الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>بايثون
تنزيل
com.biopython
مشروع البيوبايثون

ملف التمهيدي Biopython

مشروع Biopython هو عبارة عن رابطة دولية لمطوري أدوات Python المتاحة مجانًا للبيولوجيا الجزيئية الحاسوبية.

ملف README هذا مخصص في المقام الأول للأشخاص المهتمين بالعمل مع كود مصدر Biopython، إما أحد الإصدارات من موقع http://biopython.org، أو من مستودعنا على GitHub https://github.com/biopython/biopython

يتم إنشاء وثائقنا التي تتمحور حول المستخدم، وبرنامج Biopython التعليمي وكتاب الطبخ، ووثائق API، من مستودعنا باستخدام Sphinx.

يلخص ملف NEWS التغييرات في كل إصدار من Biopython، إلى جانب الملف المهمل الذي يشير إلى أعطال واجهة برمجة التطبيقات.

حزمة Biopython عبارة عن برنامج مفتوح المصدر متاح بشروط سخية. يرجى الاطلاع على ملف الترخيص لمزيد من التفاصيل.

إذا كنت تستخدم Biopython في العمل الذي يساهم في منشور علمي، فنطلب منك الاستشهاد بمذكرة التطبيق الخاصة بنا (أدناه) أو أحد المنشورات الخاصة بالوحدة (المدرجة على موقعنا الإلكتروني):

الديك، PJA وآخرون. Biopython: أدوات بايثون متاحة مجانًا للبيولوجيا الجزيئية الحاسوبية والمعلوماتية الحيوية. المعلوماتية الحيوية 2009 1 يونيو؛ 25(11) 1422-3 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp163 pmid:19304878

لغير الصبر

تتضمن Python نظام إدارة الحزم "pip" الذي من المفترض أن يسمح لك بتثبيت Biopython (وتبعيته NumPy إذا لزم الأمر)، أو ترقيته أو إلغاء تثبيته باستخدام أمر طرفي واحد فقط:

 نقطة تثبيت biopython
تثبيت النقطة - ترقية biopython
نقطة إلغاء تثبيت biopython

منذ Biopython 1.70، قدمنا ​​حزم العجلات الثنائية المترجمة مسبقًا على PyPI لأنظمة التشغيل Linux وmacOS وWindows. هذا يعني أن تثبيت النقطة يجب أن يكون سريعًا، ولا يتطلب مترجمًا.

كمطور أو مساهم محتمل، قد ترغب في تنزيل Biopython وإنشائه وتثبيته بنفسك. هذا موصوف أدناه.

متطلبات بايثون

نوصي حاليًا باستخدام Python 3.11 من http://www.python.org

يتم حاليًا دعم Biopython واختباره على تطبيقات Python التالية:

  • بايثون 3.9، 3.10، 3.11 و3.12 - راجع http://www.python.org
  • PyPy3.9 v7.3.13 - أو الإصدارات الأحدث، راجع http://www.pypy.org

التبعيات الاختيارية

يتطلب Biopython NumPy (انظر http://www.numpy.org) والذي سيتم تثبيته تلقائيًا إذا قمت بتثبيت Biopython باستخدام النقطة (انظر أدناه لتجميع Biopython بنفسك).

اعتمادًا على أجزاء Biopython التي تخطط لاستخدامها، هناك عدد من تبعيات Python الاختيارية الأخرى، والتي يمكن تثبيتها لاحقًا إذا لزم الأمر:

  • ReportLab، راجع http://www.reportlab.com/opensource/ (اختياري) يتم استخدام هذه الحزمة فقط في Bio.Graphics ، لذلك إذا لم تكن بحاجة إلى هذه الوظيفة، فلن تحتاج إلى تثبيت هذه الحزمة.
  • matplotlib، راجع http://matplotlib.org/ (اختياري) يستخدم Bio.Phylo هذه الحزمة لرسم أشجار النشوء والتطور.
  • Networkx، راجع https://networkx.github.io/ (اختياري) وpygraphviz أو pydot، راجع https://pygraphviz.github.io/ وhttp://code.google.com/p/pydot/ (اختياري) يتم استخدام هذه الحزم لبعض الوظائف المتخصصة في Bio.Phylo .
  • rdflib، راجع https://github.com/RDFLib/rdflib (اختياري) يتم استخدام هذه الحزمة في محلل CDAO ضمن Bio.Phylo .
  • psycopg2، راجع http://initd.org/psycopg/ (اختياري) أو PyGreSQL (pgdb)، راجع http://www.pygresql.org/ (اختياري) يتم استخدام هذه الحزم بواسطة BioSQL للوصول إلى قاعدة بيانات PostgreSQL.
  • MySQL Connector/Python، راجع http://dev.mysql.com/downloads/connector/python/ يتم استخدام هذه الحزمة بواسطة BioSQL للوصول إلى قاعدة بيانات MySQL، وهي مدعومة على PyPy أيضًا.
  • mysqlclient، راجع https://github.com/PyMySQL/mysqlclient-python (اختياري) هذا هو شوكة من MySQLdb الأقدم ويستخدم بواسطة BioSQL للوصول إلى قاعدة بيانات MySQL. وهو مدعوم من PyPy.

