تتبع ديكتي
جدول المحتويات
- عن
- لقطات الشاشة وأمثلة التتبع
- فيديو تعليمي
- شفرة
- رخصة
- كيفية الاستشهاد
- تتبع ديكتي في الأدب
عن
Dicty Tracking عبارة عن أداة مستقلة قائمة على MATLAB® تم تطويرها للتتبع شبه التلقائي لخلايا Dictyostelium discoideum المهاجرة من سلسلة صور بفاصل زمني على النقيض من الطور. تتطلب الأداة Fiji/ImageJ وتثبيت MATLAB Runtime.
كيف يعمل
- الكشف عن الخلايا : باستخدام مشغل Sobel المطبق في MATLAB®'s Image Processing Toolbox بالإضافة إلى خطوات التمدد والتآكل اللاحقة، يستطيع تتبع Dicty اكتشاف أجسام الخلايا لخلايا Dictyostelium المهاجرة بكفاءة من صور تباين الطور. من الممكن تعديل العديد من المعلمات التي تؤثر على دقة اكتشاف جسم الخلية وقد يكون ضروريًا في بعض الحالات.
- مراقبة الجودة واختيار الخلايا : يمكن للمستخدم التحقق من دقة اكتشاف جسم الخلية في فيجي/ImageJ. بعد ذلك، تسمح واجهة المستخدم الرسومية (GUI) باختيار الخلايا التي يجب أن تتبعها الخوارزمية. عادة، يجب استبعاد بعض الخلايا من التحليلات بسبب الاصطدام أو الانقسام أو لأنها تترك مجال الرؤية.
- تتبع الخلايا وتصدير البيانات : تقوم خوارزمية Dicty Tracking بتتبع الخلايا المحددة عن طريق توصيل النقط الوسطى للخلية في كل نقطة زمنية من سلسلة الصور. يقوم Dicty Tracking بإنشاء مكدس .tif بمسارات خلايا ملونة مختلفة ويحفظ المعلمات التالية لكل خلية متعقبة في كل نقطة زمنية في ورقة Excel:
- موقف x و y
- المسافة إلى النقطة السابقة (حجم الخطوة)
- طول المسار الإجمالي
- المسافة المباشرة إلى نقطة البداية
- السرعة اللحظية
- الزاوية اللحظية (الزاوية بين متجه الإزاحة والمحور السيني، راجع دليل المستخدم لمزيد من التفاصيل)
- زاوية الدوران (فرق الزوايا اللحظية اللاحقة)
- جيب تمام زاوية الدوران.
- مزيد من التحليلات : يأتي Dicty Tracking مع مصنفات Excel الإضافية المستندة إلى VBA مما يسمح بحساب
- متوسط السرعة
- نسبة الاتجاه
- متوسط الإزاحة التربيعية (MSD).
يتم توفير وصف أكثر تفصيلاً لتتبع خلايا Dictyostelium وتحليل الترحيل اللاحق باستخدام Dicty Tracking في دليل المستخدم .
لقطات الشاشة وأمثلة التتبع
نافذة لإعداد معلمات الكشف عن الخلية
التحكم في الكشف عن الخلايا باستخدام فيجي/ImageJ
واجهة المستخدم الرسومية لاختيار الخلايا التي ينبغي تتبعها
تتبع البيانات المصدرة إلى مصنف Excel
حساب MSD مع مصنف Excel المرتبط
يتم ترحيل خلايا Dictyostelium من النوع البري Ax2 بشكل حر (غير محصور) وعشوائيًا ويتم تتبعها باستخدام Dicty Tracking
خلايا Dictyostelium من النوع البري Ax2 محصورة بشريحة agarose 0.17 نانومتر 1.5% يتم تتبعها باستخدام Dicty Tracking
فيديو تعليمي
يتوفر فيديو تعليمي قصير (حوالي 3 دقائق) لتتبع Dicty على vimeo.com .
