R sharp

لغة البرمجة R#

لغة R# هي نوع من تطبيقات لغة R المفضلة على بيئة .NET لتحليل بيانات المعلوماتية الحيوية

[تحذير] هذا المشروع قيد التنفيذ ولا يوصى باستخدامه في الإنتاج.

مطلوب أيضًا أحدث وقت تشغيل لـ sciBASIC.NET Framework

لغة R# ، تركيبها أصلي مشتق من لغة R ، ولكن مع أنماط برمجة أكثر حداثة. لغة R# مترجمها ومترجم .NET أصلي مكتوب بلغة VisualBasic، مع دعم أصلي لوقت تشغيل .NET.

لم يتم تصميم لغة R# لغرض تحليل البيانات العام، ولكنها مصممة خصيصًا لأعمالي في الشركة، وتنفذ نظام تحليل بيانات المعلوماتية الحيوية استنادًا إلى منصة GCModeller، لبناء مجموعة علوم بيانات المعلوماتية الحيوية باستخدام لغة R وVisualBasic. .

هيكل الدليل

• R# محرك البرمجة النصية ووقت التشغيل الأساسي للغة R#
• Library مكتبة التمويل في نظام البرمجة النصية R#
• Rscript مضيف البرمجة النصية R#
• R-terminal برنامج R# shell
• Rsharp_kit مجموعة أدوات R-sharp
• njl أحبت لغة جوليا محرك البرمجة النصية
• npy لغة بايثون تحب محرك البرمجة النصية
• RData بيانات لغة R *.rda/*.rds قارئ الملفات

رمز R# التجريبي

 # declare a variable
let word as string = [ ' world ' , ' R# user ' , ' GCModeller user ' ];

# declare a function
let echo as function ( words ) {
    print( `Hello ${ words }!` );
}

# or declare a lambda function
let echo.lambda = words - > print( `Hello ${ words }!` );

# and then invoke function via pipeline operator
word : > echo ;
# [3] "Hello world!" "Hello R# user!" "Hello GCModeller user!"
word : > echo.lambda ;
# [3] "Hello world!" "Hello R# user!" "Hello GCModeller user!"

المستخدمة في برمجة VisualBasic.NET:

 Dim R As New RInterpreter()

' Run script by invoke method
Call R.Evaluate( "
    # test script
    let word as string = [ 'world', 'R# user', 'GCModeller user'];
    let echo as function (words) {
        print( ` Hello $ { words }! ` ) ;
    }

    word :> echo ;
" )

' or assign variable
Call R.Add( "word" , { "world" , "R# user" , "GCModeller user" })

' then declare R function throught script
Call R.Add( "echo" , 
    Function (words As String ()) As String ()
        Return Internal.print(words)
    End Function )

' at last, invoke R function throught Invoke method
Call R.Invoke( "echo" , R!word) 

حوسبة عالية الأداء على Unix .NET 6

مكتبة الرسومات

 # read scatter point data from a given table file
# and then assign to tuple variables
[ x , y , cluster ] = read.csv( " ./scatter.csv " , row.names = NULL );

# umap scatter with class colors
bitmap( file = " ./scatter.png " ) {
	plot( x , y ,
		 padding      = " padding:200px 400px 200px 250px; " ,
		 class        = cluster ,
		 title        = " UMAP 2D Scatter " ,
		 x.lab        = " dimension 1 " ,
		 y.lab        = " dimension 2 " ,
		 legend.block = 13 ,
		 colorSet     = " paper " , 
		 grid.fill    = " transparent " ,
		 size         = [ 2600 , 1600 ]
	);
};

ggplot لـ R#

أعجبت حزمة لغة AR ggplot2 بقواعد مكتبة الرسومات لبرمجة لغة R#.

لغة R# هي لغة حوسبة علمية أخرى تم تصميمها لوقت تشغيل .NET، وقد تم تطوير R# من لغة R. توجد مكتبة رسومات شهيرة تسمى ggplot2 بلغة R، لذلك تبقى كما هي، هناك مكتبة رسومات تسمى ggplot تم تطويرها للغة R# .

