمي وانغ، وينغ يي أو، مايكل ماكثرو، تاو كوميكادو، كوجي ماروهاشي، كانجي أوشينو، زياونينغ تشيان، شويوانغ جي
سجل 2023
توليد هياكل بروتينية جديدة وقابلة للتصميم ومتنوعة عن طريق نشر سحب المخلفات الموجهة بشكل متساوٍ (الجني)
يقينغ لين، محمد القريشي
أرخايف:2301.12485 (2023)
نموذج الانتشار SE(3) مع التطبيق على توليد العمود الفقري للبروتين (FrameDiff)
جيسون يم، بريان إل. تريب، فالنتين دي بورتولي، إميل ماتيو، أرنو دوسيه، ريجينا بارزيلاي، تومي جاكولا
آي سي إم إل 2023
تصميم جديد لبنية البروتين ووظيفته باستخدام RFdiffusion (RFDiffusion)
جوزيف ل. واتسون، ديفيد يورجنز، ناثانيال ر. بينيت، بريان إل. تريب، جايسون يم، هيلين إي. إيزيناتش، وودي أهيرن، أندرو جيه. بورست، روبرت جيه. راغوت، لوكاس إف ميلز، باسيلي آي إم ويكي، نيكيتا هانيكل ، صامويل جي بيلوك، أليكسيس كوربيه، ويليام شيفلر، جوي وانغ، بريثام فينكاتيش، إسحاق سابينغتون، سوزانا فازكيز توريس، آنا لاوكو، فالنتين دي بورتولي، إميل ماتيو، سيرجي أوفتشينيكوف، ريجينا بارزيلاي، تومي إس جاكولا، فرانك ديميو، مينكيونج بايك، ديفيد بيكر
الطبيعة 2023
نموذج لغة البروتين يتم الإشراف عليه بطريقة دقيقة وفعالة للعمود الفقري للبروتين (GPDL)
بو تشانغ، كيكسين ليو، تشوكي تشنغ، يونفييانغ ليو، جونكسي مو، تينغ وي، هاي فنغ تشين
بيوركسيف (2023)
التصميم المشترك لتسلسل البروتين وبنيته بناءً على الزخارف (GeoPro)
زينكياو سونغ، يونلونغ تشاو، يوفي سونغ، وينكسيان شي، يانغ يانغ، لي لي
أرخايف:2310.02546 (2023)
نموذج توليد البروتين الذري بالكامل (Protpardelle)
ألكسندر إي تشو، لوسي تشينج، جينا النسر، مينكاي شو، بو-سو هوانغ
بيوركسيف (2023)
التصميم المشترك لتسلسل البروتين وبنيته مع الترجمة المتساوية (ProtSeed)
تشينس شي، تشوانروي وانغ، جياروي لو، بوزيتاو تشونغ، جيان تانغ
المؤتمر الدولي لأبحاث الفضاء 2023
تعلم تمثيل الأجسام المضادة لاكتشاف الأدوية (BERTTransformer)
لين لي، إستير غوبتا، جون سبيث، ليزلي شينغ، تريستان بيبلر، راجموندا سولو كاسيريس
أرخايف:2210.02881 (2022)
فك رموز نضج تقارب الأجسام المضادة باستخدام نماذج اللغة والتعلم ضعيف الإشراف (AntiBERTy)
جيفري أ. روفولو، جيفري جيه جراي، جيريمياس سولام
أرخايف:2112.07782 (2021)
فك رموز لغة الأجسام المضادة باستخدام التعلم الخاضع للإشراف الذاتي (AntiBERTa)
جينوو ليم، لورا س. ميتشل، جيمس إتش آر فارميري، جاستن بارتون، جاكوب د. جالسون
أنماط 2022
AbLang: نموذج لغة الجسم المضاد لاستكمال تسلسلات الأجسام المضادة (AbLang)
توبياس إتش أولسن، إيان إتش موال، شارلوت إم دين
تقدم المعلوماتية الحيوية 2022
التدريب المسبق مع النهج العقلاني للأجسام المضادة (PARA)
شيانجروي جاو، تشانغلينج كاو، ليبينج لاي
بيوركسيف (2023)
SAbDab: قاعدة بيانات الأجسام المضادة الهيكلية (SAbDab)
جيمس دنبار، كونراد كراوزيك، جينوو ليم، تيري بيكر، أنجليكا فوكس، جاي جورج، جيي شي، شارلوت إم دين
أبحاث الأحماض النووية 2014
RosettaAntibodyDesign (RAbD): إطار عام لتصميم الأجسام المضادة الحسابية (RAB)
جاريد أدولف-بريفوغل، أوليكس كاليوزني، مايكل كوبيتز، بريان د. فايتزنر، شياو تشن هو، يوميكو أداتشي، ويليام آر. شيف، رولاند إل. دونبراك الابن.
