الصفحة الرئيسية>المتعلقة بالبرمجة>شفرة المصدر الأخرى
تنزيل

التنميط الجيني RAD-Seq للغوار ( C. tetragonoloba )

مستودع يحتوي على بيانات ورمز للغوار ( Cyamopsis tetragonoloba (L.) Taub.) والتنميط الجيني ومشروع GWAS. وصف مختصر لمحتويات المستودع:

تم استخدام البرنامج النصي make_consensus_vcf.py لإنشاء مجموعة البيانات المتغيرة النهائية باستخدام مكالمات متغيرة GATK-HC وNGSEP وTASSEL 5 الخام، وتم استخدام البرنامج النصي make_snp_stats.py مع نفس المدخلات لاستكشاف إحصائيات الجودة للمكالمات المتغيرة.

تم استخدام دفتر callset_refinement_filtering.ipynb لتشغيل مراقبة الجودة المتغيرة وإنشاء مجموعة البيانات النهائية التي تمت تصفيتها للمتغيرات الشائعة.

تم استخدام دفتر genetic_analysis.ipynb لإجراء معظم التحليلات الجينية، بما في ذلك PCA، وتحليل اختلال الارتباط، وتحليل الارتباط القائم على النموذج الخطي المعمم.

تم استخدام البرنامج النصي prepare_farmcpu.py لتنسيق بيانات الإدخال لأداة FarmCPU (يتم عرض مخطط QQ للقيم p الناتجة في الورقة وأدناه).

جميع المؤامرات الكمية الكمية

تم استخدام ملف admix_file_create.py للمعالجة المسبقة للأنماط الجينية لتحليل ADMIXTURE (تم إجراء جزء من هذا باستخدام Hail في ملف genetic_analysis.ipynb ).

تم استخدام البرنامج النصي guar_stat.R لتشغيل التحليل الإحصائي للبيانات النهائية، وإجراء تحليل الارتباط على مستوى الجينوم باستخدام أداة FarmCPU، ورسم الشخصيات الرئيسية

تم استخدام البرنامج النصي parse_vcf_fcpu.py لتنسيق جدول النمط الجيني SNP النهائي المتوفر كملف genotypes.xlsx في هذا المستودع.

يوسع
معلومات إضافية
تطبيقات ذات صلة
نوصي لك
أخبار ذات صلة الكل