ggplot( myeloma , aes( x = " molecular_group " , y = " DEPDC1 " ))
+ geom_boxplot( width = 0.65 )
+ geom_jitter( width = 0.3 )
# Add horizontal line at base mean 
+ geom_hline( yintercept = mean( myeloma $ DEPDC1 ), linetype = " dash " , line.width = 6 , color = " red " )
+ ggtitle( " DEPDC1 ~ molecular_group " )
+ ylab( " DEPDC1 " )
+ xlab( " " )
+ scale_y_continuous( labels = " F0 " )
# Add global annova p-value 
+ stat_compare_means( method = " anova " , label.y = 1600 ) 
# Pairwise comparison against all
+ stat_compare_means( label = " p.signif " , method = " t.test " , ref.group = " .all. " , hide.ns = TRUE )
+ theme(
	axis.text.x = element_text( angle = 45 ), 
	plot.title  = element_text( family = " Cambria Math " , size = 16 )
)
;

ميزة البرمجة متعددة اللغات

لا يدعم نظام R# لغة R# فحسب، بل يتضمن أيضًا محرك برمجة نصية بلغة بايثون ومحرك برمجة لغة جوليا الذي يعمل في وقت تشغيل R# .

مرجع نص python أو نص julia بلغة R# تمامًا مثل استيراد نص R# الآخر:

 # imports an external R# script
imports " ./script.R " ;
# imports an external python script in R#
imports " ./script.py " ;
# imports an external julia script in R#
imports " ./script.jl " ;

ويمكنك أيضًا استيراد البرنامج النصي R في البرمجة النصية بيثون أو جوليا:

 # example of import R#/julia script in python

# imports an external R# script in python
import "./script.R"
# imports an external julia script in python
import "./script.jl"

كما أن استيراد برنامج python و R# النصي في البرمجة النصية لجوليا يظل سهلاً أيضًا:

 # example of imports R#/python script in julia

# imports an external R# script in julia
include ( " ./script.R " )
# imports an external python script in julia
include ( " ./script.py " )

وقت تشغيل R# متوافق مع جافا سكريبت

 require ( "GCModeller" ) ;
// load the fastq module from rna-seq package 
// inside the GCModeller
import { FastQ } from "rnaseq" ;

// do short reads assembling via SCS algorithm
var assem = FastQ . assemble ( [
	"AACAAATGAGACGCTGTGCAATTGCTGA" ,
	"AACAAATGAGACGCTGTGCAATTGCAAA" ,
	"CAAATGAGACGCTGTGCAATTGCTGAGT" ,
	"GCAAATGATACGCTGTGCAATTGCTAGA" ,
	"ATGAGACGCTGTGCAATTGCTGAGTACC" ,
	"CTGTGCAATTGCTGAGAACAAATGAGAC" ,
	"CTGTGCAATTGCTAGAAACAAATGAGAC"
] )

// view the short reads assemble result
console . table ( assem )

// Loading required package: GCModeller
// Loading required package: igraph
// Attaching package: 'igraph'
//
// The following object is masked from 'package:igraph':
//
//     eval, class
//
//
//
//   GCModeller: genomics CAD(Computer Assistant Design) Modeller System
//                                 author by: [email protected]
//
//                            (c) 2023 | SMRUCC genomics - GuiLin, China
//
//                                                                                                AssembleResult
// --------------------------------------------------------------------------------------------------------------
// <mode>                                                                                               <string>
// [1, ]  "CTGTGCAATTGCTGAGAACAAATGAGACGCTGTGCAATTGCAAATGATACGCTGTGCAATTGCTAGAAACAAATGAGACGCTGTGCAATTGCTGAGTACC"
// [2, ]  "...................................................................AACAAATGAGACGCTGTGCAATTGCTGA....."
// [3, ]  "................AACAAATGAGACGCTGTGCAATTGCAAA........................................................"
// [4, ]  ".....................................................................CAAATGAGACGCTGTGCAATTGCTGAGT..."
// [5, ]  ".......................................GCAAATGATACGCTGTGCAATTGCTAGA................................."
// [6, ]  "........................................................................ATGAGACGCTGTGCAATTGCTGAGTACC"
// [7, ]  "CTGTGCAATTGCTGAGAACAAATGAGAC........................................................................"
// [8, ]  "...................................................CTGTGCAATTGCTAGAAACAAATGAGAC....................." 

موارد حزمة R# ذات الصلة

الحزم التي تم تطويرها لبيئة برمجة R#:

• حزمة ggplot عبارة عن حزمة ggplot2 لبيئة R التي تحب حزمة تصور البيانات للغة R #.
• mzkit هو مشروع تم تطويره للغة R# لتشغيل تحليل البيانات الأولية للطيف الشامل.
• ms-imaging عبارة عن حزمة R# لعرض MSIMaging استنادًا إلى المكتبات الموجودة في حزمتي mzkit وggplot.