بلوس علم الأحياء الحسابي 2018
tFold-Ab: التنبؤ السريع والدقيق لبنية الجسم المضاد بدون متجانسات التسلسل (tFold-Ab)
جياشيانغ وو، فاندي وو، بياوبين جيانغ، وي ليو، بيلين تشاو
بيوركسيف (2022)
xTrimoABFold: التنبؤ ببنية الجسم المضاد من جديد بدون MSA (xTrimoABFold)
يينينج وانج، شومينج جونج، شاوشوان لي، بينج يانج، ييوو صن، تشوان شي، يانجانج وانج، تشينج يانج، هوي لي، لو سونج
أرخايف:2212.00735 (2022)
ImmuneBuilder: نماذج التعلم العميق للتنبؤ بهياكل البروتينات المناعية (ABodyBuilder)
برينان أباناديس، وينج كي وونج، فيرغوس بويلز، جاي جورج، ألكسندر بوجوتزيك، شارلوت إم دين
الطبيعة 2023
ABlooper: تنبؤ سريع ودقيق لبنية حلقة CDR للجسم المضاد مع تقدير الدقة (ABlooper)
برينان أباناديس، جاي جورج، ألكسندر بوجوتزيك، شارلوت إم دين
المعلوماتية الحيوية 2022
تعمل الإمكانات الهندسية الناتجة عن التعلم العميق على تحسين التنبؤ بهياكل حلقة CDR H3 (DeepH3)
جيفري أ روفولو، كارلوس جويرا، ساي بوجا ماهاجان، جيريمياس سولام، جيفري جي جراي
المعلوماتية الحيوية 2020
نموذج بسيط للتعلم العميق من طرف إلى طرف للتنبؤ ببنية الحلقة CDR-H3 (SimpleDH3)
ناتاليا زينكوفا، إيكاترينا سيديخ، تاتيانا شوجايفا، فلاديسلاف ستراشكو، تيموفي إرماك، أليكسي شبيلمان
أرخايف:2111.10656 (2021)
التنبؤ ببنية الجسم المضاد باستخدام التعلم العميق القابل للتفسير (DeepAB)
جيفري أ روفولو، جيريمياس سولام، جيفري جي جراي
أنماط 2021
تنبؤ سريع ودقيق ببنية الجسم المضاد من خلال التعلم العميق على مجموعة ضخمة من الأجسام المضادة الطبيعية (IgFold)
جيفري إيه روفولو، لي-شين تشو، ساي بوجا ماهاجان، جيفري جي جراي
اتصالات الطبيعة 2023
SAbDab: قاعدة بيانات الأجسام المضادة الهيكلية (SAbDab)
جيمس دنبار، كونراد كراوزيك، جينوو ليم، تيري بيكر، أنجليكا فوكس، جاي جورج، جيي شي، شارلوت إم دين
أبحاث الأحماض النووية 2014
RosettaAntibodyDesign (RAbD): إطار عام لتصميم الأجسام المضادة الحسابية (RAB)
جاريد أدولف-بريفوغل، أوليكس كاليوزني، مايكل كوبيتز، بريان د. فايتزنر، شياو تشن هو، يوميكو أداتشي، ويليام آر. شيف، رولاند إل. دونبراك الابن.