شفرة
يتم تخزين الكود الموجود خلف Dicty Tracking في الكود المصدري للمستودع الفرعي. يمكن الوصول السريع والمباشر إلى ملفات التعليمات البرمجية المحددة عبر الروابط التالية:
- كود ماتلاب®
- Dicty_tracking_v1_3.m: تحديد جسم الخلية، واستخراج النقطه الوسطى، واختيار الخلية واجهة المستخدم الرسومية، والتتبع، وتصدير البيانات
- رمز VBA لمصنفات Excel المرتبطة
- trajectories.vb: ينقل مسارات جميع الخلايا المتعقبة إلى الأصل (لإنشاء مخططات المسار)
- speed.vb: يحسب متوسط السرعة لجميع الخلايا المتعقبة لسلسلة الصور
- نسبة dir.vb: تحسب نسبة dir المتوسطة لجميع الخلايا المتعقبة لسلسلة الصور
- MSD Preparation.vb: يقوم بإعداد بيانات التتبع لاستيرادها إلى مصنف حساب MSD
- MSD_1.vb وMSD_2.vb وMSD_3.vb وMSD_4.vb: السماح بحساب متوسط الإزاحة المربعة (MSD) في كل نقطة زمنية لما يصل إلى 4 مجموعات مختلفة من الخلايا
رخصة
الأداة والملفات المرتبطة بها بما في ذلك مصنفات Excels ودليل المستخدم ونماذج الأفلام مرخصة بموجب ترخيص MIT.
تتبع ديكتي في الأدب
تم استخدام Dicty Tracking و/أو الملفات المرتبطة به في الأوراق البحثية التالية:
- Litschko C، Brühmann S، Csiszár A، Stephan T، Dimchev V، Damiano-Guercio J، Junemann A، Körber S، Winterhoff M، Nordholz B، Ramalingam N، Peckham M، Rottner K، Merkel R، Faix J. (2019) يتم الحفاظ على السلامة الوظيفية لقشرة الأكتين المقلصة من خلال أشكال متعددة مرتبطة بالشفاف . Proc Natl Acad Sci USA 116(9):3594-3603. https://doi.org/10.1073/pnas.1821638116
- Litschko C، Linkner J، Brühmann S، Stradal TEB، Reinl T، Jänsch L، Rottner K، Faix J. (2017) الوظائف التفاضلية للوحدات الفرعية المعقدة التنظيمية WAVE في تنظيم العمليات التي تعتمد على الأكتين . يورو J خلية بيول. 96(8):715-727. https://doi.org/10.1016/j.ejcb.2017.08.003
- لاثام إس إل، إهمكي إن، رينكي بيا، تافت إم إتش، إيكي دي، ريندل تي، ستينزيل دبليو، ليونز إم جي، فريز إم جي، لي جا، هيكر آر، فروهفالد إم سي، بيكر كيه، نيوهان تي إم، هورن دي، شروك إي، نيهاوس آي ، سارنو ك، جروتزمان ك، جاوهين إل، كلينك بي، رامب أ، شابونييه C، Figueiredo C، Knöfler R، Manstein DJ، Di Donato N (2018) المتغيرات في الإكسونات 5 و 6 من ACTB تسبب نقص الصفيحات المتلازمي . نات كومون. 9(1):4250. https://doi.org/10.1038/s41467-018-06713-0
علاوة على ذلك، تم وصف تتبع Dicty في فصل الطريقة حول تحليل الهجرة العشوائية لـ Dictyostelium . يوفر هذا الفصل أيضًا معلومات تفصيلية حول إجراء العينات المحصورة وغير المحصورة، والحصول على الصور وتلميحات مفيدة:
- Litschko C، Damiano-Guercio J، Brühmann S، Faix J (2018) تحليل الهجرة العشوائية لـ Dictyostelium Amoeba في البيئات المحصورة وغير المحصورة . طرق مول بيول. 1749:341-350. https://doi.org/10.1007/978-1-4939-7701-7_24
كيفية الاستشهاد
مجموعة ملفات Dicty Tracking متاحة أيضًا للعامة على Figshare . معرف الكائن الرقمي (DOI) المنسوب إليه هو 10.6084/m9.figshare.5024552. يمكن الاستشهاد بتتبع Dicty على أنه
Litschko C (2017) Dicty Tracking: أداة مستقلة للتتبع السريع والسهل لخلايا Dictyostelium المهاجرة. com.Figshare. https://doi.org/10.6084/m9.figshare.5024552
