virtool

virtool

virtool هو تطبيق قائم على الويب لتشخيص العدوى المسببة للأمراض باستخدام التسلسل عالي الإنتاجية.

موقع الويب: https://www.virtool.ca

ابدء

راجع وثائق virtool لبدء استخدام الإصدار الأحدث من virtool 4.0.0.

حول الإصدارات

تخضع virtool حاليًا لعملية تحول كبيرة إلى تطبيق سحابي أصلي. وهذا يعني أن virtool يمكنها توسيع نطاق العمل عبر مضيفين متعددين وتشغيلها محليًا في Kubernetes وموفري الخدمات السحابية العامة.

للمستخدمين الحاليين والمسؤولين:

1. ينبغي استخدام سلسلة virtool 4.0.0 في الوقت الحالي .
2. ستستمر سلسلة virtool 4.0.0 في تلقي إصلاحات الأخطاء والأمان في المستقبل المنظور.
3. سيتضمن virtool 5.0.0 العديد من الخدمات المعبأة في حاويات والتي تحتاج إلى التشغيل معًا. سيتم توفير دليل النشر والهجرة.

الاختبارات

في جذر الدليل المصدر:

1. ابدأ خدمات الدعم المطلوبة في Docker.

   virtool-test up -d">

    docker compose -f tests/docker-compose.yml -p virtool -test up -d
   

2. قم بتشغيل مجموعة الاختبار:

    poetry run pytest
   

تعدد

تعمل مجموعة الاختبار مع pytest-xdist .

 poetry run pytest -n 4

سيستخدم هذا عمليات Python المتعددة لتشغيل الاختبارات بالتوازي.

لقطات

نحن نستخدم شرابي لاختبار اللقطة.

يتم استخدام اللقطات للاختبارات حيث نريد التأكد من أن الكائن (على سبيل المثال، سجل قاعدة البيانات، كائن Pydantic، استجابة API) له شكل متوقع ومجموعة من القيم.

إذا كانت اللقطات بحاجة إلى التحديث:

 poetry run pytest <path_to_test_file> --su

يمكنك أن تكون أكثر تحديدًا من خلال تحديد فئة الاختبار أو الوظيفة:

 poetry run pytest <path_to_test_file>::<class_or_function>

كن محددًا دائمًا بشأن اللقطات التي تقوم بتحديثها . لا تقم بتحديث عدد كبير من ملفات اللقطات بشكل أعمى فقط من أجل اجتياز اختباراتك.

يرتكب

يجب أن تتبع جميع الالتزامات مواصفات الالتزامات التقليدية.

يتم استخدام رسائل الالتزام الموحدة هذه لنشر الإصدارات تلقائيًا باستخدام semantic-release بعد دمج الالتزامات main العلاقات العامة الناجحة.

مثال

 feat: add API support for assigning labels to existing samples

يلزم وجود نصوص وتذييلات وصفية عند الضرورة لوصف تأثير الالتزام. استخدم الرصاص عند الاقتضاء.

متطلبات إضافية

1. اكتب في الأمر . على سبيل المثال، "إصلاح الخلل" وليس "إصلاح الخلل" أو "إصلاح الخلل" .
2. لا تشير إلى المشكلات أو مراجعات التعليمات البرمجية . على سبيل المثال، لا تكتب شيئًا كهذا: "إجراء تغييرات على النمط مطلوبة أثناء المراجعة" . بدلاً من ذلك، "قم بتحديث الأنماط لتحسين إمكانية الوصول" .
3. الالتزامات ليست مجلتك الشخصية . على سبيل المثال، لا تكتب شيئًا كهذا: "تم تشغيل الخادم مرة أخرى" أو "عفوا. تم إصلاح رائحة الكود الخاص بي" .

من تيم بوب: ملاحظة حول رسائل الالتزام بـ Git