بلوس علم الأحياء الحسابي 2018
SKEMPI 2.0: معيار محدث للتغيرات في طاقة ربط البروتين بالبروتين، والحركية والديناميكا الحرارية عند الطفرة (SKEMPI)
جوستينا يانكاوسكايت، بريان خيمينيز-غارسيا، جوستاس داكوناس، خوان فرنانديز-ريسيو، إيان إتش موال
المعلوماتية الحيوية 2019
دليل سيليكو على مبدأ تصميم الأجسام المضادة القائمة على التعلم الآلي على نطاق غير مقيد
رحمد أكبر، فيليب أ. روبرتا، سيدريك آر. ويبيرب، مايكل ويدريتشيك، روبرت فرانكا، ميلينا بافلوفيتش، لونيكي شيفرد، ماريا تشيرنيغوفسكايا، إيجور سنابكوفا، أندريه سلابودكينا، بريج بوشان ميهتا، إنكيليجدا ميهو، فريدجوف لوند جوهانسينا، جان تيري أندرسينا، و، سيب هوخرايترك، جي، إنغريد هوباك هافه، غونتر كلامباويرك، جير كيتيل ساندفيد، فيكتور جريف
mAbs 2022https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/19420862.2022.2031482
الشبكة العصبية للرسم البياني للتحسين التكراري للتصميم المشترك لهيكل تسلسل الأجسام المضادة (RefineGNN)
وينجونج جين، جيريمي وولويند، ريجينا بارزيلاي، تومي جاكولا
المؤتمر الدولي للبحوث الزراعية 2022
تصميم الأجسام المضادة الشرطية كترجمة رسم بياني مكافئ ثلاثي الأبعاد (MEAN)
Xiangzhe Kong، Wenbing Huang، يانغ ليو
المؤتمر الدولي لأبحاث الفضاء 2023
Cross-Gate MLP مع التضمين الثابت لمركب البروتين هو مصمم الأجسام المضادة بلقطة واحدة (ADesigner)
تشينغ تان، تشانغيانغ غاو، ليرونغ وو، جون شيا، جيانغبين تشنغ، شيهونغ يانغ، يو ليو، بوزين هو، ستان زد لي
AAAI 2024
تصميم الأجسام المضادة الخاصة بمولد الضد وتحسينها باستخدام النماذج التوليدية القائمة على الانتشار لهياكل البروتين (DiffAb)
شيتونغ لو، يوفينغ سو، شينغانغ بينغ، شينغ وانغ، جيان بينغ، جيانزو ما
نيوروبس 2022
التعلم العميق من أجل إرساء وتصميم البروتين المرن والخاص بالموقع (DockGPT)
مات ماكبارتلون، جينبو شو
بيوركسيف (2023)
إرساء الأجسام المضادة ومستضدها وتصميمها من خلال التحسين المكافئ الهرمي (HERN)
وينجونج جين، د. ريجينا بارزيلاي، تومي جاكولا
آي سي إم إل 2022
تصميم جسم مضاد كامل الذرة من طرف إلى طرف (dyMEAN)
شيانغزي كونغ، ونبينغ هوانغ، يانغ ليو
آي سي إم إل 2023
نموذج الانتشار التبايني متعدد الوسائط لتوليد الببتيد العلاجي (MMCD)
يونغ كانغ وانغ، شوان ليو، فنغ هوانغ، زانكون شيونغ، وين تشانغ
AAAI 2024
PepGB: تسهيل اكتشاف أدوية الببتيد عبر الشبكات العصبية البيانية (PepGB)
ييبين لي، شو وانغ، منغ فانغ، هان لي، شيانغ لي، جيانيانغ تسنغ
أرخايف:2401.14665 (2024)
PepHarmony: إطار تعليمي متباين متعدد طرق العرض للتسلسل المتكامل وترميز الببتيد القائم على البنية (PepHarmony)
روتشي تشانغ، هاوران وو، تشانغ ليو، هوابينغ لي، يوكيان وو، كيوي لي، ييفان وانغ، ييفان دينغ، جياهوي تشين، فينغفنغ تشو، شين جاو
أرخايف:2401.11360 (2024)
PEFT-SP: الضبط الدقيق الفعال للمعلمات على نماذج لغة البروتين الكبيرة يحسن التنبؤ ببيبتيد الإشارة (PEFT-SP)
شواي تسنغ، دولين وانغ، دونغ شو
بيوركسيف (2023)
AdaNovo: تسلسل الببتيد التكيفي De Novo مع المعلومات المتبادلة المشروطة (AdaNovo)
جون شيا، شاورونغ تشين، جينغبو تشو، تيانزي لينغ، وينجي دو، سيزهي ليو، ستان زد. لي
أرخايف:2403.07013 (2024)