بالإضافة إلى ذلك، هناك عدد من أدوات الطرف الثالث المفيدة التي قد ترغب في تثبيتها مثل NCBI BLAST أو EMBOSS أو ClustalW المستقلة.

التثبيت من المصدر

نوصي باستخدام العجلات الثنائية المترجمة مسبقًا والمتوفرة على PyPI باستخدام:

 نقطة تثبيت biopython

ومع ذلك، إذا كنت بحاجة إلى تجميع Biopython بنفسك، فيجب توفير ما يلي في وقت التجميع:

  • تتضمن Python ملفات رأس التطوير مثل python.h ، والتي غالبًا ما لا يتم تثبيتها افتراضيًا على Linux (محاولة البحث عن حزمة تسمى python-dev أو python-devel وتثبيتها بالإضافة إلى حزمة python ).

  • مترجم C مناسب لإصدار Python الخاص بك، على سبيل المثال GB على Linux، MSVC على Windows. بالنسبة لنظام التشغيل Mac OS X، أو كما يطلق عليه الآن macOS، استخدم أدوات سطر أوامر Apple، والتي يمكن تثبيتها باستخدام الأمر الطرفي:

     حدد xcode --تثبيت

    سيعرض هذا تثبيت مجموعة تطوير XCode من Apple - يمكنك ذلك، ولكن ليس هناك حاجة إليه ويستهلك مساحة كبيرة على القرص.

ثم قم بتنزيل كود المصدر الخاص بنا وفك ضغطه، أو قم بإحضاره باستخدام git. الآن قم بتغيير الدليل إلى مجلد كود مصدر Biopython وقم بتشغيل:

 تثبيت النقطة -e .
اختبار بايثون setup.py
تثبيت سودو بيثون setup.py

استبدل python بإصدارك المحدد إذا لزم الأمر، على سبيل المثال python3 أو pypy3 .

لاستبعاد الاختبارات التي تتطلب اتصالاً بالإنترنت (والتي قد تستغرق وقتًا طويلاً)، استخدم خيار --offline :

 اختبار بايثون setup.py - غير متصل

إذا كنت بحاجة إلى إجراء تكوين إضافي، على سبيل المثال تغيير بادئة دليل التثبيت، فيرجى كتابة python setup.py .

اختبار

يتضمن Biopython مجموعة من اختبارات الانحدار للتحقق مما إذا كان كل شيء يعمل بشكل صحيح. لإجراء الاختبارات، انتقل إلى دليل التعليمات البرمجية المصدر لـ biopython واكتب:

 تثبيت النقطة -e .
اختبار بايثون setup.py

إذا كنت تريد تخطي الاختبارات عبر الإنترنت (وهو ما يوصى به عند إجراء الاختبار المتكرر)، فاستخدم:

 اختبار بايثون setup.py - غير متصل

لا داعي للذعر إذا رأيت رسائل تحذر من الاختبارات التي تم تخطيها:

 test_DocSQL ... تخطي. قم بتثبيت MySQLdb إذا كنت تريد استخدام Bio.DocSQL.

هذا يعني على الأرجح أن الحزمة غير مثبتة. يمكنك تجاهل ذلك إذا حدث ذلك في اختبارات الوحدة النمطية التي لم تكن تخطط لاستخدامها. إذا كنت تريد استخدام هذه الوحدة، فيرجى تثبيت التبعية المطلوبة وإعادة تشغيل الاختبارات.

قد تفشل بعض الاختبارات بسبب مشكلات في الشبكة، وغالبًا ما يكون ذلك بسبب الصدفة أو انقطاع الخدمة. إذا لم تختف المشكلة عند إعادة إجراء الاختبارات، فيمكنك استخدام خيار --offline .

هناك المزيد من معلومات الاختبار في Biopython Tutorial & Cookbook.

الكود التجريبي

قدم Biopython 1.61 تحذيرًا جديدًا، Bio.BiopythonExperimentalWarning ، والذي يُستخدم لتمييز أي كود تجريبي مدرج في إصدارات Biopython المستقرة. رمز المستوى "التجريبي" هذا جاهز للاختبار على نطاق أوسع، ولكن لا يزال من المحتمل أن يتغير، ويجب تجربته فقط من قبل المستخدمين الأوائل من أجل تقديم التعليقات عبر القائمة البريدية لـ biopython-dev.

كنا نتوقع أن تصل هذه التعليمات البرمجية التجريبية إلى حالة مستقرة خلال إصدار واحد أو إصدارين، وعند هذه النقطة سيتم تطبيق سياساتنا العادية بشأن محاولة الحفاظ على التوافق مع الإصدارات السابقة.

البق

بينما نحاول إرسال حزمة قوية، تظهر الأخطاء حتماً. إذا كنت تواجه مشكلات قد تكون ناجمة عن خطأ في Biopython، فمن المحتمل أن يكون قد تم التعرف عليه بالفعل. قم بالتحديث إلى الإصدار الأحدث إذا كنت لا تستخدمه بالفعل، ثم أعد المحاولة. إذا استمرت المشكلة، يرجى البحث في قاعدة بيانات الأخطاء لدينا وقوائمنا البريدية لمعرفة ما إذا كان قد تم الإبلاغ عنها بالفعل (ونأمل أن يتم إصلاحها)، وإذا لم يكن الأمر كذلك، فيرجى الإبلاغ عن الخطأ. لا يمكننا إصلاح المشاكل التي لا نعرف عنها ;)

تعقب المشكلة: https://github.com/biopython/biopython/issues

إذا كنت تشك في أن المشكلة تكمن في المحلل اللغوي، فمن المحتمل أن يكون تنسيق البيانات قد تغير وتعطل رمز التحليل. (يبدو أن تنسيقات BLAST وGenBank النصية هشة بشكل خاص.) وبالتالي، يتم أحيانًا تحديث كود التحليل في Biopython بشكل أسرع مما يمكننا إنشاء إصدارات Biopython. يمكنك الحصول على أحدث محلل عن طريق سحب الملفات ذات الصلة (مثل تلك الموجودة في Bio.SeqIO أو Bio.Blast ) من مستودع git الخاص بنا. ومع ذلك، كن حذرًا عند القيام بذلك، لأن التعليمات البرمجية الموجودة في github لم يتم اختبارها جيدًا مثل التعليمات البرمجية التي تم إصدارها، وقد تحتوي على تبعيات جديدة.

في أي تقرير خطأ، يرجى إعلامنا:

  1. ما هو نظام التشغيل والأجهزة (32 بت أو 64 بت) الذي تستخدمه؟
  2. نسخة بايثون
  3. إصدار Biopython (أو التزام/تاريخ git)
  4. التتبع الذي يحدث (رسالة الخطأ الكاملة)

ومن المثالي أيضًا:

  1. رمز المثال الذي ينكسر
  2. ملف البيانات الذي يسبب المشكلة

المساهمة، تقارير الأخطاء

تتم إدارة Biopython من قبل متطوعين من جميع أنحاء العالم، مع العديد من الخلفيات. نحن نبحث دائمًا عن الأشخاص المهتمين بالمساعدة في تطوير التعليمات البرمجية وإدارة موقع الويب وكتابة الوثائق والإدارة الفنية وأي شيء آخر قد يحدث.

إذا كنت ترغب في المساهمة، يرجى قراءة CONTRIBUTING.rst هنا أولاً، وقم بزيارة موقعنا على الويب http://biopython.org وانضم إلى قائمتنا البريدية: http://biopython.org/wiki/Mailing_lists

هيكل التوزيع

  • README.rst - هذا الملف.
  • NEWS.rst - ملاحظات الإصدار والأخبار.
  • LICENSE.rst ما يمكنك فعله بالكود.
  • CONTRIB.rst - قائمة (غير كاملة) بالأشخاص الذين ساعدوا Biopython بطريقة أو بأخرى.
  • CONTRIBUTING.rst - نظرة عامة حول كيفية المساهمة في Biopython.
  • DEPRECATED.rst - يحتوي على معلومات حول الوحدات النمطية في Biopython التي تمت إزالتها أو لم يعد يوصى باستخدامها، وكيفية تحديث التعليمات البرمجية التي تستخدم تلك الوحدات.
  • MANIFEST.in - يقوم بتكوين الملفات التي سيتم تضمينها في الإصدارات.
  • setup.py - ملف التثبيت.
  • Bio/ - الكود الأساسي للكود الرئيسي.
  • BioSQL/ --رمز لاستخدام Biopython مع قواعد بيانات BioSQL.
  • Doc/ -التوثيق.
  • Scripts/ - نصوص برمجية مستقلة متنوعة، وربما مفيدة.
  • Tests/ - رمز اختبار الانحدار بما في ذلك ملفات البيانات النموذجية.
يوسع
معلومات إضافية
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل